PDB-5thk: Crystal Structure of a Putative Dehydrogenase from Burkholderia c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5thk

タイトル

Crystal Structure of a Putative Dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia with bound NADP

要素

Putative dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia with bound NADP
著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5thk.cif.gz	834.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5thk.ent.gz	689.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5thk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5thk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5thk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u5tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mcn-1 4a9i-d 5hzm-d 6zmp-d 6nk2-d 1o9k-1 6pfv-3 3p19-2 2j66-d 2pv0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuceA.00010.k.B1 TargetTrack: SSGCID-BuceA.00010.k

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative dehydrogenase

B: Putative dehydrogenase

C: Putative dehydrogenase

D: Putative dehydrogenase

E: Putative dehydrogenase

F: Putative dehydrogenase

G: Putative dehydrogenase

H: Putative dehydrogenase

ヘテロ分子

233 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative dehydrogenase

B: Putative dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative dehydrogenase

G: Putative dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.4 kDa, 2 ポリマー
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3

D: Putative dehydrogenase

E: Putative dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Putative dehydrogenase

H: Putative dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.3 kDa, 2 ポリマー
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5

A: Putative dehydrogenase

B: Putative dehydrogenase

F: Putative dehydrogenase

H: Putative dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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6

C: Putative dehydrogenase

D: Putative dehydrogenase

E: Putative dehydrogenase

G: Putative dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.540, 102.440, 122.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.280, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative dehydrogenase 分子量: 28303.996 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAL2694 / プラスミド: BuceA.00010.k.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4E8W7
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: BuceA.00010.k.B1.PW37237 @22.1 mg/ml, incubated with 4mM NADP, mixed 1:1 with an equal volume MCSG1(e3): 30% (v/v) PEG 550 MME, 0.1 M HEPES/NaOH, pH=7.5, 0.05 M MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月5日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 358521 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 10.35 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.28

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.44		0.56	2.38	0.769	1	98.7
1.44-1.48		0.462	2.89	0.831	1	98.7
1.48-1.52		0.37	3.65	0.884	1	98.6
1.52-1.57		0.307	4.36	0.913	1	98.9
1.57-1.62		0.255	5.31	0.939	1	98.9
1.62-1.67		0.211	6.35	0.956	1	99.1
1.67-1.74		0.177	7.46	0.968	1	99.1
1.74-1.81		0.139	9.39	0.979	1	99
1.81-1.89		0.111	11.55	0.986	1	99.2
1.89-1.98		0.088	14.18	0.991	1	99.3
1.98-2.09		0.068	17.7	0.994	1	99.3
2.09-2.21		0.058	20.6	0.995	1	99.4
2.21-2.37		0.049	23.63	0.997	1	99.4
2.37-2.56		0.043	26.16	0.997	1	99.5
2.56-2.8		0.037	29.43	0.998	1	99.5
2.8-3.13		0.032	33.2	0.998	1	99.5
3.13-3.61		0.028	37.85	0.999	1	99.5
3.61-4.43		0.026	41.31	0.999	1	99.6
4.43-6.26		0.024	41.62	0.999	1	99.6
	6.26	0.024	42.08	0.999	1	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_2499)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3U5T

3u5t

解像度: 1.4→45.192 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.95

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1641	1987	55 %
R_work	0.1397	-	-
obs	0.1399	358467	99.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.44 Å² / B_iso mean: 14.7035 Å² / B_iso min: 5.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→45.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15355	0	434	2823	18612
B_iso mean	-	-	12.85	27.31	-
残基数	-	-	-	-	2056

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	16623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.846	22749
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	2583
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3064
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.915	6064

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.4-1.435	0.221	138	0.2126	25187	25325
1.435-1.4738	0.1825	138	0.1936	25329	25467
1.4738-1.5172	0.1789	138	0.1757	25317	25455
1.5172-1.5661	0.1779	127	0.1659	25291	25418
1.5661-1.6221	0.1799	141	0.1564	25353	25494
1.6221-1.6871	0.194	151	0.1534	25350	25501
1.6871-1.7638	0.2097	134	0.1539	25483	25617
1.7638-1.8568	0.1807	145	0.1455	25439	25584
1.8568-1.9732	0.1787	127	0.1432	25487	25614
1.9732-2.1255	0.1649	132	0.1361	25545	25677
2.1255-2.3394	0.1476	164	0.1293	25541	25705
2.3394-2.6779	0.1425	166	0.1305	25581	25747
2.6779-3.3737	0.1631	150	0.129	25675	25825
3.3737-45.2155	0.1422	136	0.1188	25902	26038

