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- PDB-5tdh: The crystal structure of the dominant negative mutant G protein a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdh
タイトルThe crystal structure of the dominant negative mutant G protein alpha(i)-1-beta-1-gamma-2 G203A/A326S
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
キーワードCELL CYCLE / dominant negative / G-alpha(i)-1-beta-1-gamma-2 heterotrimer / G203A / A326S / GPCR / GDP
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits ...G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (i) signalling events / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / photoreceptor outer segment / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / response to peptide hormone / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / GDP binding / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / GTPase binding / retina development in camera-type eye / cell cortex / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hypoxia / midbody / cell body / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / centrosome / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / nucleolus
類似検索 - 分子機能
Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion ...Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein beta WD-40 repeat / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Liu, P. / Jia, M.-Z. / Zhou, X.E. / de Waal, P.W. / Dickson, B.M. / Liu, B. / Hou, L. / Yin, Y.-T. / Kang, Y.-Y. / Shi, Y. ...Liu, P. / Jia, M.-Z. / Zhou, X.E. / de Waal, P.W. / Dickson, B.M. / Liu, B. / Hou, L. / Yin, Y.-T. / Kang, Y.-Y. / Shi, Y. / Melcher, K. / Xu, H.E. / Jiang, Y.
資金援助 中国, 米国, 11件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31300607 中国
the Shanghai Science and Technology Committee13ZR1447600 中国
the Shanghai Rising-Star Program14QA1404300 中国
the Outstanding Young Scientist Foundation, Chinese Academy of Sciences 中国
the Youth Innovation Promotion Association CAS 中国
the SANOFISIBS Scholarship 中国
Amway (China) 中国
the Jay and Betty Van Andel Foundation 米国
the Ministry of Science and Technology of China2012CB910403 中国
the Ministry of Science and Technology of China2013CB910601 中国
the Ministry of Science and Technology of ChinaXDB08020303 中国
引用ジャーナル: Acta Pharmacol.Sin. / 年: 2016
タイトル: The structural basis of the dominant negative phenotype of the G alpha i1 beta 1 gamma 2 G203A/A326S heterotrimer
著者: Liu, P. / Jia, M.-Z. / Zhou, X.E. / De Waal, P.W. / Dickson, B.M. / Liu, B. / Hou, L. / Yin, Y.-T. / Kang, Y.-Y. / Shi, Y. / Melcher, K. / Xu, H.E. / Jiang, Y.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
H: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
J: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
K: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,0228
ポリマ－171,1366
非ポリマー8862
水00
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0114
ポリマ－85,5683
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area32820 Å2
手法PISA
2
H: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
J: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
K: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0114
ポリマ－85,5683
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area32810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.009, 54.570, 138.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40429.059 Da / 分子数: 2 / 変異: G203A,A326S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63096
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / G-beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37575.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54311
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G-gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7563.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63212
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6
詳細: 2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 34720 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 5.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3→43.635 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3053 2555 7.37 %
Rwork0.2762 --
obs0.2783 34687 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→43.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11449 56 0 0 11505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72715813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2674285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291771
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.05780.41331490.39151708X-RAY DIFFRACTION96
3.0578-3.12020.38581550.34681725X-RAY DIFFRACTION98
3.1202-3.1880.33281180.32681800X-RAY DIFFRACTION97
3.188-3.26210.3351570.32861731X-RAY DIFFRACTION97
3.2621-3.34370.32651240.3211777X-RAY DIFFRACTION99
3.3437-3.43410.38851680.3161746X-RAY DIFFRACTION98
3.4341-3.53510.33041470.33521779X-RAY DIFFRACTION99
3.5351-3.64910.34231620.30951779X-RAY DIFFRACTION99
3.6491-3.77950.37341400.28611750X-RAY DIFFRACTION100
3.7795-3.93070.2941430.28521802X-RAY DIFFRACTION98
3.9307-4.10950.3181370.27291799X-RAY DIFFRACTION100
4.1095-4.32590.30961210.28261810X-RAY DIFFRACTION98
4.3259-4.59670.26921460.25381748X-RAY DIFFRACTION96
4.5967-4.95120.29911160.2441735X-RAY DIFFRACTION94
