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万見

- PDB-5tc3: Structure of IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii bound to ATP ... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tc3

タイトル

Structure of IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii bound to ATP and GDP

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / IMP dehydrogenase / Ashbya gossypii / allosteric modulator / purine nucleotides

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Ashbya gossypii ATCC 10895 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.462 Å

データ登録者

Fernandez-Justel, D. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L. / Buey, R.M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A nucleotide-controlled conformational switch modulates the activity of eukaryotic IMP dehydrogenases.
著者: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Marcos-Alcalde, I. / Winter, G. / Gomez-Puertas, P. / de Pereda, J.M. / Luis Revuelta, J.

履歴

登録	2016年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tc3.cif.gz	531.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tc3.ent.gz	447.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tc3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5mcpC 4z87S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z87-3 4z87-1 4z87-2 6jig-1 20743 6ua4-d 6udo-d 1zfj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
468 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.880, 147.880, 103.542
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 56664.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ashbya gossypii ATCC 10895 (菌類) / 遺伝子: AGOS_AER117W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 60分子

#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Lithium Acetate 0.1 M BisTris, pH 6.0 20% (w/v) Sokolan CP42

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→46.76 Å / Num. obs: 40435 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1446 / Net I/σ(I): 10.64
反射シェル	解像度: 2.46→2.55 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.435 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / CC_1/2: 0.711 / % possible all: 99.33

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11rc1_2513: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Z87

解像度: 2.462→46.76 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2417	4150	5.24 %
R_work	0.2165	-	-
obs	0.2178	40355	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.462→46.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7170	0	226	51	7447

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7611
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.561	10350
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.05	4477
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1204
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1294

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4619-2.4899	0.3946	146	0.4177	2435	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4899-2.5191	0.4415	178	0.3728	2456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5191-2.5499	0.4779	140	0.3951	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5499-2.5821	0.3733	138	0.3845	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5821-2.6161	0.4391	136	0.3618	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6161-2.6519	0.3775	128	0.326	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6519-2.6898	0.3221	112	0.3088	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6898-2.73	0.3255	172	0.3045	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.7726	0.3868	136	0.3065	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7726-2.8181	0.3075	136	0.2991	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8181-2.8667	0.3016	115	0.3001	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8667-2.9188	0.3361	148	0.2947	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9188-2.9749	0.3125	126	0.2852	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9749-3.0356	0.2957	110	0.2728	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0356-3.1016	0.2848	154	0.2736	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1016-3.1738	0.2574	142	0.2529	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1738-3.2531	0.292	128	0.2558	2479	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2531-3.341	0.2765	138	0.2443	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.341-3.4393	0.2625	138	0.2353	2463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4393-3.5503	0.2109	151	0.2248	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5503-3.6771	0.2315	116	0.2441	2501	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6771-3.8243	0.2788	124	0.224	2465	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8243-3.9983	0.2902	111	0.1919	2551	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9983-4.2089	0.1639	111	0.1799	2483	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2089-4.4724	0.1769	150	0.1528	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4724-4.8174	0.1952	160	0.1508	2497	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8174-5.3016	0.1814	156	0.1592	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3016-6.0674	0.2489	154	0.1794	2477	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0674-7.6389	0.1857	177	0.1995	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6389-46.7722	0.224	119	0.1853	2549	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6296	-1.047	0.996	2.7926	-0.6708	0.5793	-0.1848	-0.5378	-0.2765	0.4415	0.0389	0.3253	0.1845	-0.1817	-0.007	0.7296	0.0476	0.1955	0.7504	-0.054	0.5905	-22.1889	-7.9094	30.6055
2	3.1985	-0.3146	1.7489	0.8674	-0.7092	1.833	-0.0137	0.0677	0.1939	-0.0664	0.0618	0.086	0.079	-0.185	-0.0013	0.6331	0.0778	-0.0346	0.7887	-0.1347	0.8361	-53.7098	12.3278	3.3151
3	4.3742	0.0304	1.2238	4.0512	0.3225	1.5974	0.0479	-0.1926	0.8511	0.0415	-0.2524	0.2176	-0.0608	-0.0541	-0.0007	0.5452	0.0063	0.0463	0.6546	-0.2042	0.6025	-26.9005	16.5285	23.6698
4	2.8911	-0.3366	0.3167	1.127	0.0473	2.5813	-0.0412	0.3871	0.0506	-0.3606	-0.2733	0.0059	-0.2076	0.0941	-0.004	0.8702	0.052	-0.0003	0.7096	-0.1288	0.7387	-22.4375	-0.7821	13.2178
5	2.8988	1.3579	-0.8317	3.3166	-0.7296	0.9867	-0.0423	0.0597	-0.1441	-0.0314	-0.1464	0.3663	-0.1784	-0.0715	-0.0064	0.5207	-0.022	-0.0964	0.6163	-0.1759	0.4668	-27.164	-0.3577	-32.2221
6	2.865	0.3876	-1.1926	3.0221	-0.8314	2.187	-0.0457	0.0648	-0.1808	0.0491	0.1635	-0.0088	-0.0001	-0.4275	0.0001	0.6069	-0.0452	0.0344	0.8168	-0.1291	0.8042	-59.3666	-11.4204	-11.4102
7	4.1538	0.1861	-1.0311	3.7594	0.0905	1.4114	0.0453	0.193	-0.7696	-0.0102	-0.2141	0.2435	0.0981	-0.0867	-0.0006	0.5513	-0.008	-0.0315	0.6448	-0.2207	0.575	-26.8771	-16.5636	-33.349
8	2.9512	0.839	-1.1918	1.751	0.9925	2.2232	0.2237	-0.4779	-0.3101	0.4186	-0.4132	0.2216	0.1211	0.1966	-0	0.7646	-0.1236	0.0129	0.7377	-0.1134	0.7093	-26.3578	-2.213	-21.4005
9	0.3141	-0.3377	-0.1729	0.755	-0.0354	0.3728	-0.3411	-0.2193	0.6361	0.7411	-0.1568	-0.6373	0.1805	0.5343	-0.0232	1.1523	-0.0923	-0.1663	0.9678	-0.107	0.7753	-12.8785	8.6146	-28.5076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 74 through 249 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 250 through 389 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 390 through 522 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 115 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 116 through 249 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 250 through 389 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 390 through 491 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 492 through 522 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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