PDB-5tir: Crystal Structure of Mn Superoxide Dismutase mutant M27V from Tri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tir

タイトル

Crystal Structure of Mn Superoxide Dismutase mutant M27V from Trichoderma reesei

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / manganese ion binding / mitochondrial matrix
類似検索 - 分子機能

生物種

Hypocrea jecorina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Mendoza, E.R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. / Ferreira Junior, J.R.S. / Garratt, R.C.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Mn Superoxide Dismutase mutant M27V from Trichoderma reesei
著者: Mendoza, E.R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. / Ferreira Junior, J.R.S. / Penner-Hahn, J.E. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2016年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tir.cif.gz	350.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tir.ent.gz	285.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tir_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tir_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	5tir_validation.xml.gz	39.9 KB	表示
CIF形式データ	5tir_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/5tir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/5tir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kkcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dqy-1 6dqy-3 6dqy-2 6dqy-5 6dqy-6 6cyp-2 6cyx-2 6dqy-4 6cyx-1 3dc6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

C: Superoxide dismutase

D: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

93.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.100, 77.640, 159.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid
2	1	chain B and segid
3	1	chain C and segid
4	1	chain D and segid

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid	A
2	1	1	chain B and segid	B
3	1	1	chain C and segid	C
4	1	1	chain D and segid	D

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 23228.223 Da / 分子数: 4 / 変異: M27V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (strain QM6a) (菌類) 株: QM6a / 遺伝子: TRIREDRAFT_66345 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: G0RQS7, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 976 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.58 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.3, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→55.55 Å / Num. obs: 107813 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.62-1.66	6.5	1.241	0.525	1	99.9
7.24-55.55	5.8	0.019		1	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KKC

1kkc

解像度: 1.62→48.734 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.36

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1854	2000	1.86 %	Random Selection
R_work	0.1623	-	-	-
obs	0.1628	107720	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.16 Å² / B_iso mean: 26.2456 Å² / B_iso min: 12.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.62→48.734 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6429	0	4	976	7409
B_iso mean	-	-	17.57	36.47	-
残基数	-	-	-	-	829

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6609
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	9003
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	973
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.895	2313

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3861	X-RAY DIFFRACTION	2.955	TORSIONAL
1	2	B	3861	X-RAY DIFFRACTION	2.955	TORSIONAL
1	3	C	3861	X-RAY DIFFRACTION	2.955	TORSIONAL
1	4	D	3861	X-RAY DIFFRACTION	2.955	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.62-1.6605	0.2942	140	0.2685	7445	7585
1.6605-1.7054	0.2758	142	0.2532	7460	7602
1.7054-1.7556	0.2715	141	0.2348	7452	7593
1.7556-1.8123	0.2446	141	0.2145	7473	7614
1.8123-1.877	0.2212	142	0.2032	7494	7636
1.877-1.9522	0.2017	141	0.1814	7485	7626
1.9522-2.041	0.2165	143	0.1667	7510	7653
2.041-2.1487	0.1994	142	0.1604	7522	7664
2.1487-2.2833	0.1857	142	0.1498	7539	7681
2.2833-2.4596	0.1603	143	0.1511	7545	7688
2.4596-2.7071	0.1892	143	0.1533	7561	7704
2.7071-3.0987	0.184	145	0.1617	7620	7765
3.0987-3.9038	0.1675	145	0.1495	7652	7797
3.9038-48.7558	0.1475	150	0.1357	7962	8112

