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- PDB-5te7: Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5te7
タイトルCrystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6 in Complex with HIV-1 Clade C Strain DU172.17 gp120 Core
要素
  • HIV-1 gp120 core
  • Heavy chain of N6
  • Light chain of N6
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / VRC01-class Antibody / N6 / CD4-binding site / gp120
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhou, T. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2016
タイトル: Identification of a CD4-Binding-Site Antibody to HIV that Evolved Near-Pan Neutralization Breadth.
著者: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / ...著者: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Schramm, C.A. / Zheng, A. / Joyce, M.G. / Asokan, M. / Ransier, A. / Darko, S. / Migueles, S.A. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Alam, S.M. / Parks, R. / Kelsoe, G. / Von Holle, T. / Haynes, B.F. / Douek, D.C. / Hirsch, V. / Seaman, M.S. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. / Connors, M.
履歴
登録2016年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22016年11月30日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of N6
L: Light chain of N6
G: HIV-1 gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,02320
ポリマ－86,3423
非ポリマー2,68117
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.675, 65.547, 241.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Heavy chain of N6


分子量: 24188.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Light chain of N6


分子量: 23164.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 G

#3: タンパク質 HIV-1 gp120 core


分子量: 38989.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q202J8*PLUS
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 324分子

#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7 % w/v PEG 4000, 4 % (v/v) isopropanol, 2 % (v/v) benzamidine, 0.1 M HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月12日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 52871 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 2.347 / Net I/av σ(I): 28.325 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 223202
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.193.10.5480.706190.2
2.19-2.233.60.5740.758193.7
2.23-2.273.90.5380.773193.4
2.27-2.324.10.5020.81194.5
2.32-2.374.30.470.832194.8
2.37-2.424.40.4490.863194.1
2.42-2.484.40.3980.889195.1
2.48-2.554.40.3570.916195.4
2.55-2.624.40.2960.936194.7
2.62-2.714.40.2590.939196.3
2.71-2.814.40.2160.958196.2
2.81-2.924.40.1880.966196.8
2.92-3.054.30.1580.977197.6
3.05-3.214.30.1370.98198.7
3.21-3.414.30.1110.986199.1
3.41-3.684.30.0920.991199.4
3.68-4.054.40.0830.991199.3
4.05-4.634.40.0690.993199.3
4.63-5.834.50.0660.994198.9
5.83-504.10.0620.993195.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TE6

