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万見
- PDB-5t76: A fragment of a human tRNA synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t76
タイトルA fragment of a human tRNA synthetase
要素Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードTRANSLATION / tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


Ser-tRNA(Ala) deacylase activity / regulation of cytoplasmic translational fidelity / peptide lactyltransferase (ATP-dependent) activity / 合成酵素 / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / positive regulation of hippo signaling / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation ...Ser-tRNA(Ala) deacylase activity / regulation of cytoplasmic translational fidelity / peptide lactyltransferase (ATP-dependent) activity / 合成酵素 / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / positive regulation of hippo signaling / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA modification / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / tRNA processing / amino acid binding / neuromuscular process controlling balance / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / tRNA binding / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #40 / Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain ...Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 - #40 / Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Sun, L. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Two crystal structures reveal design for repurposing the C-Ala domain of human AlaRS.
著者: Sun, L. / Song, Y. / Blocquel, D. / Yang, X.L. / Schimmel, P.
履歴
登録2016年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7471
ポリマ－23,7471
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.645, 38.449, 62.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS / Renal carcinoma antigen NY-REN-42


分子量: 23747.289 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 757-965 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AARS
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P49588, alanine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13269 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2→2.052 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2576 649 -
Rwork0.2146 --
obs-12323 99.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1574 0 0 157 1731
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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