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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tgg | |||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of parallel stranded adenosine duplex | |||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA/DNA (5'-D(P*キーワード | RNA / DNA / parallel stranded duplex | 機能・相同性 | DNA/RNA hybrid | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Denisov, A. / Noronha, A. / Gehring, K. / Wilds, C. | 資金援助 | カナダ, 2件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 | タイトル: Influence of nucleotide modifications at the C2' position on the Hoogsteen base-paired parallel-stranded duplex of poly(A) RNA. 著者: Copp, W. / Denisov, A.Y. / Xie, J. / Noronha, A.M. / Liczner, C. / Safaee, N. / Wilds, C.J. / Gehring, K. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tgg.cif.gz | 133.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tgg.ent.gz | 113.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tgg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5tgg_validation.pdf.gz | 519.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5tgg_full_validation.pdf.gz | 628.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5tgg_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5tgg_validation.cif.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/5tgg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5vxqC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 2975.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations and the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |