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- PDB-5tjh: hUGDH A136M Substitution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tjh
タイトルhUGDH A136M Substitution
要素UDP-glucose 6-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development ...Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development / NAD binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 6-dehydrogenase, eukaryotic type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain ...UDP-glucose 6-dehydrogenase, eukaryotic type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE 2- / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-glucose 6-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Beattie, N.R. / Wood, Z.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Allostery and Hysteresis Are Coupled in Human UDP-Glucose Dehydrogenase.
著者: Beattie, N.R. / Keul, N.D. / Sidlo, A.M. / Wood, Z.A.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 6-dehydrogenase
B: UDP-glucose 6-dehydrogenase
C: UDP-glucose 6-dehydrogenase
D: UDP-glucose 6-dehydrogenase
E: UDP-glucose 6-dehydrogenase
F: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,44114
ポリマ－330,9246
非ポリマー1,5178
水14,448802
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27360 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area101280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.350, 104.590, 107.710
Angle α, β, γ (deg.)64.82, 68.35, 73.72
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDPGDH


分子量: 55154.055 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-494 / 変異: A136M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60701, UDP-glucose 6-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% PEG 3350,0.2M NaCl, 0.1M Tris buffer pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→37.18 Å / Num. obs: 206192 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 7.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RJT

4rjt


解像度: 2.05→37.173 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 10306 5 %
Rwork0.1709 --
obs0.1725 206120 97.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→37.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21684 0 83 802 22569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89330083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.238304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0499-2.07320.34523340.31566348X-RAY DIFFRACTION96
2.0732-2.09760.33083410.29586483X-RAY DIFFRACTION97
2.0976-2.12320.30343400.27626464X-RAY DIFFRACTION97
2.1232-2.15010.26923430.26436509X-RAY DIFFRACTION97
2.1501-2.17830.27343390.25276449X-RAY DIFFRACTION97
2.1783-2.20820.30563400.25286442X-RAY DIFFRACTION97
2.2082-2.23970.28893400.23926470X-RAY DIFFRACTION97
2.2397-2.27320.26683420.23416507X-RAY DIFFRACTION97
2.2732-2.30870.24693430.21876497X-RAY DIFFRACTION97
2.3087-2.34650.23823380.20376444X-RAY DIFFRACTION97
2.3465-2.3870.26633440.20256536X-RAY DIFFRACTION98
2.387-2.43040.23613440.19636519X-RAY DIFFRACTION98
2.4304-2.47710.25663410.19296499X-RAY DIFFRACTION98
2.4771-2.52760.27013430.19856493X-RAY DIFFRACTION98
2.5276-2.58260.22313430.18166539X-RAY DIFFRACTION98
2.5826-2.64270.23143470.18596585X-RAY DIFFRACTION98
2.6427-2.70870.23853430.18656500X-RAY DIFFRACTION98
2.7087-2.78190.21413430.17376523X-RAY DIFFRACTION98
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2.8638-2.95620.22293460.18246573X-RAY DIFFRACTION98
2.9562-3.06180.22173460.17826580X-RAY DIFFRACTION99
3.0618-3.18430.20183470.17956579X-RAY DIFFRACTION99
3.1843-3.32910.2143460.1836569X-RAY DIFFRACTION99
3.3291-3.50450.21713460.17726565X-RAY DIFFRACTION99
3.5045-3.72390.18513470.15746599X-RAY DIFFRACTION99
3.7239-4.01110.16783470.14396590X-RAY DIFFRACTION99
4.0111-4.41420.17093450.1356573X-RAY DIFFRACTION99
4.4142-5.05160.14443470.12586592X-RAY DIFFRACTION99
5.0516-6.35930.16343500.14846646X-RAY DIFFRACTION99
6.3593-37.17950.16733480.14346618X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5124-1.18931.24583.95050.96242.99040.03590.0624-0.0419-0.5423-0.7921.7439-0.472-1.20980.40880.65360.237-0.24160.8119-0.3371.0681-41.705329.3368-20.5319
20.6825-0.12590.5911.79140.67424.0470.04040.1210.0263-0.3489-0.17650.2051-0.4942-0.25790.10170.46480.0364-0.08330.32640.00520.4205-23.449926.8463-13.334
32.91931.1516-2.43391.4395-1.89074.5079-0.05680.0365-0.02620.01350.2230.3231-0.3405-0.4415-0.15220.4340.0431-0.0170.29230.04080.4578-30.56310.663511.2547
41.34980.4904-0.99441.9947-0.66525.1209-0.10880.2479-0.04-0.18170.10590.03520.4445-0.68250.02160.35090.00190.00640.4276-0.06540.27851.8873-37.4395-30.0609
