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- PDB-5tf2: CRYSTAL STRUCTURE OF THE WD40 DOMAIN OF THE HUMAN PROLACTIN REGUL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tf2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE WD40 DOMAIN OF THE HUMAN PROLACTIN REGULATORY ELEMENT-BINDING PROTEIN
要素Prolactin regulatory element-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION / WD40 / Activator / Protein Transport / Structural Genomics Consortium (SGC)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of COPII vesicle coating / COPII vesicle coating / XBP1(S) activates chaperone genes / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / lipoprotein transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / GTPase binding ...regulation of COPII vesicle coating / COPII vesicle coating / XBP1(S) activates chaperone genes / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / lipoprotein transport / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / GTPase binding / endoplasmic reticulum membrane / DNA binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Guanine nucleotide-exchange factor Sec12-like / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat ...Guanine nucleotide-exchange factor Sec12-like / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-exchange factor SEC12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Walker, J.R. / Zhang, Q. / Dong, A. / Wernimont, A. / Li, Y. / He, H. / Tempel, W. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. ...Walker, J.R. / Zhang, Q. / Dong, A. / Wernimont, A. / Li, Y. / He, H. / Tempel, W. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Chen, Z. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF THE WD40 DOMAIN OF THE HUMAN PROLACTIN REGULATORY ELEMENT-BINDING PROTEIN (CASP target)
著者: Walker, J.R. / Zhang, Q. / Dong, A. / Wernimont, A. / Li, Y. / He, H. / Tempel, W. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Chen, Z. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolactin regulatory element-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6762
ポリマ－44,6761
非ポリマー01
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.708, 160.708, 83.014
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Prolactin regulatory element-binding protein / Mammalian guanine nucleotide exchange factor mSec12


分子量: 44675.523 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40 DOMAIN, RESIDUES 1-386 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREB, SEC12 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): SF9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HCU5
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PREB protein was mixed with elastase at 1:1000 (w/w) ratio before setting up crystallization. Crystals were grown at 293 K using the sitting drop method by mixing 0.5 uL protein with 0.5 uL ...詳細: PREB protein was mixed with elastase at 1:1000 (w/w) ratio before setting up crystallization. Crystals were grown at 293 K using the sitting drop method by mixing 0.5 uL protein with 0.5 uL well solution consisting of 1.4M Malonate, pH 7.0. The crystals were cryoprotected by immersion in Paratone.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.92045 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16070 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 0.971 / Net I/av σ(I): 24 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 198545
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.912.70.7790.8981100
2.9-3.0212.70.5260.9461100
3.02-3.1512.70.3590.9721100
3.15-3.3212.70.2440.9861100
3.32-3.5312.50.1720.9911100
3.53-3.812.60.1280.9951100
3.8-4.1812.40.0960.9961100
4.18-4.7912.30.0730.9981100
4.79-6.03120.0760.9971100
6.03-5011.10.0460.999199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ERJ

1erj


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 21.049 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.25
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 784 4.9 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.19 15265 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.32 Å2 / Biso mean: 46.35 Å2 / Biso min: 24.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20.25 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2519 0 1 20 2540
Biso mean--30 39.25 -
残基数----338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0192602
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022425
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.9593553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84935547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6145339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.63223.558104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10715380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8661514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212989
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8042.9761362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8022.9751361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4824.4531699
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 63 -
Rwork0.263 1102 -
all-1165 -
obs--99.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 99.5777 Å / Origin y: 61.3455 Å / Origin z: 8.8601 Å
111213212223313233
T0.0371 Å2-0.0324 Å2-0.0159 Å2-0.0915 Å20.0492 Å2--0.0486 Å2
L3.4355 °2-0.1053 °20.8192 °2-2.124 °20.1187 °2--1.6411 °2
S-0.1509 Å °-0.068 Å °0.1374 Å °-0.0578 Å °0.0503 Å °-0.0212 Å °-0.1386 Å °0.0445 Å °0.1006 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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