PDB-5tf3: Crystal Structure of Protein of Unknown Function YPO2564 from Yer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tf3

タイトル

Crystal Structure of Protein of Unknown Function YPO2564 from Yersinia pestis

要素

Putative membrane protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha structure / Functional Genomics / Chicago Center for Functional Annotation / CCFA / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1198 / Protein of unknown function (DUF1198) / Membrane protein / Membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Anderson, W.F. / Crosson, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Protein of Unknown Function YPO2564 from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Anderson, W.F. / Crosson, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tf3.cif.gz	74 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tf3.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tf3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/5tf3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6s45-d 6gdj-d 5ivu-2 5hff-d 5kjy-d 1oo4-d 2fb6-d 3l50-1 1y2g-1 1ujd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP64170

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative membrane protein

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.094, 75.094, 73.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- EDO

#1: タンパク質	Putative membrane protein 分子量: 15257.792 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: A0A0H2W5S9, UniProt: A0A2U2GWH2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5, 20%(w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 16095 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC_1/2: 0.577 / % possible all: 78.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2411	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.001→33.462 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.42

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2194	862	5.36 %	random
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.1996	16072	96.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1066	0	4	61	1131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1180
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	1607
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.89	720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	214

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0011-2.1265	0.325	128	0.2754	2163	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1265-2.2906	0.268	122	0.2359	2561	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2906-2.5211	0.2743	143	0.2107	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5211-2.8857	0.2605	149	0.2142	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8857-3.635	0.2237	164	0.2015	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.635-33.4669	0.1769	156	0.1733	2664	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1137	3.6745	0.0454	5.6763	-0.4191	0.8826	0.219	0.4991	-0.5258	0.1463	0.2004	-1.0145	-0.2975	0.3134	-0.2668	0.3071	-0.1066	-0.0006	0.3108	-0.0045	0.3468	-13.0267	25.4443	-5.1896
2	3.3501	1.3492	0.4596	5.354	2.5748	2.5507	0.3648	-0.3607	0.2788	0.4141	-0.2028	-0.3149	-0.399	0.3969	-0.1394	0.4556	-0.1451	0.0667	0.3576	-0.008	0.2877	-18.0211	30.5397	-0.5231
3	4.7358	0.1299	-0.5419	3.7885	0.3708	2.8747	0.498	-0.8127	0.0291	0.4783	-0.4037	-0.0159	-0.165	0.3619	0.0104	0.3271	-0.1473	0.0049	0.3543	-0.0196	0.2649	-26.1003	23.6782	2.3714
4	4.0178	-2.1029	-0.6716	5.4953	-0.6075	3.8322	0.1777	0.2162	-0.3451	0.0461	-0.34	0.2559	0.2754	-0.3985	0.0468	0.2696	-0.0749	-0.032	0.2161	-0.0525	0.3124	-31.8727	16.3391	-2.927
5	2.0351	0.7895	-0.3587	2.2615	0.7699	2.5539	0.8284	-1.0059	0.3637	0.9782	-0.4575	0.187	-0.5811	0.9506	-0.0735	0.7413	-0.4872	0.1739	0.6052	-0.1157	0.4077	-26.7435	27.4413	8.1778
6	0.8038	-0.3229	0.0939	1.6225	0.0565	0.3598	0.1356	-0.2366	0.0321	-0.0901	0.1718	0.4244	-0.1127	0.1498	0.2423	0.1672	-0.6025	0.3066	0.1551	-0.1138	0.4275	-37.6254	22.4581	10.0085
7	8.7539	1.5079	-9.1211	0.3599	-1.5553	9.5065	-0.3881	-0.7992	-0.9902	0.9536	0.1654	-0.0304	0.9395	-0.3758	0.0153	0.6247	-0.126	0.132	0.5884	-0.1066	0.806	-34.9228	6.4275	8.3017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 125 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 126 through 140 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 141 through 149 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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