PDB-5td9: Structure of Human Enolase 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5td9

タイトル

Structure of Human Enolase 2

要素

Gamma-enolase

キーワード

LYASE / enolase gamma / glycolysis / neuron specific enolase / carbohydrate metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / photoreceptor inner segment / gluconeogenesis / glycolytic process / perikaryon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.318 Å

データ登録者

Leonard, P.G. / Muller, F.L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pomhex, a cell-permeable Enolase inhibitor for Collateral Lethality targeting of ENO1-deleted Glioblastoma
著者: Lin, Y.H. / Satani, N. / Hammoudi, N. / Felini, F. / Leonard, P.G. / Maxwell, D. / Peng, Z. / Link, T.M. / Lee, G.R. / Bosajou, A. / Sun, D. / Marszalek, J.R. / Sun, Y.T. / McMurray, J. / ...

履歴

登録	2016年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5td9.cif.gz	347.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5td9.ent.gz	283.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5td9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5td9_validation.pdf.gz	438 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5td9_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	5td9_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	5td9_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5td9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5td9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5idzC 4zcwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xsx-d 5eu9-2 3uje-d 1ebg-d 1te6-d 1oep-1 4enl-1 5eu9-3 1els-1 5eu9-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (14) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-enolase

B: Gamma-enolase

ヘテロ分子

96.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.319, 112.868, 119.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Gamma-enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / Enolase 2 / Neural enolase / Neuron-specific enolase / NSE 分子量: 48149.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENO2 / プラスミド: pJL-H6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 plysS / 参照: UniProt: P09104, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM ammonium acetate, 20% w/v PEG3350, cryo-soak in solution containing 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM ammonium acetate, 35% w/v PEG3350 PH範囲: pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月7日

放射

モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 40898 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 33.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 2.476 / Net I/av σ(I): 32.333 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 327713

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.31-2.35	7.3	0.391	0.953	1	96.4
2.35-2.39	7.8	0.41	0.953	1	99.2
2.39-2.44	8	0.361	0.972	1	100
2.44-2.49	8.2	0.361	0.961	1	100
2.49-2.54	8.4	0.336	0.973	1	100
2.54-2.6	8.4	0.277	0.986	1	100
2.6-2.67	8.4	0.254	0.983	1	100
2.67-2.74	8.4	0.24	0.987	1	99.9
2.74-2.82	8.4	0.21	0.988	1	100
2.82-2.91	8.4	0.181	0.99	1	100
2.91-3.01	8.3	0.16	0.992	1	100
3.01-3.13	8.3	0.144	0.993	1	100
3.13-3.28	8.2	0.128	0.995	1	100
3.28-3.45	8.2	0.114	0.995	1	100
3.45-3.67	8.1	0.098	0.997	1	100
3.67-3.95	7.9	0.089	0.996	1	100
3.95-4.35	7.6	0.08	0.997	1	100
4.35-4.98	7.3	0.075	0.997	1	100
4.98-6.27	7.5	0.076	0.997	1	100
6.27-50	7.4	0.057	0.997	1	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.08 Å	43.51 Å
Translation	6.08 Å	43.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	708	data processing
HKL-2000	708	データ削減
HKL-2000	708	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PHENIX	1.10.1-2155-000	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4ZCW

4zcw

解像度: 2.318→43.51 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2446	2015	4.94 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2018	40812	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.96 Å² / B_iso mean: 57.9889 Å² / B_iso min: 22.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.318→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6644	0	4	86	6734
B_iso mean	-	-	67.98	43.09	-
残基数	-	-	-	-	868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	6766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.636	9136
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1026
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1204
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.286	4080