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.067	-0.3285	0.4035	1.4589	-0.7353	1.1259	0.0327	-0.0409	-0.1381	0.0006	0.0619	0.1266	0.0479	-0.1397	-0.0982	0.1257	-0.0217	0.0013	0.1703	-0.0098	0.145	2.7662	-20.584	-7.091
2	2.007	-1.1022	-0.4553	2.8419	0.1294	1.1341	0.1621	0.3958	-0.2001	-0.3737	-0.2084	-0.1068	0.1132	0.1014	0.0778	0.1653	0.0312	0.0144	0.238	-0.0286	0.1549	22.4341	-24.3278	-15.0066
3	1.4736	-0.6232	-0.4389	1.9447	-0.0347	0.895	0.0966	0.2266	-0.1834	-0.2595	-0.0875	0.1071	0.1015	-0.098	-0.0386	0.1368	0.0027	-0.0242	0.1688	-0.0156	0.1507	13.9326	-24.3099	-8.8719
4	2.9655	0.4833	-2.4307	0.9777	-0.3224	4.5503	0.0661	-0.2007	0.0255	0.1683	-0.1062	-0.1284	-0.2468	0.3128	0.0372	0.1859	-0.0163	-0.0528	0.1315	0.0141	0.1628	26.9231	-0.1753	3.9557
5	2.203	-0.7029	-2.1564	1.465	0.9781	4.1617	0.0166	-0.0887	0.0724	0.1724	-0.0447	0.0082	-0.2378	0.0572	0.0248	0.1614	-0.0183	-0.0357	0.0994	0.0071	0.1314	21.7425	5.121	-1.1404
6	8.7706	1.7832	1.0874	1.1045	1.2142	5.8247	0.0674	-0.0167	0.9787	0.169	0.2058	0.3931	-1.0483	-0.3308	-0.1166	0.4682	0.1579	0.1202	0.2687	0.0634	0.3721	1.9709	19.064	1.5607
7	6.1529	-3.644	-1.6056	9.2382	4.0675	5.8823	0.044	0.1621	-0.0449	0.0904	-0.1911	0.9765	-0.1905	-0.961	-0.0376	0.1835	0.0688	0.0499	0.2818	0.0449	0.2276	0.305	5.9782	1.0345
8	3.24	-1.6616	0.1718	4.652	-0.6541	3.4646	0.1512	0.2681	0.4102	-0.3317	-0.0381	-0.0358	-0.389	-0.135	-0.15	0.2028	0.0364	0.0334	0.181	0.039	0.1691	9.8525	7.1982	-5.6653
9	3.0691	-1.1073	-1.6727	2.1033	2.1587	3.0276	0.2022	0.3752	0.3257	-0.437	-0.0853	-0.0829	-0.6022	-0.1519	-0.075	0.2845	0.0262	0.0163	0.2122	0.036	0.1803	15.3986	7.2064	-4.2902
10	2.8626	1.0107	-1.1751	3.4819	-2.1615	3.3528	-0.0143	0.0124	-0.117	0.1026	0.0237	0.1056	0.0084	-0.1085	-0.1111	0.1592	0.0067	-0.0029	0.1548	-0.0067	0.1476	10.5693	-8.146	5.597
11	3.0546	1.8734	0.8224	6.689	0.0558	1.5188	0.117	-0.0751	0.1135	0.3025	-0.1003	0.315	-0.3435	-0.4549	-0.0679	0.2473	0.027	0.0588	0.2283	0.0211	0.1906	5.1939	0.8616	8.614
12	3.8812	-1.6159	-1.1826	3.5357	-0.6096	3.9341	0.162	-0.145	0.6471	0.4545	-0.0078	-0.1069	-0.5913	0.1802	-0.2216	0.3976	0.0186	0.0529	0.1461	-0.0128	0.2439	13.0328	16.7394	6.2839
13	9.2799	-0.8271	5.1109	4.4449	1.0276	3.3587	-0.3528	0.5626	0.4006	0.7173	0.1972	-0.2069	-1.0191	0.4815	0.5126	0.6723	-0.0917	0.0474	0.4023	0.007	0.4093	23.0703	16.725	-1.9528
14	0.2436	-0.1022	0.5801	3.1319	-1.6772	1.8956	-0.0886	0.1039	0.1655	-0.2433	0.2909	0.3831	0.1138	-0.3577	-0.1691	0.2012	0.0431	-0.0163	0.2282	0.0014	0.21	-4.3528	8.748	-40.7402
15	0.8174	0.7789	-0.3496	4.6619	-3.2046	2.4877	-0.0204	0.0255	0.0079	-0.3848	0.1055	0.1521	0.3387	-0.1153	-0.0546	0.2116	-0.0032	-0.0221	0.1786	-0.0187	0.1406	-2.0263	-3.7143	-36.2837
16	0.748	0.0016	0.1925	3.3088	-1.5895	1.2072	-0.0128	-0.0853	0.1423	0.1048	-0.0557	0.0852	-0.0486	-0.1728	0.045	0.1348	0.0121	-0.008	0.1871	-0.0553	0.1422	-1.8333	4.5033	-29.7315
17	1.8999	-0.5876	-0.2038	1.465	-1.0863	1.0803	-0.0873	-0.5075	0.4155	0.7936	-0.2309	0.4439	-0.674	-0.3065	-0.0121	0.3875	0.1144	0.0176	0.3386	-0.2817	0.3922	0.4753	26.3085	-18.8238
18	2.4095	-1.9216	-1.7486	6.7198	2.2714	2.3524	-0.0176	-0.2936	0.5715	0.4294	-0.0789	-0.569	-0.2866	0.1092	-0.0045	0.257	-0.0075	-0.0622	0.1976	-0.0491	0.278	10.8581	21.2404	-25.0081
19	5.124	-1.9645	-0.8911	3.9199	0.458	2.5942	-0.1314	-0.3965	0.1321	0.4261	0.0388	0.2385	-0.0498	-0.1097	0.1727	0.1843	0.0083	0.0203	0.1959	-0.0338	0.166	6.0538	10.3923	-24.0578
20	2.0861	0.9388	0.4462	3.0461	1.4102	5.2947	-0.1827	-0.7396	0.1902	0.9576	0.1673	0.6858	-0.0378	0.1383	0.0105	0.3111	0.0039	0.0666	0.2834	-0.0626	0.2178	4.5936	12.6875	-18.6949
21	2.3436	-1.7506	0.2712	4.4583	0.6601	0.9777	-0.1287	-0.4833	0.0261	0.8054	0.0226	0.3067	0.0702	-0.2651	0.0736	0.2353	0.004	0.0407	0.2523	-0.0333	0.1665	1.4814	8.196	-24.3676
