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- PDB-5td8: Crystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5td8
タイトルCrystal structure of an Extended Dwarf Ndc80 Complex
要素
  • (Kinetochore protein ...) x 4
  • nanobody
キーワードREPLICATION / RWD / CH / coiled-coil / tetramer / Ndc80 / Kinetochore / NANOBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / spindle pole body ...centromere clustering / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / sister chromatid biorientation / meiotic chromosome segregation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / spindle pole body / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / kinetochore / cell division / protein-containing complex binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Kinetochore protein NUF2 / Kinetochore protein SPC25 / Kinetochore protein NDC80 / Kinetochore protein SPC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 7.531 Å
データ登録者Valverde, R. / Ingram, J. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Conserved Tetramer Junction in the Kinetochore Ndc80 Complex.
著者: Valverde, R. / Ingram, J. / Harrison, S.C.
履歴
登録2016年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein NDC80
B: Kinetochore protein NUF2
C: Kinetochore protein SPC24
D: Kinetochore protein SPC25
E: nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,63911
ポリマ－100,4365
非ポリマー1,2046
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16210 Å2
ΔGint-288 kcal/mol
Surface area45220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)226.825, 226.825, 237.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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Kinetochore protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Kinetochore protein NDC80 / 80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with ...80 kDa spindle component protein / Nuclear division cycle protein 80 / Two-hybrid interaction with DMC1 protein 3


分子量: 33256.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NDC80, HEC1, TID3, YIL144W
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P40460
#2: タンパク質 Kinetochore protein NUF2


分子量: 23246.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUF2, YOL069W
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P33895
#3: タンパク質 Kinetochore protein SPC24


分子量: 13469.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First three residues not resolved in electron density map
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC24, YMR117C, YM9718.16C
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04477
#4: タンパク質 Kinetochore protein SPC25


分子量: 14568.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SPC25, YER018C
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P40014

