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万見
- PDB-3ti9: Crystal structure of the basic protease BprB from the ovine footr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ti9
タイトルCrystal structure of the basic protease BprB from the ovine footrot pathogen, Dichelobacter nodosus
要素Serine protease
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase MprA-like catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Peptidase MprA-like catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dichelobacter nodosus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wong, W. / Whisstock, J.C. / Porter, C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: S1 Pocket of a Bacterially Derived Subtilisin-like Protease Underpins Effective Tissue Destruction.
著者: Wong, W. / Wijeyewickrema, L.C. / Kennan, R.M. / Reeve, S.B. / Steer, D.L. / Reboul, C. / Smith, A.I. / Pike, R.N. / Rood, J.I. / Whisstock, J.C. / Porter, C.J.
履歴
登録2011年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22012年1月11日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal / Item: _exptl_crystal.density_percent_sol
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3486
ポリマ－37,1001
非ポリマー2485
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.462, 90.514, 44.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine protease


分子量: 37099.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dichelobacter nodosus (バクテリア)
株: CS101 / 遺伝子: bprB / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q46547
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細DUE TO DIFFERENCE IN THE STRAINS OF DICHELOBACTER NODOSUS USED IN THE STUDIES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 1500, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月7日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.27 Å / Num. all: 26267 / Num. obs: 24768 / Limit h max: 20 / Limit h min: -21 / Limit k max: 50 / Limit k min: 0 / Limit l max: 24 / Limit l min: 0
Reflection scaleGroup code: 1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→24.383 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.676 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 1258 5.1 %RANDOM
Rwork0.1565 ---
obs0.1591 24768 94.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.17 Å2 / Biso mean: 12.461 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20.03 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2494 0 10 460 2964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0541.9323490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4665342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57624.364110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92515368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.281516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21764
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0940.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0810.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.69621718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29652686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.67962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.70910804
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 73 -
Rwork0.217 1373 -
all-1446 -
obs--74.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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