PDB-5tfv: Crystal Structure of MT-I isolated from Bothrops asper venom.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tfv

タイトル

Crystal Structure of MT-I isolated from Bothrops asper venom.

要素

Basic phospholipase A2 myotoxin III

キーワード

TOXIN / Bothrops asper / myotoxin / myotoxic Asp49-PLA2

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bothrops asper (ヘビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Salvador, G.H.M. / dos Santos, J.I. / Fontes, M.R.M.

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: Biochimie / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a phospholipase A2 from Bothrops asper venom: Insights into a new putative "myotoxic cluster".
著者: Salvador, G.H. / Dos Santos, J.I. / Lomonte, B. / Fontes, M.R.

履歴

登録	2016年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tfv.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tfv.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tfv_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tfv_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	5tfv_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	5tfv_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jr8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2azn-3 3cxi-d 3cyl-d 3lpa-d 4k06-d 6sqb-d 5cp8-d 3ti9-d 4aks-2 2vov-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (10) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Basic phospholipase A2 myotoxin III

B: Basic phospholipase A2 myotoxin III

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.534, 56.534, 136.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-201- TRS

#1: タンパク質	Basic phospholipase A2 myotoxin III / svPLA2 / Myotoxin I / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase 分子量: 13989.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops asper (ヘビ) / 参照: UniProt: P20474, phospholipase A2
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.24 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M triammonium citrate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.459 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月27日
放射	モノクロメーター: Single Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→33.32 Å / Num. obs: 8750 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/av σ(I): 5.39 / Net I/σ(I): 20.31
反射シェル	解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.7 / % possible all: 99.53

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		data processing
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3jr8

3jr8

解像度: 2.54→33.32 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.28

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2634	444	5.08 %	Random selection
R_work	0.2424	-	-	-
obs	0.2435	8746	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→33.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1844	0	16	34	1894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.619	2572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.801	694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.026	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5477-2.9162	0.4148	147	0.3874	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9162-3.6733	0.335	142	0.309	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6733-33.3269	0.2145	155	0.1941	2865	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0096	0.0464	-0.0086	0.1781	-0.0674	0.0265	0.5553	-0.4369	-0.1802	-0.4168	-0.3368	-0.0062	0.7534	-0.0523	0.0018	0.5257	0.03	-0.0656	0.7575	0.127	0.5959	-2.1106	11.9943	10.3532
2	1.0495	0.5868	-1.0149	0.7501	0.3282	2.5895	0.2454	-0.5957	-0.2431	0.0398	0.015	0.2347	1.1995	0.2285	-0.292	0.5438	0.0949	-0.1431	0.9451	0.1652	0.6281	5.9938	8.1901	16.7154
3	1.015	-0.4144	-0.4863	0.6807	-0.0286	3.4163	0.0792	0.1252	-0.0958	-0.0026	-0.1596	0.4871	0.5027	-0.0405	-0.1572	0.3603	-0.0433	-0.0873	1.2181	0.1339	0.707	-8.9406	13.1961	24.415
4	-0.0047	-0.0249	-0.01	1.0388	0.6102	0.3796	0.7045	0.8824	-0.7455	-0.3755	-0.6921	0.4584	0.1881	-0.451	-0.2711	0.431	0.1532	-0.12	1.0156	0.1069	0.5565	-4.0753	20.9511	3.4566
5	0.6264	1.4636	-0.6924	3.3194	-1.5924	0.7931	0.4247	-0.5045	0.4394	1.0222	0.0024	-0.4394	-0.4199	0.2832	-0.0341	0.5232	0.1787	0.0221	0.9509	0.0012	0.7452	1.5629	31.8562	12.7782
6	0.0164	-0.0302	-0.0279	0.2821	0.2956	0.3086	0.2888	0.0532	-0.2874	0.0222	-0.3404	0.1967	-0.4472	-0.659	-0.0476	0.5765	0.1045	-0.0395	0.8435	0.1944	0.7743	-6.4756	34.8264	9.2206
7	0.0296	0.0178	0.0109	0.0616	0.0527	0.0772	0.1654	-0.1437	-0.3821	0.2216	0.0458	-0.0737	-0.2374	-0.1315	0.0023	0.4022	0.0913	-0.0064	0.807	0.0288	0.7823	-20.5955	32.3208	11.8672
8	0.0482	0.0685	0.0177	0.1326	0.0814	0.0992	-0.5693	-0.1176	-0.0386	0.4023	-0.2057	-0.104	-0.3415	-0.3104	-0.0025	0.5992	-0.0203	-0.1489	1.2673	0.0869	0.9307	-17.4542	23.275	10.3857
9	0.0386	0.0647	-0.0092	0.1056	0.0909	0.2225	0.5282	1.0188	0.1551	-0.4211	-0.4419	-0.406	0.5648	0.0749	-0.003	0.5995	0.3307	0.0046	1.3502	-0.0995	0.7218	-13.3205	23.807	-5.5049
10	0.1672	0.3941	0.0288	1.5276	0.3944	0.1642	0.0762	-0.1242	0.3539	0.1713	-0.3794	0.5706	0.0352	0.0196	0.0224	1.0897	0.1877	-0.1855	1.7147	-0.0977	0.9792	-20.663	26.8151	-2.1169
11	-0.0008	-0.0093	0.0143	0.1788	-0.0756	0.0444	0.1758	-0.4092	0.3172	0.2312	-0.2978	-0.2956	-0.5364	-0.1789	0.0202	0.4365	0.1658	0.0172	0.9838	0.1032	0.6476	-12.6561	30.0538	2.2756
12	0.3232	-0.044	-0.0036	-0.0016	-0.0235	0.0618	-0.0623	0.0905	0.0755	-0.1522	0.0898	-0.2639	-0.1706	0.0022	0.2494	-0.1423	0.5781	0.0199	1.0292	0.5119	0.792	7.8563	29.9615	4.126
13	0.0512	0.0019	0.0427	0.0145	0.0103	0.0258	-0.3286	-0.3807	0.1889	-0.1579	-0.1797	0.223	-0.7135	0.9639	-0.0015	0.8425	0.2224	-0.0139	1.3946	0.1212	0.6983	3.4528	34.6925	18.115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 108 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 109 through 133 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 21 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 22 through 40 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 41 through 54 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 55 through 67 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 68 through 72 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 73 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 83 through 88 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 90 through 107 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 108 through 117 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 118 through 133 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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