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万見
- PDB-5tj3: Crystal structure of wild type alkaline phosphatase PafA to 1.7A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tj3
タイトルCrystal structure of wild type alkaline phosphatase PafA to 1.7A resolution
要素Alkaline phosphatase PafA
キーワードHYDROLASE / alkaline phosphatase / PafA / phosphate monoesterase / substrate specificity / comparative enzymology
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphatase activity / glucose-1-phosphatase activity / carbohydrate phosphatase activity / sugar-phosphatase activity / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / dephosphorylation / periplasmic space / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #150 / Alkaline phosphatase, prokaryotic / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkaline phosphatase PafA
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lyubimov, A.Y. / Sunden, F. / Ressl, S. / Herschlag, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49243 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic and Evolutionary Insights from Comparative Enzymology of Phosphomonoesterases and Phosphodiesterases across the Alkaline Phosphatase Superfamily.
著者: Sunden, F. / AlSadhan, I. / Lyubimov, A.Y. / Ressl, S. / Wiersma-Koch, H. / Borland, J. / Brown, C.L. / Johnson, T.A. / Singh, Z. / Herschlag, D.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline phosphatase PafA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6635
ポリマ－61,4021
非ポリマー2624
水10,989610
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area19840 Å2
2
A: Alkaline phosphatase PafA
ヘテロ分子

A: Alkaline phosphatase PafA
ヘテロ分子

A: Alkaline phosphatase PafA
ヘテロ分子

A: Alkaline phosphatase PafA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,65320
ポリマ－245,6074
非ポリマー1,04716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area16010 Å2
ΔGint-396 kcal/mol
Surface area64200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.797, 113.797, 71.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1012-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alkaline phosphatase PafA / AP PafA


分子量: 61401.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Thr78 (here in position 69) is recorded as a phosphorylated threonine (TPO). The phosphorylated form was purified endogenously and is the result of baseline enzymatic activity.
由来: (組換発現) Elizabethkingia meningoseptica (バクテリア)
遺伝子: pafA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJX5, alkaline phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 22% PEG3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.4, 0.2 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.23
反射解像度: 1.7→35.986 Å / Num. obs: 48644 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.958 / Rmerge(I) obs: 0.287 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / CC1/2: 0.416 / % possible all: 85.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.82 Å35.99 Å
Translation6.82 Å35.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
Aimless0.5.23データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3Q3Q

3q3q


解像度: 1.7→35.986 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1768 1777 3.67 %
Rwork0.1583 --
obs0.1596 48460 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.67 Å2 / Biso mean: 15.2001 Å2 / Biso min: 2.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→35.986 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4067 0 4 611 4682
Biso mean--40.91 29.44 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6145828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049639
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7832514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7278-1.77720.26521940.25343201X-RAY DIFFRACTION85.3
1.7772-1.83290.2645990.23173269X-RAY DIFFRACTION84
1.8329-1.89620.2418990.22553453X-RAY DIFFRACTION90
1.8962-1.96930.23232080.20013549X-RAY DIFFRACTION92
1.9693-2.05520.18481050.18623732X-RAY DIFFRACTION97
2.0552-2.15840.21921020.17773778X-RAY DIFFRACTION97
2.1584-2.2860.18362100.17273624X-RAY DIFFRACTION94
2.286-2.45030.2051020.163783X-RAY DIFFRACTION97
2.4503-2.67520.17821050.15073763X-RAY DIFFRACTION97
2.6752-3.01480.16342120.14233676X-RAY DIFFRACTION94
3.0148-3.63870.12931060.12293796X-RAY DIFFRACTION97
3.6387-5.84130.12432020.10673742X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00030.0011-0.00090.0023-0.00360.0032-0.0038-0.0135-0.0012-0.0102-0.0070.00040.0056-0.0041-0.00370.0647-0.00650.00070.0484-0.0057-0.0156-2.9254-23.963741.6057
20.0050.00130.00040.00060.00040.0003-0.00340.0106-0.00820.00180.0071-0.00440.00380.00080.00010.05860.00670.01810.0608-0.01950.01946.5561-35.669118.6555
30.00890.0001-0.0070.0279-0.01340.0148-0.00360.0033-0.0114-0.001-0.0198-0.01450.01150.014-0.02180.05580.0181-0.00140.02810.011-0.009510.5358-36.443533.5494
40.0043-0.0005-0.00010.00060.0010.0045-0.0003-0.0111-0.01450.0071-0.007-0.00930.0131-0.0037-0.01120.0772-0.0215-0.00080.03110.030.0747-13.9569-43.324941.4468
50.0062-0.0032-0.00610.0101-0.00060.0091-0.0042-0.0072-0.02350.0093-0.00740.00290.01030.0049-0.01670.0671-0.0235-0.00710.02520.03370.0428-6.4574-39.88242.2905
60.001-0.0002-0.00140.00270.00160.00230.0039-0.0021-0.00550.0086-0.01640.0054-0.01010.0001-0.00010.0499-0.00890.01140.0380.00360.0301-12.9139-25.561736.4362
70.0005-0.00060.00090.0027-0.00280.0030.00930.0117-0.0094-0.0043-0.01590.01010.0109-0.0025-0.01050.04950.0106-0.00910.0614-0.0218-0.0129-6.2081-17.321710.3184
80.00180.0001-0.0024-0.00010.00020.00350.0020.0027-0.0035-0.004-0.00260.00350.0021-0.00060.00360.0429-0.0060.01150.0454-0.01520.0084-14.8426-22.907423.4542
90.00050.00120.00110.00670.00520.0046-0.008-0.00890.0024-0.0064-0.00690.0028-0.0074-0.0075-0.01180.052-0.0193-0.00360.0416-0.0056-0.00942.2566-16.714743.7522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 100 )A24 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 126 )A101 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 198 )A127 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 199 through 241 )A199 - 241
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 242 through 339 )A242 - 339
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 340 through 375 )A340 - 375
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 376 through 466 )A376 - 466
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 467 through 490 )A467 - 490
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 491 through 545 )A491 - 545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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