4.9512-5.44860.28531270.25141838X-RAY DIFFRACTION100
5.4486-6.2350.25061540.2591817X-RAY DIFFRACTION100
6.235-7.8480.25331540.24911862X-RAY DIFFRACTION100
7.848-43.640.2291370.20141926X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02340.0442-0.01240.04840.00470.06650.0803-0.01090.0289-0.14930.0363-0.0083-0.0884-0.02330.0357-0.1675-0.01190.03030.0407-0.02090.0237-36.7056-19.0015-23.8398
20.03610.01140.03860.03230.03250.0543-0.03730.04880.0134-0.0287-0.02870.0844-0.0168-0.0235-0.12880.13230.00360.00650.1794-0.01470.0455-66.7739-29.555-19.4902
30.0737-0.02580.00810.0310.05090.0602-0.037-0.06110.029-0.1853-0.07570.0879-0.0138-0.0604-0.28330.1904-0.03820.39570.02220.0862-0.3652-49.4185-9.715-34.8901
40.1027-0.11840.03860.2361-0.10380.15640.03770.013-0.0583-0.05790.04780.1240.0546-0.06280.07210.0764-0.1146-0.0948-0.03740.05520.2766-62.102514.88410.6605
50.04-0.03040.02330.0487-0.05450.12950.02950.0688-0.1006-0.1458-0.0679-0.06880.10010.13480.03610.12980.0344-0.01540.40820.02890.3867-20.62247.2194-9.3772
60.0147-0.00120.00380.00240.0028-0.001-0.0317-0.00240.0141-0.0124-0.03370.0152-0.02270.0543-0.03140.10090.0468-0.0103-0.0740.01020.1808-30.9812-9.1528-7.3161
7-0.0017-0.0041-0.0090.04170.03950.0321-0.0597-0.03310.0333-0.0804-0.06250.0407-0.060.0001-0.0899-0.01480.1212-0.0959-0.14690.18030.1391-42.16410.36370.2654
80.00250.0068-0.00360.00130.0266-0.0033-0.14530.00130.0367-0.2062-0.088-0.07320.03410.0768-0.0792-0.5605-0.3593-0.2170.03840.03690.1924-29.782615.0452-8.6318
90.0131-0.0104-0.00130.0411-0.0240.0201-0.01350.0093-0.0026-0.0051-0.00260.00070.0243-0.0037-0.01480.18210.0124-0.06730.04370.06780.1479-58.96935.38362.1474
100.001-0.0010.0020.001-0.0001-0-0.00320.0002-0.00910.0095-0.0122-0.02360.00910.01-0.00340.162-0.0022-0.32530.2682-0.00090.264-32.845220.20719.9075
110.0002-0.00040.00010.0002-0.0011-0.00010.03060.0103-0.00710.01190.029-0.0184-0.00240.010600.56390.0477-0.08980.71490.07510.6238-9.439714.2998-1.9423
120.01140.0060.00170.0178-0.0150.0045-0.1084-0.0254-0.0419-0.168-0.12270.00960.0697-0.008200.51110.10590.09950.668-0.01560.6661-8.5055-28.117158.8755
130.0055-0.009-0.00320.01550.00540.00560.06560.0408-0.01470.03990.0114-0.03920.08530.03720.00110.90840.0470.30920.32960.14480.425622.4018-36.266458.3436
140.0371-0.02220.01090.09860.01370.0585-0.10990.02980.0156-0.08-0.00790.0206-0.0646-0.1892-0.07010.35390.04780.04980.50060.0086-0.00412.1654-13.941966.0983
150.0008-0.002-0.003-0.0005-0.00370.0021-0.0493-0.00070.022-0.0331-0.02920.0335-0.0163-0.016101.07210.02330.11231.09260.04031.032411.3908-0.714223.3446
160.0136-0.0010.0026-0.0029-0.0083-0.0019-0.030.03010.0513-0.0217-0.05270.0435-0.01070.0065-00.89650.1271-0.25141.189-0.04861.1266-28.5691-7.839638.7481
170.0038-0.0022-0.0017-0.00050.00030.0009-0.0058-0.0145-0.0612-0.0335-0.01410.04220.02410.0262-00.85940.0028-0.12841.2546-0.13141.1551-17.4375-24.047639.7775
180.00720.0012-0.00820.0003-0.00010.0008-0.0780.0182-0.0145-0.0586-0.04960.0196-0.05710.0242-01.0120.0828-0.22941.3585-0.00780.9246-11.3535-7.093730.5606
190.0058-0.00430.00390.0003-0.00290.00030.0281-0.01050.02260.01870.00450.0029-0.00970.006301.2030.1508-0.2171.3962-0.06111.2175-26.2443-0.968440.7445
200.002-0.00060.0004-0.0004-0.00120.0014-0.0180.01140.0084-0.0292-0.01380.0249-0.0058-0.003201.1343-0.00640.00311.1580.00991.04688.9539-10.892824.8028
210.00020.00050.00090.00020.00110.0013-0.00670.0052-0.0069-0.0066-0.00860.00070.00040.022501.47910.0504-0.12461.4550.00821.3868-18.8670.808716.2634
220.00040.0007-00.00020.00030.00090.00080.00810.0010.0047-0.00550.01040.00430.0014-01.8060.0472-0.08121.7932-0.05791.7771-40.762-3.2331.6427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 162 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 349 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 25 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 26 through 94 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 95 through 161 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 162 through 222 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 223 through 340 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 8 through 23 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 24 through 47 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 48 through 62 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 6 through 90 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 91 through 170 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 171 through 348 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'J' and (resid -1 through 25 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'J' and (resid 26 through 94 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'J' and (resid 95 through 161 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'J' and (resid 162 through 289 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'J' and (resid 290 through 340 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'K' and (resid 8 through 23 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'K' and (resid 24 through 47 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'K' and (resid 48 through 62 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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