22	1.2198	-0.0137	-0.092	2.8201	-0.5874	2.3292	-0.0078	0.0811	0.0885	-0.0977	-0.1012	-0.1606	-0.0788	-0.0234	0.109	0.1576	0.0356	0.0159	0.1638	0.0104	0.1836	12.9067	10.1579	-39.2176
23	6.8892	-1.3181	0.449	4.2569	0.852	3.0242	-0.098	-0.1508	0.5844	0.0093	-0.1465	-0.0417	-0.3317	0.02	0.2993	0.2144	0.0085	-0.0168	0.1654	0.006	0.1973	9.2776	19.6419	-35.3388
24	0.4487	-0.6815	-0.961	2.7494	0.2946	3.1331	-0.1392	-0.194	0.4514	0.0397	-0.1032	0.456	-0.0908	-0.858	0.1251	0.2205	0.0904	0.0069	0.3732	-0.1647	0.3699	-6.4132	20.1214	-27.0085
25	9.4993	-2.5026	-1.5225	2.0061	-2.6424	9.3075	0.9763	-0.9385	0.0332	0.5841	0.1017	0.7646	-0.8298	-0.8423	-0.9256	0.5698	0.0068	0.1601	0.7761	-0.0996	0.7143	-10.8401	8.2271	-23.1786
26	0.4896	0.1614	-0.0741	1.0306	-0.2742	2.5853	0.0206	0.0156	-0.0128	0.0103	0.0011	-0.1517	-0.3576	0.2342	-0.0545	0.1455	-0.02	0.0018	0.1675	0.0218	0.1988	30.1526	3.3221	-33.6641
27	2.7441	-2.2722	-0.7701	5.8836	1.0866	2.2447	-0.038	-0.0782	-0.341	0.2418	0.1048	-0.0326	0.3735	0.0121	-0.0414	0.1911	0.0023	-0.0078	0.133	0.0332	0.1999	22.4368	-16.5841	-34.8125
28	2.0129	-0.8951	0.4518	2.1245	0.235	1.5461	0.05	0.0101	-0.0817	0.0319	-0.0057	-0.1328	0.0923	0.0185	-0.0434	0.1389	-0.0032	0.0237	0.1376	0.0191	0.1655	23.5599	-7.1357	-39.1164
29	5.3916	-1.2176	-5.6539	8.6095	3.5798	9.5117	0.148	-0.4921	-0.3303	0.3173	0.1563	-0.9458	0.1576	1.5668	-0.3321	0.4275	0.0834	-0.0706	0.5893	0.0249	0.5127	38.5417	-8.1761	-28.799

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 98 )	A	2 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 99 through 147 )	A	99 - 147
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 148 through 209 )	A	148 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 54 )	B	2 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 55 through 98 )	B	55 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 99 through 111 )	B	99 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 112 through 125 )	B	112 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 126 through 147 )	B	126 - 147
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 148 through 163 )	B	148 - 163
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 164 through 176 )	B	164 - 176
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 177 through 187 )	B	177 - 187
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 188 through 198 )	B	188 - 198
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 199 through 208 )	B	199 - 208
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 2 through 23 )	C	2 - 23
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 24 through 54 )	C	24 - 54
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 55 through 98 )	C	55 - 98
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 99 through 111 )	C	99 - 111
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 112 through 125 )	C	112 - 125
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 126 through 137 )	C	126 - 137
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 138 through 147 )	C	138 - 147
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 148 through 163 )	C	148 - 163
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 164 through 176 )	C	164 - 176
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 177 through 187 )	C	177 - 187
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 188 through 198 )	C	188 - 198
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 199 through 208 )	C	199 - 208
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 2 through 98 )	D	2 - 98
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 99 through 147 )	D	99 - 147
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 148 through 198 )	D	148 - 198
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 199 through 208 )	D	199 - 208

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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