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- PDB-5tjf: The crystal structure of Allophycocyanin from the red algae Graci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tjf
タイトルThe crystal structure of Allophycocyanin from the red algae Gracilaria chilensis
要素(Allophycocyanin ...) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / allophycocianin / phycobilisome / phycobiliproteins / FRET
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Allophycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Gracilaria chilensis (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Figueroa, M. / Dagnino, J. / Kerff, F. / Chartier, P. / Bunster, M. / Martinez-Oyanedel, J.
資金援助 チリ, 1件
組織認可番号国
CONICYTFONDECYT 113.0256 チリ
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural models of the different trimers present in the core of phycobilisomes from Gracilaria chilensis based on crystal structures and sequences.
著者: Dagnino-Leone, J. / Figueroa, M. / Mella, C. / Vorphal, M.A. / Kerff, F. / Vasquez, A.J. / Bunster, M. / Martinez-Oyanedel, J.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allophycocyanin alpha subunit
B: Allophycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,07630
ポリマ－34,9062
非ポリマー2,17028
水8,611478
1
A: Allophycocyanin alpha subunit
B: Allophycocyanin beta subunit
ヘテロ分子

A: Allophycocyanin alpha subunit
B: Allophycocyanin beta subunit
ヘテロ分子

A: Allophycocyanin alpha subunit
B: Allophycocyanin beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,22790
ポリマ－104,7176
非ポリマー6,51084
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_985-y+4,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_695-x+y+1,-x+4,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.410, 97.410, 63.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

HOH

21A-327-

HOH

31A-397-

HOH

41A-463-

HOH

51A-468-

HOH

61A-495-

HOH

71A-515-

HOH

81A-517-

HOH

91B-331-

HOH

101B-380-

HOH

111B-467-

HOH

121B-490-

HOH

131B-546-

HOH

141B-549-

HOH

151B-551-

HOH

161B-554-

HOH

171B-555-

HOH

181B-556-

HOH

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要素

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Allophycocyanin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Allophycocyanin alpha subunit


分子量: 17403.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / 参照: UniProt: A0A141SEH2
#2: タンパク質 Allophycocyanin beta subunit


分子量: 17501.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gracilaria chilensis (真核生物) / 参照: UniProt: A0A141SEH3

-
非ポリマー , 5種, 506分子

#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18% PEG 6000 0.3 M NaCl 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.18 Å / Num. obs: 29513 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1303 / Net I/σ(I): 8.43
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3568 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.3→42.18 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 32.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 1479 5.04 %
Rwork0.257 --
obs0.2584 29317 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2422 0 135 478 3035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5553468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7531513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3002-2.37450.33221370.30182554X-RAY DIFFRACTION97
2.3745-2.45930.39511350.32552521X-RAY DIFFRACTION98
2.4593-2.55780.33661380.30542546X-RAY DIFFRACTION98
2.5578-2.67420.2971310.31012507X-RAY DIFFRACTION98
2.6742-2.81510.32171340.30542606X-RAY DIFFRACTION99
2.8151-2.99150.31441310.28942530X-RAY DIFFRACTION98
2.9915-3.22240.31391360.26662561X-RAY DIFFRACTION98
3.2224-3.54650.25441290.24982534X-RAY DIFFRACTION97
3.5465-4.05930.28881340.23162502X-RAY DIFFRACTION97
4.0593-5.11290.23741330.20922448X-RAY DIFFRACTION94
5.1129-42.18680.2261410.21792530X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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