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- PDB-5te7: Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5te7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Broadly Neutralizing VRC01-class Antibody N6 in Complex with HIV-1 Clade C Strain DU172.17 gp120 Core | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HIV-1 / VRC01-class Antibody / N6 / CD4-binding site / gp120 | ||||||
Function / homology | ![]() : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, T. / Kwong, P.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Identification of a CD4-Binding-Site Antibody to HIV that Evolved Near-Pan Neutralization Breadth. Authors: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / ...Authors: Huang, J. / Kang, B.H. / Ishida, E. / Zhou, T. / Griesman, T. / Sheng, Z. / Wu, F. / Doria-Rose, N.A. / Zhang, B. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Schramm, C.A. / Zheng, A. / Joyce, M.G. / Asokan, M. / Ransier, A. / Darko, S. / Migueles, S.A. / Bailer, R.T. / Louder, M.K. / Alam, S.M. / Parks, R. / Kelsoe, G. / Von Holle, T. / Haynes, B.F. / Douek, D.C. / Hirsch, V. / Seaman, M.S. / Shapiro, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. / Connors, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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-Validation report
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Data in XML | ![]() | 32.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5te4C ![]() 5te6SC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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-
Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 24188.283 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 23164.713 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Protein / Sugars , 2 types, 9 molecules G![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Protein | Mass: 38989.289 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#6: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 3 types, 324 molecules ![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 7 % w/v PEG 4000, 4 % (v/v) isopropanol, 2 % (v/v) benzamidine, 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 52871 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 2.347 / Net I/av σ(I): 28.325 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 223202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
---|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5TE6 Resolution: 2.15→44.523 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 217.91 Å2 / Biso mean: 64.1265 Å2 / Biso min: 29.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→44.523 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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