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3183-2.3762	0.297	145	0.2561	2602	2747	96
2.3762-2.4405	0.3019	143	0.2491	2741	2884	100
2.4405-2.5123	0.3015	137	0.2405	2743	2880	100
2.5123-2.5934	0.2694	143	0.2419	2734	2877	100
2.5934-2.6861	0.3011	141	0.2431	2746	2887	100
2.6861-2.7936	0.3027	148	0.247	2745	2893	100
2.7936-2.9207	0.2994	147	0.2421	2745	2892	100
2.9207-3.0746	0.258	134	0.235	2793	2927	100
3.0746-3.2672	0.2598	134	0.2201	2751	2885	100
3.2672-3.5194	0.2583	152	0.2092	2776	2928	100
3.5194-3.8734	0.2385	143	0.1874	2800	2943	100
3.8734-4.4334	0.2035	144	0.1661	2809	2953	100
4.4334-5.5837	0.2123	148	0.1577	2837	2985	100
5.5837-43.5172	0.1994	156	0.1658	2975	3131	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4116	0.4061	-0.5139	2.0362	-0.092	3.3647	-0.0308	-0.5613	-0.0393	0.1586	0.0243	-0.297	-0.1305	0.2224	-0.0756	0.2638	-0.0042	0.0047	0.7842	0.037	0.2186	83.5612	29.1241	-86.2478
2	1.7093	0.5281	0.3153	2.0654	0.0051	2.7273	0.0378	-0.7306	-0.3122	0.3681	0.0405	-0.426	0.0385	0.6456	-0.1281	0.3114	0.0436	-0.0368	0.9902	0.0595	0.2899	86.1362	24.8401	-78.0537
3	1.6265	-0.9542	-1.031	1.1734	0.071	1.4294	0.1807	-0.7512	0.2603	0.1223	-0.0114	-0.3896	-0.2851	0.4418	-0.1305	0.2498	-0.0738	0.0034	0.8898	-0.0666	0.338	97.8888	35.0297	-91.0473
4	4.7344	1.3026	-1.6041	5.6517	-2.7809	5.5457	-0.3005	0.2601	-1.0238	-0.1382	0.1571	-0.1153	0.8713	-0.1008	0.1173	0.3695	-0.0322	0.1273	0.4827	-0.0513	0.4904	94.5989	12.4188	-107.201
5	4.6035	0.7225	-1.3021	3.1027	-0.3376	2.7394	-0.2412	0.6821	-0.9214	-0.2979	-0.0528	-0.1506	0.7047	0.0311	0.3829	0.3413	0.0505	0.1035	0.9234	-0.1016	0.4576	93.0827	12.6951	-113.8075
6	4.4675	-0.4734	1.7878	2.9091	-0.3054	4.9511	0.218	-0.1716	-1.9591	0.3002	-0.0851	-0.2823	1.1727	-0.1139	0.1529	0.7289	0.2314	0.1284	0.8457	0.2218	1.3124	102.369	-0.6969	-100.3131
7	2.9634	-0.3456	-0.1087	0.7962	0.7105	0.9289	-0.0906	-0.5462	-0.2735	0.1421	-0.0464	-0.2942	0.1867	0.7399	0.1184	0.245	0.0782	0.0056	0.9033	0.1444	0.3581	100.9132	22.8326	-96.2968
8	1.7211	0.2375	0.0487	1.1231	0.0154	1.1606	-0.0536	0.4111	0.1243	-0.1339	-0.0628	-0.0198	-0.021	-0.0411	0.1217	0.2442	0.0208	-0.0185	0.6503	0.0933	0.2315	75.3239	33.4857	-109.5155
9	2.9402	0.4694	0.9496	1.0854	0.0866	2.3046	-0.0622	0.37	-0.0199	-0.0612	-0.0156	0.0879	0.0499	-0.3637	0.1001	0.1881	-0.0041	0.0401	0.6946	0.0325	0.2135	60.9244	25.4336	-110.8309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 44 )	A	1 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 107 )	A	45 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 108 through 148 )	A	108 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 149 through 177 )	A	149 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 251 )	A	178 - 251
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 252 through 310 )	A	252 - 310
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 311 through 434 )	A	311 - 434
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 219 )	B	1 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 220 through 434 )	B	220 - 434

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)