PDB-5t95: Prephenate Dehydrogenase M219T, N222D mutant from Soybean

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t95

タイトル

Prephenate Dehydrogenase M219T, N222D mutant from Soybean

要素

Prephenate dehydrogenase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / tyrosine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

prephenate dehydrogenase (NADP+) / arogenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NAD+) activity / tyrosine biosynthetic process / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.689 Å

データ登録者

Holland, C.K. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of the evolution of alternative tyrosine biosynthetic routes in plants.
著者: Schenck, C.A. / Holland, C.K. / Schneider, M.R. / Men, Y. / Lee, S.G. / Jez, J.M. / Maeda, H.A.

履歴

登録	2016年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Refinement description カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support / software Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.classification
改定 1.4	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t95.cif.gz	230.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t95.ent.gz	184.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t95_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t95_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5t95_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	5t95_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/5t95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/5t95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t9eC 5t9fC 5whxC 5t8x PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t9f-2 5whx-d 5t9e-d 6t5z-d 4q39-3 4xtv-d 1l8l-d 4op0-d 5zkp-d 4xu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prephenate dehydrogenase 1

B: Prephenate dehydrogenase 1

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.294, 54.603, 68.092
Angle α, β, γ (deg.)	106.95, 99.32, 103.70
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Prephenate dehydrogenase 1 / Uncharacterized protein 分子量: 30653.115 Da / 分子数: 2 / 変異: M219T, N222D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: PDH1, GLYMA_18G023100 / プラスミド: pET28a / 細胞株 (発現宿主): Rosetta 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1MYY4, prephenate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 40 mM potassium phosphate dibasic, and 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→33.98 Å / Num. obs: 59535 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 1.8 % / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 12.31
反射シェル	解像度: 1.69→1.715 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.344 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5T8X

5t8x
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.689→33.989 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 18.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	3023	5.08 %
R_work	0.1542	-	-
obs	0.1557	59535	88.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.689→33.989 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3959	0	122	493	4574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	5875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.221	2604
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	733

