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- PDB-5tg0: Crystal structure of the dimethylsulfoniopropionate (DMSP) lyase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tg0
タイトルCrystal structure of the dimethylsulfoniopropionate (DMSP) lyase DddK complexed with iron and zinc
要素dimethylsulfoniopropionate lyase DddK
キーワードLYASE / DMSP lyase / Cupin / Nickel dependent / Metal binding
機能・相同性: / Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / : / Novel protein with potential Cupin domain
機能・相同性情報
生物種Pelagibacter ubique (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Schnicker, N.J. / Dey, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Iowa College of Liberal Arts and Sciences 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Biochemical Insights into Dimethylsulfoniopropionate Cleavage by Cofactor-Bound DddK from the Prolific Marine Bacterium Pelagibacter.
著者: Schnicker, N.J. / De Silva, S.M. / Todd, J.D. / Dey, M.
履歴
登録2016年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dimethylsulfoniopropionate lyase DddK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7333
ポリマ－16,6121
非ポリマー1212
水3,027168
1
A: dimethylsulfoniopropionate lyase DddK
ヘテロ分子

A: dimethylsulfoniopropionate lyase DddK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4666
ポリマ－33,2232
非ポリマー2434
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area3660 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.065, 85.416, 54.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-454-

HOH

21A-460-

HOH

31A-468-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 dimethylsulfoniopropionate lyase DddK


分子量: 16611.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-20 in the sequence are from the vector for the His tag.
由来: (組換発現) Pelagibacter ubique (strain HTCC1062) (バクテリア)
株: HTCC1062 / 遺伝子: SAR11_0394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4FNM4
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M NaCl, 20% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→46.28 Å / Num. obs: 23496 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 12.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 29.8 / Num. measured all: 140675
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.44-1.524.30.1690.971197.6
4.55-46.285.80.0250.999199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.44→27.532 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1399 2243 5.06 %
Rwork0.1101 --
obs0.1116 44346 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.74 Å2 / Biso mean: 18.1367 Å2 / Biso min: 6.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→27.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1060 0 2 172 1234
Biso mean--9.79 31.02 -
残基数----137
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1051652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096176
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.108439
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.44-1.47130.20731190.152237235684
1.4713-1.50550.17081500.114626452795100
1.5055-1.54320.17661340.095827092843100
1.5432-1.58490.1751170.099326902807100
1.5849-1.63150.12821340.100426442778100
1.6315-1.68420.13971450.094826542799100
1.6842-1.74440.15651570.098726502807100
1.7444-1.81420.15831370.098226882825100
1.8142-1.89680.14371360.098426482784100
1.8968-1.99670.09441580.097326412799100
1.9967-2.12180.12881200.096426662786100
2.1218-2.28550.12561410.095126552796100
2.2855-2.51540.15841370.110926502787100
2.5154-2.87910.14511490.11992652280199
2.8791-3.6260.14111560.11832635279199
3.626-27.53750.13381530.12592639279299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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