PDB-2xsx: Crystal structure of human beta enolase ENOB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xsx

タイトル

Crystal structure of human beta enolase ENOB

要素

BETA-ENOLASE

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / gluconeogenesis / glycolytic process / magnesium ion binding / extracellular space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vollmar, M. / Krysztofinska, E. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Cocking, R. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Beta Enolase Enob
著者: Vollmar, M. / Krysztofinska, E. / Chaikuad, A. / Krojer, T. / Cocking, R. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Yue, W.W. / Oppermann, U.

履歴

登録	2010年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xsx.cif.gz	364.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xsx.ent.gz	295.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1te6S 2akmS 2akzS 2psnS 3b97S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1te6-d 5td9-d 5eu9-2 1oep-1 3otr-2 5enl-1 4enl-1 1ebg-d 1pdz-1 3uje-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (14) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BETA-ENOLASE

B: BETA-ENOLASE

ヘテロ分子

95.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.878, 105.531, 106.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	BETA-ENOLASE / 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE HYDRO-LYASE / MUSCLE-SPECIFIC ENOLASE / MSE / SKELETAL MUSCLE ENOLASE / ENOLASE 3 分子量: 47079.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P13929, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1083 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.62 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1M NA_ACETATE, 25% PEG_8000, 0.1M CACODYLATE PH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9245
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9245 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→29.49 Å / Num. obs: 114102 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1TE6, 2AKM, 2AKZ, 2PSN AND 3B97

解像度: 1.7→29.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.238 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. DISORDERED LOOP BETWEEN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18905	5697	5 %	RANDOM
R_work	0.15282	-	-	-
obs	0.15463	108327	96.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6592	0	88	1083	7763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6896
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.525	1.978	9263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.069	3	11683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.99	5	881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.331	25.087	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.89	15	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.647	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.544	5	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.103	5	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.094	7	6965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.339	9	2541
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.422	11	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	400	-
R_work	0.211	7640	-
obs	-	-	92.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8814	0.1261	1.0549	1.2125	-0.6869	2.9517	0.0782	-0.0302	-0.1226	-0.0209	-0.0049	0.1764	0.0836	-0.1708	-0.0733	0.0415	-0.0064	-0.0244	0.0305	0.0082	0.0627	-29.8823	-7.5787	-1.0624
2	0.7206	0.1799	0.2572	0.9418	0.1409	0.5675	0.072	0.0034	-0.0607	-0.0132	-0.0547	0.0517	0.0431	-0.0561	-0.0173	0.0183	0.0111	-0.0061	0.0227	-0.0014	0.0107	-28.3689	10.5334	-5.8702
3	18.1719	3.4106	11.8139	4.476	-0.1272	9.1136	-0.1294	-0.5246	0.1128	1.0077	0.3469	0.6195	-0.7726	-0.5633	-0.2175	0.2877	0.1047	0.1622	0.1115	0.0457	0.0953	-38.539	25.2043	16.6694
4	1.1097	-0.2055	-0.1449	1.0701	0.3435	0.8681	0.0342	0.0304	-0.0434	-0.0056	-0.0205	0.1413	-0.0184	-0.1186	-0.0137	0.005	0.0034	-0.0018	0.0172	0.0055	0.0244	-34.8574	17.1015	-4.4135
5	0.5406	-0.634	-0.2115	2.8437	-0.1816	0.9711	0.0918	0.2064	-0.0669	-0.2534	-0.1057	-0.1431	0.1086	0.1553	0.0138	0.0963	0.077	0.0147	0.1802	-0.051	0.0473	-4.7938	-1.2361	-21.4084
6	1.055	0.2497	0.0346	0.838	-0.0326	0.8797	0.0175	-0.0147	-0.0752	0.0547	-0.0541	-0.0881	0.0074	0.1203	0.0367	0.0184	0.0083	-0.0037	0.0417	0.0219	0.0205	0.4549	1.0196	11.2478
7	5.4788	-1.4922	4.207	3.5384	-0.72	7.7935	0.1444	0.8923	-0.055	-0.2377	-0.3398	-0.4409	0.1628	0.9305	0.1954	0.0767	0.088	0.047	0.2639	0.0081	0.1109	15.59	-5.2702	-5.8632
8	1.8735	-0.1557	-0.0409	0.8307	0.0458	0.964	0.0031	0.1583	-0.1912	-0.052	-0.028	-0.072	0.208	0.1294	0.0248	0.0811	0.0506	-0.0042	0.045	-0.0206	0.0367	-4.1786	-10.0874	-4.3169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 253
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	254 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	259 - 434
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	145 - 319
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	320 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	337 - 434

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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