51.7074-0.99090.41571.89870.17221.20670.07670.15390.0022-0.3697-0.19350.312-0.1669-0.21240.10040.363-0.0065-0.04780.3443-0.0690.3377-8.1997-4.6169-31.4664
65.5053-0.2331.23737.45940.03394.42460.0090.081-0.5067-0.00350.12480.29570.504-0.3336-0.09670.3419-0.05530.07960.2520.01060.3067-29.7373-25.653238.5493
75.2669-0.9555-4.44712.6740.91917.92350.06660.5880.1413-0.24830.03060.07290.125-0.4839-0.09110.3037-0.00160.01220.2329-0.00140.2896-25.8317-9.869927.8111
85.2461-2.37560.47954.9916-0.69662.1098-0.0195-0.1446-0.05070.22290.0939-0.19270.09490.1959-0.05480.2797-0.03140.05670.2833-0.0380.1849-18.0133-13.620340.6951
90.3194-0.0411-0.01961.45220.67841.7921-0.07280.03330.0255-0.00620.0460.0340.1397-0.00380.02950.235-0.02130.02330.2789-0.01620.234-5.0921-23.900813.1312
104.7585-0.6721-0.58224.28281.75273.9196-0.05250.0783-0.1050.1721-0.06750.2560.5019-0.46590.1140.4412-0.14790.04450.3375-0.02720.2789-11.635-40.81553.4683
116.35621.8887-0.77932.94844.43259.18390.1166-0.1242-0.15510.56570.3938-0.73460.62860.703-0.38010.38060.0453-0.06740.3697-0.06260.40534.9507-40.77266.6817
124.83080.84790.75571.57-0.81385.88480.0238-0.88180.01440.5956-0.5114-0.5168-0.92291.60760.25390.6809-0.1228-0.21651.0510.11310.578637.9332-24.755930.1703
132.33380.4344-0.911.855-2.59894.2746-0.0702-0.028-0.23260.233-0.2347-0.2207-0.30520.53090.25020.37020.0395-0.11830.5199-0.04680.413429.1173-25.296815.669
145.8947-0.67620.8972.7592-2.64015.3933-0.3732-0.1366-1.2805-0.171-0.252-0.17510.88330.18520.31730.44690.14310.0170.37140.10170.607923.8349-38.412624.9899
150.60040.00590.30571.08240.39261.44-0.03040.0193-0.0116-0.05140.0623-0.0633-0.09850.2645-0.04950.256-0.04090.01230.3382-0.02040.28027.1115-11.125222.5602
162.9558-0.8494-0.14424.1091.10522.8879-0.0309-0.06850.0980.4002-0.0138-0.3152-0.11910.23630.03050.4108-0.1019-0.08650.34370.00410.295914.27727.235535.9021
175.5454-2.182-0.4457.30451.61551.8514-0.2062-0.05480.5682-0.39270.7058-1.4577-0.27850.9687-0.43730.6247-0.25410.16010.9664-0.16730.743234.603816.0137-39.5588
180.8493-0.6929-0.84644.67572.24323.0518-0.0652-0.07630.1649-0.1290.1581-0.2272-0.34670.5498-0.04810.5111-0.18190.04410.55250.00770.394519.550817.6575-32.6148
191.08830.20920.20132.7039-0.42312.1229-0.00260.17170.056-0.36730.0868-0.0672-0.13050.1616-0.00860.2986-0.07370.05120.3233-0.04130.228616.8854-3.5346-32.9573
203.4191-1.33511.76371.6264-1.41722.29610.03010.10170.1368-0.1004-0.2004-0.2885-0.01050.7120.17270.3529-0.05210.01650.613-0.06220.378230.8003-10.424-11.975
212.6453-0.23651.85145.4917-1.45712.4873-0.22470.2470.81030.714-0.6427-1.17-0.74630.61190.4230.812-0.2204-0.13270.40640.19010.66873.510846.805226.5673
221.7133-1.07920.67653.4144-0.68721.10720.0417-0.05530.12660.2067-0.0737-0.0814-0.26520.00490.05240.684-0.13230.01140.30460.00360.3455-3.836632.820827.7996
230.73780.3375-0.14270.94550.24370.6179-0.03840.0463-0.0147-0.06030.053-0.0948-0.13220.0534-0.0110.4694-0.0644-0.04020.27280.0150.337-0.693328.76770.2907
243.29540.70.2742.4057-0.37053.5256-0.13080.20570.1973-0.32760.33430.0292-0.31370.0327-0.19350.6543-0.1910.02450.324-0.01050.433210.880838.17-13.4316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 276 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 277 through 467 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 213 through 466 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1 through 87 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 88 through 135 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 136 through 212 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 213 through 372 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 373 through 440 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 441 through 467 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 2 through 87 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 88 through 185 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 186 through 212 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 213 through 321 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 322 through 466 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 1 through 87 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 88 through 185 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 186 through 276 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 277 through 467 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 87 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 88 through 204 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 205 through 372 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 373 through 468 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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