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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t62 | ||||||||||||
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タイトル | Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Ribosome Biogenesis / 60S / Nmd3 / Lsg1 / Tif6 / cryo-em | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits ...mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / protein transport / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Malyutin, A.G. / Musalgaonkar, S. / Patchett, S. / Frank, J. / Johnson, A.W. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis. 著者: Andrey G Malyutin / Sharmishtha Musalgaonkar / Stephanie Patchett / Joachim Frank / Arlen W Johnson / ![]() 要旨: During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. ...During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. The last known events in the cytoplasm are the release of Tif6 by Efl1 and Sdo1 and the release of the export adapter, Nmd3, by the GTPase Lsg1. Here, we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the 60S subunit bound by Nmd3, Lsg1, and Tif6. We find that a central domain of Nmd3 mimics the translation elongation factor eIF5A, inserting into the E site of the ribosome and pulling the L1 stalk into a closed position. Additional domains occupy the P site and extend toward the sarcin-ricin loop to interact with Tif6. Nmd3 and Lsg1 together embrace helix 69 of the B2a intersubunit bridge, inducing base flipping that we suggest may activate the GTPase activity of Lsg1. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 211.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 373.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 XzSVW
#1: タンパク質 | 分子量: 28597.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TIF6, CDC95, YPR016C, LPZ15C / プラスミド: pAJ3283 / 詳細 (発現宿主): 6HIS-kemptide-TIF6 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#42: タンパク質 | 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08 |
#45: タンパク質 | 分子量: 18485.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 59995.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38861 |
#47: タンパク質 | 分子量: 71945.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P53145, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC
#2: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: REF: 831416132 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 DEFGHIJKLMNOabcdefghijklmnopqr...
-非ポリマー , 4種, 169分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/GNP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#48: 化合物 | ChemComp-MG / #49: 化合物 | #50: 化合物 | ChemComp-GNP / | #51: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | In chain 47 the two UNK segments (135-175 and 276-298) are separated by gaps from the rest of the ...In chain 47 the two UNK segments (135-175 and 276-298) are separated by gaps from the rest of the known sequence and there is not enough information in my EM maps to accurately assign neither the number nor sequence to these regions |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 |
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試料 |
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試料支持 |
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急速凍結 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company / ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EM imaging | 加速電圧: 300 kV / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源:
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撮影 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 |
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CTF補正 |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 |
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原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 131777 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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