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- PDB-5tgf: Crystal structure of putative beta-lactamase from Bacteroides dor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tgf
タイトルCrystal structure of putative beta-lactamase from Bacteroides dorei DSM 17855
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase-related domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides dorei DSM 17855 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a beta-lactamase from Bacteroides dorei DSM 17855
著者: Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Joachimaik, A. / Babnigg, G. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,51212
ポリマ－149,8794
非ポリマー6338
水17,961997
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6543
ポリマ－37,4701
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5622
ポリマ－37,4701
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6944
ポリマ－37,4701
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6023
ポリマ－37,4701
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.475, 68.292, 88.216
Angle α, β, γ (deg.)103.84, 106.28, 101.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 37469.848 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 23-361 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides dorei DSM 17855 (バクテリア)
遺伝子: BACDOR_00452 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6VTD5
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% (w/v) PEG 8000 0.1 M MES:NaOH pH 6 0.2 M Calcium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月17日 / 詳細: double mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 111659 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/av σ(I): 12 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.81→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.745 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19349 5363 5 %RANDOM
Rwork0.15201 ---
obs0.15405 101934 92.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20.01 Å20.11 Å2
2---0.28 Å2-0.01 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10245 0 38 999 11282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.95514493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.779322652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39251356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.89523.82466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.277151522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4771552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02112245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9631.9695367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9611.9685366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7212.9386715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7222.9396716
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8042.2315275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7972.2315275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1223.2387770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.49419.19447296
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.49419.19447296
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 300 -
Rwork0.221 5470 -
obs--64.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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