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- PDB-5thx: Crystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5thx
タイトルCrystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria gonorrhoeae with bound NADP and FAD
要素Ferredoxin--NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Neisseria gonorrhoeae / ferredoxin NADP+ reductase / NADP / FAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type ...Ferredoxin--NADP reductase, bacteria / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae MIA_2011_03-10 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a ferredoxin NADP+ reductase from Neisseria gonorrhoeae with bound NADP and FAD
著者: Phan, J.N. / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0004
ポリマ－30,4471
非ポリマー1,5533
水6,503361
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.010, 60.010, 158.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin--NADP reductase


分子量: 30446.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae MIA_2011_03-10 (淋菌)
遺伝子: M736_00365 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3GW31
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus (274695 A1): 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.3 M MgCl2, 0.3 M CaCl, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5 Direct cryo; Protein Concentration: 20.5 mg/mL; puck id: ifb3-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月4日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 43054 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.53 % / Biso Wilson estimate: 17.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.590.4973.990.951100
1.59-1.630.3815.230.9681100
1.63-1.680.3226.160.9771100
1.68-1.730.2477.910.9831100
1.73-1.790.1999.770.991100
1.79-1.850.16212.190.9921100
1.85-1.920.12115.590.9971100
1.92-20.09818.970.9971100
2-2.090.08322.790.9981100
2.09-2.190.07325.580.9981100
2.19-2.310.06429.150.9981100
2.31-2.450.05931.690.9981100
2.45-2.620.05633.640.9991100
2.62-2.830.05136.90.998199.9
2.83-3.10.04640.790.9991100
3.1-3.470.04343.130.9991100
3.47-40.04145.180.9991100
4-4.90.03946.340.9991100
4.9-6.930.03844.380.9991100
6.93-500.03840.950.998197.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3crz

3crz


解像度: 1.55→37.396 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1882 1988 4.63 %
Rwork0.1587 --
obs0.16 42944 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.72 Å2 / Biso mean: 24.0886 Å2 / Biso min: 10.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→37.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 155 364 2561
Biso mean--18.22 34.98 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9093182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005482
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0251436
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.55-1.58880.22631300.196928713001
1.5888-1.63170.24671420.179728833025
1.6317-1.67980.20441440.181928482992
1.6798-1.7340.20331400.168428643004
1.734-1.79590.23961240.174828953019
1.7959-1.86780.22021460.17128873033
1.8678-1.95290.1971380.16328953033
1.9529-2.05580.18661250.159729173042
2.0558-2.18460.20521400.162829013041
2.1846-2.35320.18161450.159729323077
2.3532-2.590.18591400.16629343074
2.59-2.96470.18131620.164629533115
2.9647-3.73460.1781480.152330083156
3.7346-37.40730.17351640.14231683332
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.61850.13030.58621.60350.24021.26190.10950.1304-0.2843-0.09840.09240.45680.282-0.3093-0.17990.1677-0.0678-0.02180.22270.01420.232915.212-4.25279.26
22.6130.0553-0.29972.288-0.68711.4720.0218-0.0146-0.2180.00340.1250.42530.3028-0.5492-0.06410.1356-0.0694-0.00640.26140.03180.213913.582-1.71711.7669
32.4184-0.4350.74142.0253-0.03120.61280.0898-0.2444-0.42510.12910.16440.40620.4301-0.4697-0.22030.2364-0.08320.02950.23590.09070.307513.1407-8.493720.0075
44.5245.2534-0.91726.9035-2.08582.0627-0.06190.17450.3421-0.10420.10060.4426-0.0241-0.19330.00750.09830.0275-0.01180.18060.01920.157719.56915.365.6822
51.9140.49180.5712.6713-0.37873.5703-0.02280.17720.0812-0.1227-0.05060.0192-0.04150.02020.07040.07290.0129-0.0020.13720.00830.113429.51248.93386.4458
61.9042-0.42742.6240.9297-1.20438.75060.1970.2039-0.1321-0.12-0.07440.01980.76470.2492-0.13780.17230.0113-0.00590.14730.00010.151433.2371-3.0278.3434
72.77780.43694.37631.75970.84167.1340.06260.4027-0.0805-0.15120.0524-0.18850.18940.5509-0.10680.10860.01250.02550.19080.00830.165536.90495.12424.3623
80.9301-0.70831.15360.9924-0.82611.9902-0.13860.13830.22180.0914-0.1194-0.2782-0.12360.21270.26150.113-0.0147-0.03780.16240.03880.208538.676313.041315.5132
92.53660.13180.563.7499-0.78642.2647-0.1097-0.16570.06610.22390.01120.0417-0.09260.00750.09180.11380.0334-0.0040.1495-0.02450.107424.474518.418317.2474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 36 )A2 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 69 )A37 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 92 )A70 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 108 )A93 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 109 through 144 )A109 - 144
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 145 through 166 )A145 - 166
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 167 through 180 )A167 - 180
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 181 through 221 )A181 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 222 through 258 )A222 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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