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抗体 / 非ポリマー , 2種, 7分子 E

#5: 抗体 nanobody


分子量: 15894.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#6: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG 4,000, 0.1 M CHES, pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.53→113.413 Å / Num. obs: 4140 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 7.53→7.81 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 2.17 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 7.531→113.413 Å / SU ML: 0.95 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3283 203 4.9 %
Rwork0.3124 --
obs0.3132 4139 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.531→113.413 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6429 0 6 0 6435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046545
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7548802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.913989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044972
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051143
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17740.0597-0.0465-0.0009-0.0062-0.008-0.082-0.05-0.19220.14930.10050.1674-0.0814-0.35320.19460.1898-0.5397-0.55941.2113-0.22130.878248.739995.120329.9164
20.03590.09810.02660.1918-0.00750.1048-0.10390.2845-0.2898-0.2867-0.3726-0.1851-0.01630.0744-1.4905-1.0552-1.4130.64861.0541-0.64650.9143260.965392.685925.3459
30.8582-0.7367-0.31290.67570.12820.22150.77360.52550.5564-1.30920.38350.496-0.0899-0.09280.13931.918-0.65090.20091.57250.01171.982247.8647107.090815.8112
4-0.0303-0.66360.2772-0.14490.068-0.54420.1596-0.1097-2.03480.1558-0.1818-0.7360.2251-0.0742-0.35880.18320.769-0.27130.3187-0.8190.342224.9311133.7453-13.5983
50.1422-0.0364-0.04680.0778-0.0130.1258-0.00430.0933-0.0982-0.1204-0.0789-0.07060.20350.13530.02890.4150.37530.67120.28030.39640.8903273.5989104.5869-7.9
60.13450.109-0.26090.0959-0.20250.5210.0033-0.0075-0.09470.023-0.3479-0.01680.27921.04850.03011.80430.3911-0.73871.0233-0.07561.1717268.5774105.95291.4447
70.79150.4167-0.04550.62640.13620.9828-0.7965-0.7263-0.32130.1965-1.0753-0.33341.06341.0148-5.80330.39040.1807-0.4860.62390.70151.1682245.328121.7699-1.864
80.04840.0065-0.03340.004-0.01710.04590.09030.1662-0.342-0.18980.04510.07670.28930.7555-0.06331.00730.11540.09060.9471-0.43790.8892218.1541156.3283-19.2665
90.4314-0.4498-0.21230.27030.1191-0.01440.1019-0.30560.49970.26420.224-0.2655-0.3288-0.22830.09021.20470.69070.8080.5627-0.21080.5363188.0436196.0228-11.9599
100.0812-0.05040.07440.0282-0.03440.0593-0.0721-0.2663-0.0536-0.0119-0.1015-0.04510.2599-0.0789-0.62510.8245-0.0490.0090.490.77820.9132160.2169200.3956-16.5745
110.28530.2041-0.16470.1971-0.16180.13890.0964-0.21250.02920.2812-0.12480.0445-0.1027-0.0501-0.21680.1154-0.4686-0.00580.2071-0.1626-0.16160.4211208.5888-21.1737
120.89870.42990.0930.560.13350.7437-0.211-0.2070.39120.0414-0.03550.31450.03560.5728-0.51270.09080.40770.1650.23950.19020.4073193.6653181.2284-10.2304
130.1221-0.08410.14080.0686-0.06540.20050.0505-0.33050.1076-0.1009-0.2313-0.0734-0.14540.198-0.16391.520.22810.59721.6966-0.09160.9192179.8963217.8433-12.391
140.0134-0.16180.05762.3724-1.03430.4515-0.02480.0750.09070.72480.06190.0622-0.2822-0.14540.1430.687-0.3457-0.36720.85190.62290.9998174.6429222.114-13.4449
150.1227-0.013-0.04380.01090.01070.01570.06150.02120.0622-0.146-0.0043-0.0313-0.22930.04150.04152.05410.30130.29720.9056-0.75831.2636165.2652224.0112-5.2963
160.0469-0.0309-0.07590.01220.04120.1175-0.118-0.03240.0008-0.07040.00190.0531-0.06010.027-0.24140.94711.0414-0.01061.1966-0.26050.3653165.6279219.8386-15.9175
170.0002-0.00280.00070.06560.02260.0032-0.00410.0128-0.0118-0.0070.0398-0.0958-0.03470.00030.02950.4292-0.4265-0.28660.1999-0.24070.445203.1197151.9217-33.8209
180.07590.04090.05710.06440.07240.1317-0.35690.1034-0.1743-0.1057-0.058-0.10840.10230.0629-0.36351.2372-0.44220.21960.95070.2530.534193.6001162.384-33.3096
190.00410.0305-0.0060.0502-0.02230.0098-0.0292-0.05120.10350.017-0.0671-0.0126-0.12660.0472-0.04770.3642-0.139-0.37770.1160.05650.3781207.4313161.6139-35.0031
200.3167-0.20830.17450.1876-0.13150.1399-0.00370.26680.0436-0.1872-0.11520.2091-0.01860.1662-0.38480.48210.1316-0.62130.2812-0.09050.1259207.2587168.5125-35.0942
210.0632-0.0068-0.06390.00850.00910.06030.00830.11150.0113-0.0449-0.07120.0236-0.0085-0.1109-0.26850.98840.99130.26380.67880.22760.1216202.319161.4598-26.063
220.22560.0630.17940.02130.04860.15040.27270.25590.13530.14130.0667-0.01490.3743-0.2740.38081.299-0.10820.11970.61330.27970.6005198.0192167.3056-38.6415
230.10290.0859-0.02740.1052-0.07770.08570.0389-0.06260.1041-0.0148-0.0178-0.052-0.02840.00290.21670.58520.86060.28230.8291-0.34931.4564212.8713156.0684-36.1034
240.04250.01060.00280.01050.01430.028-0.0189-0.01550.0456-0.0221-0.0350.0227-0.1361-0.03360.00840.8111-0.4064-0.35920.5344-0.30111.1795191.2904165.2359-41.6967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 115 through 148 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 149 through 212 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 213 through 266 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 267 through 682 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 13 through 32 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 33 through 52 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 53 through 451 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 4 through 23 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 24 through 181 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 182 through 199 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 200 through 213 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 2 through 145 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 146 through 158 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 159 through 189 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 190 through 205 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 206 through 221 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 3 through 8 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 9 through 26 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 27 through 40 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 41 through 68 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 69 through 84 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 85 through 99 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 100 through 121 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 122 through 128 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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