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- PDB-5thz: Crystal structure of CurJ carbon methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5thz
タイトルCrystal structure of CurJ carbon methyltransferase
要素CurJ
キーワードTRANSFERASE / LYASE / methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / : / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. ...Helix-turn-helix domain / : / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / : / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / CurJ
類似検索 - 構成要素
生物種Moorea producens 3L (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Skiba, M.A. / Smith, J.L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK042303 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA108874 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008353 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2016
タイトル: Domain Organization and Active Site Architecture of a Polyketide Synthase C-methyltransferase.
著者: Skiba, M.A. / Sikkema, A.P. / Fiers, W.D. / Gerwick, W.H. / Sherman, D.H. / Aldrich, C.C. / Smith, J.L.
履歴
登録2016年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年12月28日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CurJ
A: CurJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4066
ポリマ－90,3562
非ポリマー1,0504
水2,900161
1
B: CurJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6543
ポリマ－45,1781
非ポリマー4772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: CurJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7513
ポリマ－45,1781
非ポリマー5742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.124, 129.131, 63.076
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Monomer as determined by gel filtration

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要素

#1: タンパク質 CurJ / Polyketide synthase module


分子量: 45177.980 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1269-1649 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorea producens 3L (バクテリア)
遺伝子: LYNGBM3L_74460 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F4Y426
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.30 M NaCitrate, 2 mM GSH/GSSG, 5% Acetone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月21日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→43.442 Å / Num. obs: 39931 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.01 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 9.15
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.08-2.211.0511.270.684193.6
2.21-2.360.8491.970.94199.8
2.36-2.550.5743.040.922199.9
2.55-2.790.4224.550.952199.7
2.79-3.120.2577.930.981199.8
3.12-3.60.14514.740.993199.9
3.6-4.40.08922.410.996199.6
4.4-6.190.06726.920.997199.7
6.19-43.4420.04932.670.998198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.98 Å43.43 Å
Translation1.98 Å43.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5THY

5thy


解像度: 2.1→43.435 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2516 3358 4.27 %
Rwork0.1853 --
obs0.1881 39893 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 140.68 Å2 / Biso mean: 51.9024 Å2 / Biso min: 17.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5988 0 71 161 6220
Biso mean--51.63 44.5 -
残基数----763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9198418
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0443719
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.130.381400.311330043144100
2.13-2.16180.34841370.30231673304100
2.1618-2.19560.35531440.307531733317100
2.1956-2.23160.38311360.33193110324699
2.2316-2.27010.39331360.34053091322798
2.2701-2.31130.3581380.31243155329399
2.3113-2.35580.35561450.28473075322099
2.3558-2.40390.33911390.273431703309100
2.4039-2.45610.2871420.248730933235100
2.4561-2.51330.2721410.236632023343100
2.5133-2.57610.34381460.239731223268100
2.5761-2.64570.30711330.251531643297100
2.6457-2.72360.34541410.24093163330499
2.7236-2.81150.38121360.2431093245100
2.8115-2.9120.27751340.215831823316100
2.912-3.02850.28571440.19931243268100
3.0285-3.16630.30871440.182531613305100
3.1663-3.33320.21651400.164831713311100
3.3332-3.54190.2591360.149831573293100
3.5419-3.81530.18911410.138631393280100
3.8153-4.19890.19151400.132131753315100
4.1989-4.80580.18941440.115431183262100
4.8058-6.05220.20041410.147131243265100
6.0522-43.44410.16991400.143145328599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.55863.0291-3.84932.3767-1.90264.3540.3365-0.45160.0770.3097-0.12730.1162-0.1640.3052-0.1910.69330.0202-0.06640.302-0.02770.3448-6.712818.58236.3195
27.09371.92812.68423.69871.6262.32770.317-0.29410.14120.1631-0.1963-0.19450.2421-0.20480.02340.7092-0.07530.09180.32150.01250.328-0.9978.8879-31.0698
34.21920.8156-0.38472.0554-0.6946.99210.08390.67060.3199-0.30760.20060.1947-0.3622-1.255-0.1230.77020.0767-0.01770.60440.07680.317-16.893310.3469-40.2317
43.60280.07670.40651.3315-0.1465.78350.1822-0.0181-0.1087-0.1467-0.1435-0.10970.37140.0389-0.04540.69090.01590.02620.2372-0.00230.2802-2.50061.3491-30.2698
50.4847-0.4168-0.30073.40120.60281.6156-0.04290.0432-0.1503-0.17880.0471-0.18720.97110.1268-0.19250.6065-0.0329-0.01170.34160.00670.2922-3.3935.6562-8.3169
62.3305-0.04620.05132.6741-0.08962.9385-0.0029-0.1411-0.0590.36760.0068-0.03450.07080.0593-0.02340.3053-0.0165-0.00630.1462-0.00020.192-15.0264.4989-0.1327
72.00280.2852-0.36852.43920.86914.0562-0.00220.23190.2534-0.37540.1053-0.0036-0.37870.0402-0.05280.5469-0.0312-0.01720.2230.0380.2717-13.973216.8162-14.8801
87.9543-1.83853.51764.558-2.50117.62850.2066-0.4133-0.87760.37020.37160.63940.3024-0.607-0.50890.6029-0.00780.10140.21220.00960.45881.1875-31.4826-0.5068
93.8705-0.8056-1.68782.30641.38235.9166-0.03620.5257-0.149-0.41870.01760.1087-0.37320.02260.0120.6991-0.0618-0.07890.386-0.00920.30438.0549-15.893-32.28
101.8885-0.11-1.39191.9247-1.62585.07380.1666-0.51920.02150.9206-0.04520.3050.07650.007-0.09770.52940.01130.06960.25410.00050.35537.3604-20.25032.3579
113.74770.064-0.61693.80260.1743.36740.0607-0.16290.16190.2589-0.00370.0997-0.1112-0.0325-0.04310.2392-0.015-0.01860.13360.02510.185115.9456-14.2142-1.4655
122.32870.5659-0.12112.512-2.32057.251-0.10260.2699-0.4219-0.36440.20870.05250.4365-0.0248-0.11490.483-0.0121-0.00180.1891-0.0530.296514.2903-27.1312-14.8931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid -5 through 28 )B-5 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 29 through 54 )B29 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 55 through 105 )B55 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 106 through 156 )B106 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 157 through 189 )B157 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 190 through 307 )B190 - 307
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 308 through 381 )B308 - 381
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 6 through 28 )A6 - 28
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 29 through 172 )A29 - 172
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 173 through 211 )A173 - 211
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 212 through 307 )A212 - 307
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 308 through 381 )A308 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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