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万見
- PDB-5tgj: Structure of the SNX5 PX domain in complex with chlamydial protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgj
タイトルStructure of the SNX5 PX domain in complex with chlamydial protein IncE in space group I2
要素
  • IncE
  • Sorting nexin-5
キーワードPROTEIN TRANSPORT / host-pathogen endosome
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer, tubulation complex / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding ...retromer, tubulation complex / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / dynactin binding / brush border / phagocytic cup / regulation of macroautophagy / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of blood pressure / ruffle / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / cytoplasmic side of plasma membrane / endosome / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inclusion membrane protein E / Inclusion membrane protein E / SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. ...Inclusion membrane protein E / Inclusion membrane protein E / SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IncE / Sorting nexin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Collins, B. / Paul, B.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1061574 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1058734 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP150100364 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the SNX5 PX domain in complex with chlamydial protein IncE
著者: Collins, B. / Paul, B.
履歴
登録2016年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-5
B: IncE
C: Sorting nexin-5
D: IncE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5564
ポリマ－39,5564
非ポリマー00
水1,24369
1
A: Sorting nexin-5
B: IncE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7782
ポリマ－19,7782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
2
C: Sorting nexin-5
D: IncE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7782
ポリマ－19,7782
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.440, 80.320, 94.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-5


分子量: 17471.605 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5X3
#2: タンパク質・ペプチド IncE


分子量: 2306.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 111-132 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: incE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7SCI5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Nacitrate (pH 3.5), 12 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→31.9 Å / Num. obs: 13432 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 39.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / CC1/2: 0.55 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→31.9 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 1345 10.01 %
Rwork0.1991 --
obs0.2035 13432 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 0 69 2686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1523625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3951004
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6930.3321340.27581205X-RAY DIFFRACTION100
2.693-2.80080.35071330.26461199X-RAY DIFFRACTION100
2.8008-2.92820.31251340.26341210X-RAY DIFFRACTION100
2.9282-3.08260.30841350.23521211X-RAY DIFFRACTION100
3.0826-3.27570.27261340.22061204X-RAY DIFFRACTION100
3.2757-3.52850.23381330.2141194X-RAY DIFFRACTION100
3.5285-3.88340.20481350.17221217X-RAY DIFFRACTION100
3.8834-4.4450.20381340.14981210X-RAY DIFFRACTION100
4.445-5.59880.1831340.15511208X-RAY DIFFRACTION100
5.5988-46.91430.23481390.19921240X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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