PDB-5the: Crystal structure of the C-terminal lobe of a budding yeast Argonaute

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5the

タイトル

Crystal structure of the C-terminal lobe of a budding yeast Argonaute

要素

RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
Uncharacterized protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-binding protein / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vanderwaltozyma polyspora (菌類)

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Dayeh, D.M. / Nakanishi, K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analyses reveal the contributions of the C- and N-lobes of Argonaute protein to selectivity of RNA target cleavage.
著者: Dayeh, D.M. / Kruithoff, B.C. / Nakanishi, K.

履歴

登録	2016年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5the.cif.gz	863.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5the.ent.gz	714.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5the.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5the_validation.pdf.gz	489.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5the_full_validation.pdf.gz	504.5 KB	表示
XML形式データ	5the_validation.xml.gz	84.6 KB	表示
CIF形式データ	5the_validation.cif.gz	125.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5the ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5the	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f1nS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yjs-2 5mzc-2 3nqy-d 2rgo-3 6mw4-d 6er9-2 2q3d-1 2xje-d 5o5z-1 6hdx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

C: Uncharacterized protein

D: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

E: Uncharacterized protein

F: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

G: Uncharacterized protein

H: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

254 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein

D: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Uncharacterized protein

F: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Uncharacterized protein

H: RNA (5'-R(P*UP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	119.609, 85.565, 127.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.81, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-1610- HOH
2	1	G-1599- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 61053.172 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 728-1251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vanderwaltozyma polyspora (菌類) / 株: ATCC 22028 / DSM 70294 / 遺伝子: Kpol_520p25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7TMA9
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPAPAPAPAPAPAPA)-3') 分子量: 2565.649 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: Sodium citrate 100 mM, pH 5.5 PEG4000 18% / PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.097→49.02 Å / Num. obs: 150631 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 27.19
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1-2155)	精密化
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4F1N

4f1n

解像度: 2.097→47.125 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2058	2003	1.33 %
R_work	0.1576	-	-
obs	0.1582	150594	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→47.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16180	628	0	1423	18231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	17218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.914	23438
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.412	10344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2629
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2921

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.097-2.1494	0.2511	140	0.1929	9980	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1494-2.2075	0.2197	126	0.1835	10624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2075-2.2725	0.237	144	0.1783	10551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2725-2.3458	0.2535	149	0.1836	10593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3458-2.4297	0.2304	141	0.1832	10616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4297-2.5269	0.2667	142	0.1802	10621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5269-2.6419	0.2566	141	0.1721	10608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6419-2.7812	0.2184	140	0.1726	10698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7812-2.9554	0.24	150	0.1606	10626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9554-3.1836	0.2011	146	0.1552	10654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1836-3.5039	0.1809	144	0.1539	10671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5039-4.0107	0.1561	143	0.1395	10699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0107-5.0521	0.1842	144	0.1296	10738	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0521-47.1366	0.2022	153	0.1585	10912	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -64.1584 Å / Origin y: 97.4847 Å / Origin z: 287.6705 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1945 Å²	-0.003 Å²	-0.0075 Å²	-	0.183 Å²	0.0076 Å²	-	-	0.1595 Å²
L	0.0914 °²	-0.0057 °²	-0.0041 °²	-	0.0751 °²	0.0127 °²	-	-	0.0355 °²
S	0.0124 Å °	-0.0075 Å °	0.0056 Å °	0.0078 Å °	-0.0133 Å °	0.0112 Å °	0.0074 Å °	0.0028 Å °	0.0003 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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