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- PDB-5tgx: Restriction/modification system-Type II R-SwaI complexed with par... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgx
タイトルRestriction/modification system-Type II R-SwaI complexed with partially cleaved DNA
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • R-SwaI protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / R-SwaI / uncleaved DNA complex / R/M system / rare cutter
機能・相同性metal ion binding / ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / R-SwaI protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus warneri (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shen, B.W. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM105691 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: DNA recognition by the SwaI restriction endonuclease involves unusual distortion of an 8 base pair A:T-rich target.
著者: Shen, B.W. / Heiter, D.F. / Lunnen, K.D. / Wilson, G.G. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2016年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-SwaI protein
B: R-SwaI protein
C: R-SwaI protein
D: R-SwaI protein
H: DNA (26-MER)
I: DNA (26-MER)
J: DNA (26-MER)
K: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,32819
ポリマ－141,7368
非ポリマー59211
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28910 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area51400 Å2
2
A: R-SwaI protein
B: R-SwaI protein
H: DNA (26-MER)
I: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,31712
ポリマ－70,8684
非ポリマー4508
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14030 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area26170 Å2
手法PISA
3
C: R-SwaI protein
D: R-SwaI protein
J: DNA (26-MER)
K: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0107
ポリマ－70,8684
非ポリマー1423
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13770 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.856, 57.058, 112.785
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17H
27I
18H
28J
19H
29K
110I
210J
111I
211K
112J
212K

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A2 - 226
2010B2 - 226
1020A2 - 226
2020C2 - 226
1030A2 - 226
2030D2 - 226
1040B2 - 226
2040C2 - 226
1050B2 - 226
2050D2 - 226
1060C2 - 226
2060D2 - 226
1070H6 - 36
2070I6 - 35
1080H2 - 36
2080J2 - 36
1090H6 - 36
2090K6 - 35
10100I6 - 36
20100J6 - 35
10110I2 - 37
20110K2 - 37
10120J6 - 36
20120K6 - 35

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
R-SwaI protein


分子量: 27135.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SeMet incorporated
由来: (組換発現) Staphylococcus warneri (バクテリア)
プラスミド: pHKT7 / 細胞株 (発現宿主): ER2566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYF7*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 HJIK

#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8423.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8174.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 223分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細The DNA strands are partially cleaved, thus the alternate conformations: A conformer (cleaved) and ...The DNA strands are partially cleaved, thus the alternate conformations: A conformer (cleaved) and B conformer (uncleaved)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 24 - 28% PEG1000, 100 mM TrisHCl, 5 mM CaCl2, / PH範囲: 8 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 53972 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 30.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.613 / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 20.475 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24197 2971 5.2 %RANDOM
Rwork0.19767 ---
obs0.19992 53972 95.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 68.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å20 Å20.99 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7541 2149 32 212 9934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01710365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.028714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9281.74414424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.691320245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7755908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.05625.11409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.27151461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4981536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0210043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.022374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.942.9163621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9322.9143619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0474.3654526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0474.3654527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5173.496744
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5173.4916745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9415.1719897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.37527.912284
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.37527.90412285
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A277380.07
12B277380.07
21A273200.08
22C273200.08
31A276420.07
32D276420.07
41B272080.09
42C272080.09
51B273260.08
52D273260.08
61C273900.09
62D273900.09
71H29100.02
72I29100.02
81H36920.11
82J36920.11
91H29080.04
92K29080.04
101I28440.07
102J28440.07
111I39220.11
112K39220.11
121J28360.08
122K28360.08
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.356 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 126 -
Rwork0.331 2818 -
obs--67.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9849-0.7213-0.36631.61670.02694.0405-0.07890.00850.1928-0.09710.05390.0407-0.3863-0.2930.0250.0591-0.0147-0.02170.22750.02280.0215.293136.436433.7589
23.1594-0.0033-0.45341.4719-0.3812.497-0.06420.1579-0.0652-0.2043-0.0727-0.2290.10110.59320.13690.0932-0.00040.03940.44110.01780.039628.374127.689122.8719
33.4119-0.2985-0.80221.5253-0.03763.3692-0.0485-0.07260.05680.21880.19350.2833-0.1524-0.5384-0.1450.10490.11220.03880.47770.03450.0615-9.252530.636384.8421
42.60350.1354-0.29921.1496-0.66134.6891-0.0942-0.04550.12170.23840.0455-0.0953-0.68210.59350.04870.14250.0017-0.04420.4039-0.0840.034414.973635.779474.0712
54.18790.08690.10015.8871-0.1345.94030.05910.3026-0.5463-0.02040.01220.37850.52170.1657-0.07120.0563-0.01840.00170.1617-0.09660.120711.936124.507926.9378
65.7038-0.0181.65012.78740.52326.27180.16250.2347-0.5792-0.08610.06560.35420.6240.0395-0.22810.0886-0.051-0.01030.1465-0.09410.153112.869524.030526.0004
75.01530.12351.50013.5132-1.0396.09930.0395-0.3092-0.56270.17160.2539-0.30850.32290.0911-0.29330.0790.12350.00120.30930.04270.146.302623.638684.1953
83.08140.48110.53335.01780.53356.65660.1025-0.3195-0.58430.24490.0282-0.38390.56950.0572-0.13070.09510.0729-0.00820.22490.0790.15516.484723.566281.6251
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 226
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 226
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 226
5X-RAY DIFFRACTION5H2 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6I2 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7J1 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8K2 - 37

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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