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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tdk | ||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA decamer duplex with eight 2'-5'-linkages | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / 2'-5'-LINKAGE / PLANT PROTEIN | 機能・相同性 | STRONTIUM ION / RNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Luo, Z. / Sheng, J. | ![]() ![]() タイトル: Structural insights into RNA duplexes with multiple 2 -5 -linkages. 著者: Shen, F. / Luo, Z. / Liu, H. / Wang, R. / Zhang, S. / Gan, J. / Sheng, J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 363.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 363.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3206.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED BY SOLID PHASE SYNTHESIS AND PURIFIED BY HPLC 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-SR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 40 mM sodium cacodylate buffer (pH 7.0), 10% (v/v) MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 12 mM spermine tetrahydrochloride, 40 mM LiCl, 80 mM SrCl2 and 20 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→18.7 Å / Num. obs: 8980 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.47 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 91.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MSB 解像度: 1.43→18.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.929 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.014 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.43→18.7 Å
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拘束条件 |
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