5te6


解像度: 2.15→44.523 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.77
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2275 2023 3.83 %1
Rwork0.1898 ---
obs0.1912 52793 95.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 217.91 Å2 / Biso mean: 64.1265 Å2 / Biso min: 29.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→44.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5976 0 351 315 6642
Biso mean--106.29 49.29 -
残基数----771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5398555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2753752
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1497-2.20340.28331230.24943120324383
2.2034-2.2630.28391360.24553488362493
2.263-2.32960.2731430.23413548369195
2.3296-2.40480.25021430.23343520366395
2.4048-2.49070.27471410.22623548368995
2.4907-2.59040.26491550.23093570372595
2.5904-2.70830.25561320.21733581371395
2.7083-2.85110.26361510.22963647379896
2.8511-3.02960.2831440.21923665380997
3.0296-3.26350.25891440.20573738388299
3.2635-3.59180.20311460.18933766391299
3.5918-4.11120.20191550.17443824397999
4.1112-5.17850.16611530.14293844399799
5.1785-44.53240.24571570.18173911406896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.50320.62635.31632.73341.27666.09380.268-0.5445-0.65810.5752-0.08280.03560.6166-0.2505-0.15530.5421-0.06590.09650.32530.03470.3158-10.05298.038-26.9899
27.87455.18341.8737.38094.85253.5774-0.23260.808-0.1379-0.38420.148-0.1089-0.3655-0.13070.02680.29280.01650.05450.3893-0.05260.3151-11.47516.601-36.8466
37.64880.873.06123.5321-1.83367.794-0.1599-0.39350.08380.4062-0.02220.1696-0.0113-0.39940.15280.4558-0.00970.10880.3447-0.0860.3303-11.540116.9775-22.8799
46.47950.13633.95322.00720.11857.7093-0.17040.0698-0.04110.6627-0.11360.2989-0.2088-0.47060.27650.434-0.09480.08930.2732-0.02620.3784-15.806214.5462-33.3157
51.17570.6280.65251.48630.68511.08590.0409-0.0248-0.09620.0443-0.07110.2162-0.0208-0.07540.03870.2726-0.01420.0250.32780.03080.4201-18.79452.0102-49.7733
64.2743-0.5105-3.7206-0.13860.08647.2605-0.06120.2247-0.33-0.1970.04370.03770.4341-0.01360.09970.24940.0163-0.04780.3019-0.0260.4661-20.7638-8.7798-64.5
74.08460.1133-3.07963.44224.53124.8028-0.29920.1458-0.26990.02310.1340.3780.49170.11920.17770.3772-0.0363-0.01810.27520.00180.5156-27.488-10.4973-55.0406
81.17780.1262-0.10846.05864.08858.8447-0.01640.03080.1281-0.28030.0528-0.051-0.80840.0596-0.05050.2674-0.0690.00190.3270.02880.49541.390922.1165-47.7799
98.7535-1.9241-2.9161.9835-0.6226.7484-0.3134-0.5206-0.92010.32880.0119-0.16950.75970.38670.2320.3702-0.0114-0.01230.27940.08860.34875.863612.4015-40.9715
102.5713-1.7859-2.59638.77986.36838.7304-0.16950.0403-0.1470.04680.0305-0.0225-0.08090.11780.12270.2679-0.0286-0.07250.29730.05060.34833.064719.0262-46.2689
118.52445.10896.71566.60535.63895.7423-0.10380.518-0.1603-0.19350.5577-0.2031-0.49690.7628-0.34710.2617-0.04620.06460.318-0.02870.4639-3.88519.3344-64.1075
122.8136-1.29-1.83743.37341.04578.8286-0.1723-0.7943-0.9524-0.2248-0.02110.51670.7765-0.35990.17710.3329-0.0233-0.07130.2810.02090.558-32.3379-1.0972-64.8938
136.7351-1.07760.44471.4793-0.27292.32310.1191-0.0618-0.0042-0.1738-0.0566-0.0563-0.13710.2172-0.04950.2895-0.04980.0070.2475-0.04770.4227-19.56868.6578-64.5713
147.41141.3837-2.19162.824-1.87734.53490.00880.4498-0.3438-0.2618-0.06870.28230.0858-0.26350.04050.34660.0149-0.03990.2301-0.06890.463-29.72767.4418-71.0698
156.2190.2091-2.44053.31671.52347.23730.3771-0.07460.08270.3192-0.2114-0.8932-0.9943-0.0537-0.12930.7877-0.0588-0.02630.6693-0.01560.548717.347528.0987-0.0958
163.84752.6106-0.22944.604-0.46641.5450.0374-0.24080.04820.2047-0.0336-0.2464-0.0932-0.0061-0.03590.68960.0622-0.00580.5959-0.05090.424911.239126.6865-5.2148
175.2603-2.53093.19697.7403-3.27112.70210.02230.51691.1942-0.3165-0.4492-0.3847-0.25670.58950.27730.7673-0.0252-0.01260.76540.06560.674117.909538.6304-13.1064
187.65335.74023.72855.59182.70935.24260.4291-0.12530.7690.078-0.0981-0.0833-0.82660.8795-0.31750.70640.0770.01830.4345-0.03920.475112.176537.7-10.8437
191.85391.48570.68625.75723.98522.88220.0335-0.05390.36330.1925-0.0965-0.1658-0.50640.15980.03310.78420.0091-0.03850.4326-0.12080.52590.999938.064-17.2612
201.36530.8932-0.21674.5172-2.11184.74920.0066-0.45510.5540.4990.00830.3838-0.6662-0.1674-0.07240.62450.05080.04810.5314-0.20090.577-9.58835.7314-7.7251
211.04930.2614-0.0891.8589-1.12351.35520.1026-0.27110.24320.3067-0.09210.3432-0.0812-0.0517-0.0030.6558-0.01230.040.5157-0.15090.4729-5.474230.2087-8.9614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 33 )H1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 34 through 45 )H34 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 46 through 82 )H46 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 82A through 95 )H82
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 96 through 175 )H96 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 176 through 194 )H176 - 194
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 195 through 216 )H195 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 38 )L1 - 38
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 39 through 61 )L39 - 61
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 62 through 102 )L62 - 102
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 103 through 113 )L103 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 114 through 128 )L114 - 128
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 129 through 174 )L129 - 174
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 175 through 214 )L175 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 45 through 73 )G45 - 73
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 74 through 215 )G74 - 215
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 216 through 235 )G216 - 235
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 236 through 258 )G236 - 258
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 259 through 283 )G259 - 283
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 284 through 385 )G284 - 385
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'G' and (resid 386 through 491 )G386 - 491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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