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- PDB-5tlb: Scabin toxin from Streptomyces scabies in complex with NADH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tlb
タイトルScabin toxin from Streptomyces scabies in complex with NADH
要素Scabin
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / TOXIN (毒素) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性: / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative secreted protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lyons, B. / Dutta, D. / Ravulapalli, R. / Merrill, A.R.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Characterization of the catalytic signature of Scabin toxin, a DNA-targeting ADP-ribosyltransferase.
著者: Lyons, B. / Lugo, M.R. / Carlin, S. / Lidster, T. / Merrill, A.R.
履歴
登録2016年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Scabin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6582
ポリマ－21,9931
非ポリマー6651
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)86.040, 62.260, 38.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Scabin


分子量: 21992.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces scabiei 87.22 (バクテリア)
株: 87.22 / 遺伝子: SCAB_27771 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: C9Z6T8, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM potassium chloride, 50 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 6.0, 16% PEG1000, 0.5 mM spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.34 Å / Num. obs: 21771 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRsym value% possible all
1.7-1.763.70.7651.821580.7160.4610.89599.8
1.76-1.833.80.4952.721880.8760.2960.57899.7
1.83-1.914.10.3174.121420.9460.190.3799.7
1.91-2.023.80.1974.121700.9740.1180.23199.6
2.02-2.143.80.14921730.9880.0840.16399.7
2.14-2.313.80.112.521580.9920.060.11799.7
2.31-2.543.80.07316.621850.9950.0430.08599.6
2.54-2.913.80.0482421860.9970.0290.05699.9
2.91-3.663.80.03234.421780.9980.0190.03899.9
3.66-42.343.80.02741.722330.9980.0160.03199.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5DAZ

5daz


解像度: 1.7→42.34 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1961 1087 5 %
Rwork0.1592 --
obs-21771 -
原子変位パラメータBiso mean: 32.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1275 0 44 139 1458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8331898
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.702792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005246
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 5 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.780.28761340.2528256699.6
1.78-1.870.29511340.1939256099.6
1.87-1.990.20371350.1746255599.5
1.99-2.140.23351370.1641259499.6
2.14-2.360.22461340.1513255899.6
2.36-2.70.19451370.1524260199.7
2.7-3.40.18261360.1585258899.9
3.4-42.340.16981400.1482264199.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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