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- PDB-5teh: c-Src V281C kinase domain in complex with Rao-IV-156 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5teh
タイトルc-Src V281C kinase domain in complex with Rao-IV-156
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / aC helix out / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / Co-stimulation by CD28 / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / RAF activation / PIP3 activates AKT signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / Downregulation of ERBB4 signaling / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / immune system process / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / cell-cell junction / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell differentiation / cytoskeleton / regulation of cell cycle / mitochondrial inner membrane / cell adhesion / endosome membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S56 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Dieter, E.M. / Merritt, E.A. / Maly, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM086858 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell
タイトル: A combined approach reveals a regulatory mechanism coupling Src's kinase activity, localization, and phosphotransferase-independent functions
著者: Register, A.C. / Maly, D.J.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4584
ポリマ－65,4612
非ポリマー9972
水32418
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2292
ポリマ－32,7311
非ポリマー4991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2292
ポリマ－32,7311
非ポリマー4991
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.790, 63.590, 76.070
Angle α, β, γ (deg.)76.730, 89.930, 89.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 256 - 533 / Label seq-ID: 9 - 286

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 32730.656 Da / 分子数: 2 / 変異: V281C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-S56 / (2S)-3-[4-amino-7-(2-methoxyethyl)-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl]-2-cyano-N-(propan-2-yl)propanamide / Rao-IV-156, bound form


分子量: 498.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM MES pH 6.3, 40 mM NaOAc, 8% PEG3350, 10% glycerol, 10 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.417
11h,-k,-l20.583
反射解像度: 3→74.04 Å / Num. obs: 12160 / % possible obs: 79.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.893 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 41021 / Scaling rejects: 324
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.183.50.31718820730.8760.1920.3653.283.6
9-74.043.40.07816014750.970.050.0939.282.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SWH

5swh


解像度: 2.99→74.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.677 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.59 / SU B: 41.151 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3659 661 5.4 %RANDOM
Rwork0.3036 ---
obs0.3069 11499 78.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.46 Å2 / Biso mean: 77.268 Å2 / Biso min: 47.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--37.91 Å2-14.19 Å20.46 Å2
2--53.44 Å212.16 Å2
3----15.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.99→74.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4200 0 74 18 4292
Biso mean--51.75 51.75 -
残基数----523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0271.9695936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15539569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.7345519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.56623.795195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.89515757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.871530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02988
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15846 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 58 -
Rwork0.276 740 -
all-798 -
obs--71.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0391-0.0177-0.0440.0897-0.12470.32070.0803-0.1807-0.13040.0937-0.0650.0963-0.29320.5402-0.01531.214-0.0934-0.11051.63890.171.1836-8.1219-38.645918.7786
23.37383.4333-1.16574.1191-1.93981.31730.3035-0.1868-0.10780.094-0.09110.02640.1751-0.0832-0.21230.72980.1239-0.11450.62960.15480.8938-15.7642-36.725515.5472
30.02080.0098-0.04090.17380.58982.2787-0.0039-0.11930.00980.0227-0.06840.0530.09070.21590.07220.90050.0924-0.05820.74660.16981.2649-2.9579-33.81112.9979
43.80380.79761.00634.60910.44150.75670.2898-0.5582-0.02230.422-0.29440.17410.1831-0.10420.00460.46780.0969-0.01610.15470.05110.5513-7.0258-28.9045-4.2657
55.3820.13051.16181.84810.57231.6851-0.021-0.4618-0.421-0.1060.1739-0.07750.15560.3633-0.15290.43080.1425-0.05910.21240.04780.77337.1885-34.1487-10.3574
61.271-1.1313-0.65131.76280.1260.6130.09830.1949-0.0004-0.073-0.10960.00190.0082-0.12440.01140.55790.0999-0.08180.0480.01180.9349-1.5074-23.1328-16.767
70.99331.06621.18611.21671.24661.4272-0.08430.0883-0.25390.10540.3819-0.1802-0.18240.0024-0.29751.28660.43780.07451.27810.3971.239-6.1066-72.1264-43.1686
81.72070.16422.91420.03070.3375.20640.02190.154-0.2088-0.0658-0.00340.0531-0.25170.306-0.01850.61650.0429-0.06090.37690.06130.755-1.4236-72.7102-39.9395
90.3082-0.05670.77340.0759-0.23782.105-0.0503-0.0505-0.1325-0.17510.0449-0.17550.0804-0.28880.00541.0011-0.0320.05410.67260.01331.3026-12.2049-65.6918-38.784
100.8265-0.04990.61571.8173-0.35443.8514-0.02840.48620.1903-0.1959-0.0106-0.1321-0.0267-0.11430.03890.43390.0452-0.02990.36230.09910.7386-6.0247-63.2652-25.9894
114.12113.42850.51552.94550.4490.0749-0.1960.36-0.4187-0.40640.1559-0.3134-0.06840.03530.04020.62480.39810.03860.36380.20281.0564-17.0812-63.005-21.9246
122.68271.8216-1.36941.8731-0.83192.6024-0.0535-0.14990.12730.07830.11880.29150.0228-0.2172-0.06530.54970.1392-0.09460.157-0.01151.0314-12.8768-59.7038-9.3813
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A256 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2A281 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3A294 - 348
4X-RAY DIFFRACTION4A349 - 402
5X-RAY DIFFRACTION5A403 - 477
6X-RAY DIFFRACTION6A478 - 533
7X-RAY DIFFRACTION7B256 - 278
8X-RAY DIFFRACTION8B279 - 288
9X-RAY DIFFRACTION9B289 - 321
10X-RAY DIFFRACTION10B322 - 395
11X-RAY DIFFRACTION11B396 - 442
12X-RAY DIFFRACTION12B443 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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