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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5td8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex | ||||||
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![]() | REPLICATION / RWD / CH / coiled-coil / tetramer / Ndc80 / Kinetochore / NANOBODY | ||||||
機能・相同性 | ![]() centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore ...centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / spindle pole body / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / kinetochore / cell division / protein-containing complex binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Valverde, R. / Ingram, J. / Harrison, S.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conserved Tetramer Junction in the Kinetochore Ndc80 Complex. 著者: Valverde, R. / Ingram, J. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 457.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 382.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 512.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Kinetochore protein ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33256.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NDC80, HEC1, TID3, YIL144W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40460 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23246.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUF2, YOL069W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P33895 |
#3: タンパク質 | 分子量: 13469.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: First three residues not resolved in electron density map 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC24, YMR117C, YM9718.16C 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04477 |
#4: タンパク質 | 分子量: 14568.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC25, YER018C 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P40014 |
-抗体 / 非ポリマー , 2種, 7分子 E

#5: 抗体 | 分子量: 15894.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: 化合物 | ChemComp-HG / |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.008 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 7.53→113.413 Å / Num. obs: 4140 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 7.53→7.81 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 2.17 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 7.531→113.413 Å
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拘束条件 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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