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0424	-0.4664	-0.6946	1.7996	-1.3251	1.5583	0.0469	0.1387	-0.2161	-0.1105	0.0503	0.0482	0.2969	-0.1711	-0.1119	0.0714	-0.0127	0.0205	0.0679	-0.0035	0.09	-3.5079	-4.7141	14.936
2	2.739	0.2369	1.249	0.6198	0.0205	1.4427	0.0326	-0.0162	0.0124	0.0113	-0.0128	0.0621	0.0293	-0.0416	-0.0001	0.087	-0.0017	0.0242	0.0685	-0.0061	0.0827	-3.3404	0.5674	20.881
3	2.6507	0.0809	0.8292	0.5267	-0.007	1.0462	0.082	-0.1698	-0.042	0.0409	-0.0721	0.0645	0.0085	-0.1235	-0.0162	0.1021	-0.0147	0.0212	0.0948	0.0032	0.0831	-2.1642	-1.1649	28.3737
4	8.4505	1.074	2.8751	1.729	0.1671	1.9988	0.1117	-0.0909	-0.2971	0.0002	-0.0511	0.064	0.2428	-0.0138	-0.0485	0.1268	-0.0047	0.0102	0.0787	0.0094	0.0784	4.4842	-12.7209	24.3676
5	1.3653	0.3083	-0.143	0.1987	-0.1366	0.3099	0.0468	-0.0999	0.0597	0.0886	-0.03	0.0228	0.0255	0.0177	-0.0133	0.0974	0.0071	0.0083	0.0626	-0.0031	0.0656	14.1927	5.3414	20.7785
6	3.5948	2.1795	1.509	1.8047	1.316	1.6118	0.0452	-0.1734	-0.0913	0.0498	-0.0601	-0.051	0.0543	0.0113	0.0224	0.0841	0.0155	0.0134	0.0748	0.0219	0.0487	17.0862	-2.6384	20.8997
7	0.4572	-0.0869	-0.0963	0.0417	-0.0685	0.4677	0.0029	-0.0278	0.016	0.0284	-0.0122	0.0222	0.0123	0.0097	0.0089	0.0883	-0.0031	0.0097	0.0655	-0.0023	0.0787	12.0412	4.2938	12.517
8	1.9881	-0.2525	2.3232	2.8094	1.4197	5.9744	-0.0682	0.0266	0.1723	-0.0033	0.0166	0.0573	-0.2612	0.0734	0.0512	0.1076	0.0073	0.0182	0.0668	-0.0114	0.1146	5.3237	23.7373	13.7449
9	1.0202	0.6486	-0.0277	2.8622	0.7854	1.0182	-0.0165	0.01	0.0261	0.0305	-0.0151	0.1165	0.014	-0.0649	0.0329	0.0674	0.0105	-0.0116	0.0559	0.0027	0.0553	3.0722	5.9418	6.3084
10	1.4197	0.1732	-0.1161	1.6713	-0.8029	1.8588	0.0067	0.0162	0.114	0.015	-0.0544	-0.0274	-0.0919	0.1204	0.0506	0.0541	0.0031	-0.0196	0.0797	-0.0039	0.0793	48.6847	7.539	10.1201
11	5.3364	0.8876	-2.8075	0.4631	-0.4529	2.5045	0.003	-0.1347	-0.1074	0.0436	-0.0213	-0.0532	0.0353	0.155	0.0249	0.0954	0.0145	-0.0285	0.0938	0.0094	0.0875	51.1686	-0.3879	16.5703
12	5.6448	3.401	-1.7543	2.6807	-1.3313	1.3866	0.1357	-0.3777	0.1311	0.1291	-0.12	0.0114	-0.0778	0.0855	-0.0185	0.1128	0.0027	-0.0212	0.1211	-0.0221	0.0836	45.4798	8.7129	24.6222
13	0.5152	-0.2267	-0.0585	0.1812	0.0925	0.8261	-0.0322	0.0374	-0.1147	0.0558	0.0422	-0.0633	0.0844	-0.0056	-0.0158	0.0802	0.0152	-0.0117	0.0486	0.0026	0.0577	32.1448	-2.855	13.1531
14	2.7434	2.4518	-0.6189	3.6382	-0.8115	0.2852	0.0514	-0.1303	-0.0033	0.1708	-0.0765	0.0308	0.0263	0.0512	0.021	0.085	0.0145	-0.0082	0.0856	0.0038	0.0357	31.1353	2.4572	19.9609
15	0.5095	-0.0239	0.0226	0.2697	-0.0545	0.3729	0.0029	-0.0323	-0.0226	0.0115	-0.0152	0.0002	0.0152	0.0052	0.0113	0.0945	0.0039	-0.0056	0.0641	-0.0017	0.0731	31.4837	4.5264	8.1497
16	1.4691	-0.4718	-0.1914	3.5969	-2.3457	4.0547	-0.0711	0.0935	-0.0846	-0.1697	0.0889	0.0896	0.3161	-0.0955	0.0024	0.1266	0.0113	0.0112	0.0698	-0.0267	0.0912	34.4936	-8.6663	-7.3178
17	0.786	0.112	0.0126	1.7349	0.6411	0.7939	-0.0042	0.0133	0.0184	0.0355	0.019	-0.0514	0.0156	0.0757	-0.0156	0.0817	-0.0009	-0.006	0.0545	0.0061	0.0492	37.5024	9.1643	-0.1591
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61	2.1961	-0.3549	2.6124	2.1765	-1.0899	4.2504	-0.0847	0.0128	0.1256	-0.078	0.0442	-0.0164	-0.2608	-0.0592	0.0334	0.1003	-0.0076	0.0161	0.0571	-0.0048	0.0713	61.8194	49.8339	42.6891
62	0.3496	-0.2829	-0.0269	2.1266	-0.45	0.4274	-0.0002	-0	0.0041	-0.0614	0.0052	-0.0563	-0.018	0.0419	-0.0017	0.0573	-0.0087	-0.0019	0.0615	-0.0205	0.0446	65.8994	31.9515	48.1583
63	1.4844	0.4093	0.0578	2.12	-0.3957	1.7347	-0.0322	0.0601	-0.0698	-0.1327	0.0738	-0.3248	0.0454	0.2752	-0.0356	0.1342	-0.0162	0.0386	0.15	-0.0216	0.1416	42.78	15.0393	-18.6644
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69	0.9191	-0.1567	-0.1001	0.6693	0.144	0.7098	-0.0171	0.0598	0.0909	-0.0493	0.0108	-0.0265	-0.0586	0.0096	0.0055	0.1162	-0.003	-0.006	0.0705	0.0107	0.0733	26.1401	16.9425	-11.3317
70	0.516	-0.0098	-0.167	2.1157	1.097	1.1589	0.0089	-0.001	0.0903	-0.0773	0.0096	-0.0108	-0.1209	0.0604	-0.0327	0.0936	-0.0027	-0.0146	0.0593	0.0139	0.074	33.3038	20.8961	-2.2716

