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万見
- PDB-5tf8: Nucleotide-binding domain 1 of the human cystic fibrosis transmem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tf8
タイトルNucleotide-binding domain 1 of the human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) with dTTP
要素Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードHYDROLASE / hNBD1 / CFTR / ABC transport / ATP
機能・相同性
機能・相同性情報


Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / transepithelial water transport / intracellular pH elevation / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / : ...Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / transepithelial water transport / intracellular pH elevation / amelogenesis / chloride channel inhibitor activity / : / multicellular organismal-level water homeostasis / water transport / chloride channel regulator activity / Golgi-associated vesicle membrane / cholesterol transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / bicarbonate transport / chloride transmembrane transporter activity / membrane hyperpolarization / cholesterol biosynthetic process / sperm capacitation / RHOQ GTPase cycle / chloride channel activity / chloride channel complex / ABC-type transporter activity / 14-3-3 protein binding / establishment of localization in cell / cellular response to forskolin / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to cAMP / chloride transmembrane transport / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells / PDZ domain binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Late endosomal microautophagy / Defective CFTR causes cystic fibrosis / recycling endosome / transmembrane transport / ABC-family protein mediated transport / recycling endosome membrane / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / early endosome / endosome membrane / apical plasma membrane / Ub-specific processing proteases / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.861 Å
データ登録者Wang, C. / Aleksandrov, A.A. / Yang, Z. / Forouhar, F. / Proctor, E. / Kota, P. / An, J. / Kaplan, A. / Khazanov, N. / Boel, G. ...Wang, C. / Aleksandrov, A.A. / Yang, Z. / Forouhar, F. / Proctor, E. / Kota, P. / An, J. / Kaplan, A. / Khazanov, N. / Boel, G. / Stockwell, B.R. / Senderowitz, H. / Dokholyan, N.V. / Riordan, J.R. / Brouillette, C.G. / Hunt, J.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Cystic Fibrosis fundationHunt13XX0 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thermodynamic correction of F508del-CFTR by ligand binding to a remote site in the mutated domain
著者: Wang, C. / Aleksandrov, A.A. / Yang, Z. / Forouhar, F. / Proctor, E. / Kota, P. / An, J. / Kaplan, A. / Khazanov, N. / Boel, G. / Stockwell, B.R. / Senderowitz, H. / Dokholyan, N.V. / ...著者: Wang, C. / Aleksandrov, A.A. / Yang, Z. / Forouhar, F. / Proctor, E. / Kota, P. / An, J. / Kaplan, A. / Khazanov, N. / Boel, G. / Stockwell, B.R. / Senderowitz, H. / Dokholyan, N.V. / Riordan, J.R. / Brouillette, C.G. / Hunt, J.F.
履歴
登録2016年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0323
ポリマ－25,5251
非ポリマー5062
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.188, 40.188, 141.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP- ...CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel


分子量: 25525.408 Da / 分子数: 1 / 断片: Nucleotide-binding domain 1 (UNP residues 387-646) / 変異: V470M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFTR, ABCC7
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P13569, EC: 3.6.3.49
#2: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 279 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: Protein buffer:containing 150 mM NaCl, 30% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP, and 20 mM Na-HEPES, pH 7.5, Precipitant buffer: 40% (v/v) PEG 400, 100 mM NH4Cl, and 100 mM MES, pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 18715 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 31.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pze

2pze


解像度: 1.861→40.188 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 1866 9.97 %
Rwork0.153 --
obs0.1564 18715 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.861→40.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 30 208 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9052423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2241091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004301
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8612-1.91150.23651480.17561335X-RAY DIFFRACTION99
1.9115-1.96780.20841360.15841241X-RAY DIFFRACTION99
1.9678-2.03130.20341420.14511292X-RAY DIFFRACTION99
2.0313-2.10390.20271460.14681302X-RAY DIFFRACTION99
2.1039-2.18810.20331450.14291279X-RAY DIFFRACTION99
2.1881-2.28770.18761410.14551271X-RAY DIFFRACTION100
2.2877-2.40830.20281490.14881302X-RAY DIFFRACTION100
2.4083-2.55910.18051430.15631291X-RAY DIFFRACTION100
2.5591-2.75670.20341410.15861302X-RAY DIFFRACTION100
2.7567-3.0340.21231490.16181296X-RAY DIFFRACTION100
3.034-3.47280.16811380.15531309X-RAY DIFFRACTION100
3.4728-4.37450.16361460.14041310X-RAY DIFFRACTION100
4.3745-40.19740.16881420.16141319X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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