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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tk9 | ||||||
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タイトル | Structure of the HD-domain phosphohydrolase OxsA with Oxetanocin-A bound | ||||||
要素 | OxsA protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / metalloprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.843 Å | ||||||
データ登録者 | Bridwell-Rabb, J. / Drennan, C.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016 タイトル: An HD domain phosphohydrolase active site tailored for oxetanocin-A biosynthesis. 著者: Bridwell-Rabb, J. / Kang, G. / Zhong, A. / Liu, H.W. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tk9.cif.gz | 55.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tk9.ent.gz | 39.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tk9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tk9_validation.pdf.gz | 778 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tk9_full_validation.pdf.gz | 779 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tk9_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tk9_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tk9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tk9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22709.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 遺伝子: oxsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3) / 参照: UniProt: O24769 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-7D7 / [( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride (pH 8.5), 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 15% w/v PEG monomethyl ether 2000 Protein solution:50 mM HEPES (pH 8.0), 100 mM NaCl, and 5% v/v glycerol, and 5 mM OXT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→43 Å / Num. obs: 18194 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 37.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / CC1/2: 0.922 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.843→43 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.843→43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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