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 18 )	A	3 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 42 )	A	19 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 72 )	A	43 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 73 through 87 )	A	73 - 87
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 88 through 109 )	A	88 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 110 through 134 )	A	110 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 135 through 202 )	A	135 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 203 through 225 )	A	203 - 225
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 226 through 257 )	A	226 - 257
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 42 )	B	1 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 43 through 72 )	B	43 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 73 through 87 )	B	73 - 87
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 88 through 109 )	B	88 - 109
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 110 through 134 )	B	110 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 135 through 202 )	B	135 - 202
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 203 through 225 )	B	203 - 225
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 226 through 257 )	B	226 - 257
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 3 through 42 )	C	3 - 42
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 43 through 58 )	C	43 - 58
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 59 through 72 )	C	59 - 72
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 73 through 87 )	C	73 - 87
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 110 through 134 )	C	110 - 134
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 135 through 202 )	C	135 - 202
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 203 through 225 )	C	203 - 225
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 226 through 257 )	C	226 - 257
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 2 through 18 )	D	2 - 18
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 19 through 42 )	D	19 - 42
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 43 through 59 )	D	43 - 59
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 60 through 72 )	D	60 - 72
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 73 through 87 )	D	73 - 87
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 88 through 109 )	D	88 - 109
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 110 through 134 )	D	110 - 134
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 135 through 202 )	D	135 - 202
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 203 through 225 )	D	203 - 225
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 226 through 257 )	D	226 - 257
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 2 through 18 )	E	2 - 18
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 19 through 42 )	E	19 - 42
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 43 through 72 )	E	43 - 72
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 73 through 87 )	E	73 - 87
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 88 through 109 )	E	88 - 109
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 110 through 134 )	E	110 - 134
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 135 through 202 )	E	135 - 202
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 203 through 225 )	E	203 - 225
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 226 through 257 )	E	226 - 257
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 2 through 18 )	F	2 - 18
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 19 through 42 )	F	19 - 42
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 43 through 59 )	F	43 - 59
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 60 through 87 )	F	60 - 87
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 88 through 202 )	F	88 - 202
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 203 through 225 )	F	203 - 225
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 226 through 257 )	F	226 - 257
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid -7 through 9 )	G	-7 - 9
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 10 through 30 )	G	10 - 30
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 31 through 58 )	G	31 - 58
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 59 through 72 )	G	59 - 72
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 73 through 87 )	G	73 - 87
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60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'G' and (resid 135 through 202 )	G	135 - 202
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'G' and (resid 203 through 225 )	G	203 - 225
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'G' and (resid 226 through 257 )	G	226 - 257
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resid 2 through 18 )	H	2 - 18
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'H' and (resid 19 through 58 )	H	19 - 58
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66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'H' and (resid 73 through 87 )	H	73 - 87
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'H' and (resid 88 through 109 )	H	88 - 109
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'H' and (resid 110 through 134 )	H	110 - 134
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'H' and (resid 135 through 202 )	H	135 - 202
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'H' and (resid 203 through 257 )	H	203 - 257

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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