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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tk8 | ||||||
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タイトル | Structure of the HD-domain phosphohydrolase OxsA with Oxetanocin-A monophosphate bound | ||||||
要素 | OxsA protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / metalloprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus megaterium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Bridwell-Rabb, J. / Drennan, C.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016 タイトル: An HD domain phosphohydrolase active site tailored for oxetanocin-A biosynthesis. 著者: Bridwell-Rabb, J. / Kang, G. / Zhong, A. / Liu, H.W. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tk8.cif.gz | 58.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tk8.ent.gz | 40.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tk8_validation.pdf.gz | 760.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tk8_full_validation.pdf.gz | 761.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tk8_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tk8_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tk8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22709.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) 遺伝子: oxsA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3) / 参照: UniProt: O24769 |
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#2: 化合物 | ChemComp-7D5 / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS hydrochloride (pH 8.5), 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 30% w/v PEG 400 Protein solution contained: 50 mM HEPES (pH 8.0), 100 mM NaCl, and 5% v/v glycerol, and 5 mM OXT-P |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→41.29 Å / Num. obs: 25785 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 55.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / CC1/2: 0.886 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5TK9 解像度: 1.64→41.289 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→41.289 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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