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- PDB-5tf5: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN KAT-2 IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE INH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tf5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN KAT-2 IN COMPLEX WITH A REVERSIBLE INHIBITOR
要素Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
キーワードtransferase/transferase inhibitor / NS-1502 / reversible KAT-2 inhibitor / LLP / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine transaminase / methionine-glyoxylate transaminase / glycine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / methionine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / alpha-amino acid metabolic process / kynurenine-glyoxylate transaminase / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase activity / kynurenine-oxoglutarate transaminase ...glycine transaminase / methionine-glyoxylate transaminase / glycine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / methionine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase / alpha-amino acid metabolic process / kynurenine-glyoxylate transaminase / kynurenine-glyoxylate transaminase activity / 2-aminoadipate transaminase activity / kynurenine-oxoglutarate transaminase / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / kynurenine metabolic process / Lysine catabolism / glutamate metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / Tryptophan catabolism / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...: / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7AR / Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.807 Å
データ登録者Nematollahi, A. / Sun, G. / Church, W.B.
引用ジャーナル: Med.Chem.Res. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and mechanistic analysis of a novel human kynurenine aminotransferase-2 reversible inhibitor
著者: Nematollahi, A. / Sun, G. / Jayawickrama, G. / Hanrahan, J.R. / Church, W.B.
履歴
登録2016年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
B: Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6213
ポリマ－95,2572
非ポリマー3641
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8120 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area30410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.883, 99.275, 107.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kynurenine/alpha-aminoadipate aminotransferase, mitochondrial / KAT/AadAT / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate ...KAT/AadAT / 2-aminoadipate aminotransferase / 2-aminoadipate transaminase / Alpha-aminoadipate aminotransferase / AadAT / Kynurenine aminotransferase II / Kynurenine--oxoglutarate aminotransferase II / Kynurenine--oxoglutarate transaminase 2 / Kynurenine--oxoglutarate transaminase II


分子量: 47628.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AADAT, KAT2 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N5Z0, 2-aminoadipate transaminase, kynurenine-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-7AR / (2R)-2-(5,6-dichloro-1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-3-phenylpropanoic acid


分子量: 364.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11Cl2NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein (1 uL) at a concentration of 7 mg/mL were mixed with an equal volume of a reservoir solution containing 200 mM NaCl, 0.1M NaCitrate pH 5.6, 24% PEG4K, 1.5mM DDT and equilibrated ...詳細: Protein (1 uL) at a concentration of 7 mg/mL were mixed with an equal volume of a reservoir solution containing 200 mM NaCl, 0.1M NaCitrate pH 5.6, 24% PEG4K, 1.5mM DDT and equilibrated against 1 mL of a reservoir solution at 293 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.807→46.126 Å / Num. obs: 87159 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.05748 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル解像度: 1.807→1.872 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / CC1/2: 0.826 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: 2015)精密化
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EUN

5eun


解像度: 1.807→46.126 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 1986 2.3 %
Rwork0.2193 --
obs0.2198 86456 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.807→46.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6694 0 24 682 7400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8439354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2684174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491030
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8072-1.85240.27111390.25945571X-RAY DIFFRACTION92
1.8524-1.90240.36361340.3345944X-RAY DIFFRACTION98
1.9024-1.95840.43171410.41225536X-RAY DIFFRACTION92
1.9584-2.02160.27731430.2376075X-RAY DIFFRACTION100
2.0216-2.09390.29541250.26435960X-RAY DIFFRACTION98
2.0939-2.17770.28521560.22236076X-RAY DIFFRACTION100
2.1777-2.27680.31891260.28615960X-RAY DIFFRACTION98
2.2768-2.39690.23961480.20536130X-RAY DIFFRACTION100
2.3969-2.5470.23321430.1946106X-RAY DIFFRACTION100
2.547-2.74370.19391470.20066114X-RAY DIFFRACTION100
2.7437-3.01970.2561440.2036150X-RAY DIFFRACTION100
3.0197-3.45660.21271410.19856174X-RAY DIFFRACTION100
3.4566-4.35440.21281480.19176217X-RAY DIFFRACTION100
4.3544-46.14140.20971510.19216457X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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