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6889-1.7153	0.3339	126	0.2312	2199	X-RAY DIFFRACTION	75
1.7153-1.7434	0.2662	110	0.2173	2524	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7434-1.7734	0.2637	131	0.2084	2504	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7734-1.8057	0.2343	124	0.1893	2457	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8057-1.8404	0.2243	123	0.1928	2359	X-RAY DIFFRACTION	80
1.8404-1.878	0.214	128	0.1818	2460	X-RAY DIFFRACTION	86
1.878-1.9188	0.2128	140	0.1835	2599	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9188-1.9634	0.2302	125	0.1736	2624	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9634-2.0125	0.1816	135	0.1643	2660	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0125-2.067	0.1959	160	0.1546	2580	X-RAY DIFFRACTION	91
2.067-2.1278	0.1745	143	0.1615	2615	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1278-2.1964	0.1818	143	0.1583	2632	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1964-2.2749	0.1865	154	0.1564	2516	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2749-2.366	0.1959	146	0.1559	2380	X-RAY DIFFRACTION	83
2.366-2.4736	0.1915	147	0.1543	2713	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4736-2.604	0.1936	153	0.1552	2712	X-RAY DIFFRACTION	93
2.604-2.7671	0.1624	148	0.1545	2657	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7671-2.9806	0.1957	133	0.1575	2703	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9806-3.2803	0.1704	152	0.1464	2623	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2803-3.7545	0.1589	112	0.138	2605	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7545-4.7282	0.1421	141	0.1199	2765	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7282-33.9955	0.1756	149	0.1473	2625	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2527	0.4551	0.4959	0.9691	0.4213	1.5374	0.0036	0.1062	0.022	-0.0509	0.027	-0.0575	-0.0499	0.0613	-0.0156	0.1138	0.0115	0.0085	0.1091	0.0088	0.1036	1.8979	-44.1269	-32.8265
2	0.5307	0.156	-0.1467	2.7997	-1.5365	1.7455	-0.0102	0.0487	0.0465	0.1125	-0.0208	-0.0777	-0.049	0.0446	0.0329	0.0854	0.0081	0.0024	0.1191	-0.0277	0.0902	-16.0941	-55.3289	-14.5832
3	1.7587	-0.6211	-0.4464	3.2097	0.0312	1.7873	-0.0077	-0.045	-0.1	0.1236	0.0404	-0.0742	0.1424	-0.0121	-0.0349	0.1276	0.0005	-0.0003	0.1106	0.0096	0.1357	15.5378	-40.2872	-6.0571
4	2.3159	0.3282	-1.2419	3.7118	0.0872	7.8262	-0.0346	0.0424	-0.3455	0.5032	0.0092	0.3462	0.562	-0.767	-0.0485	0.2403	-0.0419	0.0415	0.1744	0.0393	0.2563	8.1201	-45.7225	0.1971
5	2.2289	0.0739	0.267	1.495	-0.2598	2.1131	0.0371	-0.2667	-0.2237	0.4196	-0.0178	0.2496	0.258	-0.2465	-0.0471	0.2362	-0.0152	0.0534	0.1526	0.0229	0.1498	8.7963	-31.8876	6.8957
6	8.0254	-0.1469	2.3061	4.2345	-0.734	2.6051	0.0481	0.7631	-0.2644	-0.2462	0.1111	-0.3492	-0.0106	0.6401	-0.1404	0.1061	-0.019	0.0228	0.229	-0.0027	0.1959	24.7136	-26.4314	-9.0187
7	1.4009	-0.4773	-0.0583	2.2591	0.0025	1.3881	-0.0798	-0.1902	-0.0809	0.5054	0.0971	-0.2662	0.034	0.1065	-0.0352	0.1831	0.0014	-0.0443	0.1486	-0.0061	0.1326	21.8261	-25.7802	6.49
8	2.3028	0.4195	-1.0367	1.0911	-0.6789	4.3537	-0.1264	0.1885	-0.1182	-0.143	0.0203	0.0112	0.0538	-0.2833	0.1361	0.13	-0.0036	0.0091	0.1203	-0.0284	0.1726	14.302	-11.5567	-18.2209
9	1.1933	0.9536	-0.1955	2.3462	-0.9964	2.4611	-0.1644	0.0248	-0.0996	-0.1419	0.0586	-0.0082	0.2698	0.0005	0.1483	0.0932	0.0235	-0.0214	0.1114	-0.0045	0.1409	12.9499	-16.3288	-11.5037
10	1.2695	-0.2652	0.1853	5.4905	-3.5895	4.7822	-0.0704	-0.0369	0.0618	0.2741	0.1148	0.1082	-0.1653	-0.0856	-0.0564	0.1251	0.0321	-0.0034	0.1513	-0.032	0.1375	10.6642	2.1886	-8.2552
11	1.9981	1.9896	1.9957	1.9937	1.992	1.9966	0.3836	0.1284	-0.2755	-0.2786	-0.0553	0.2476	0.6431	0.3311	-0.2448	0.2546	-0.0272	0.0073	0.1412	0.0341	0.1701	-4.2222	-53.0329	-21.9325
12	5.1436	-4.6434	0.3472	4.5426	0.774	3.4162	0.2676	-0.3342	0.2703	0.0422	0.0055	-0.0533	-0.3518	0.9811	-0.2427	0.1304	-0.0362	0.0133	0.2745	-0.0212	0.1721	17.2299	-22.5634	-8.5802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 9:183 )	A	9 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 184:257 )	A	184 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 8:50 )	B	8 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 51:67 )	B	51 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 68:125 )	B	68 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 126:139 )	B	126 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 140:183 )	B	140 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 184:206 )	B	184 - 206
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 207:236 )	B	207 - 236
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 237:257 )	B	237 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 302:302 )	A	302
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 302:302 )	B	302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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