[日本語] English
万見
- PDB-5t5i: TUNGSTEN-CONTAINING FORMYLMETHANOFURAN DEHYDROGENASE FROM METHANO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5i
タイトルTUNGSTEN-CONTAINING FORMYLMETHANOFURAN DEHYDROGENASE FROM METHANOTHERMOBACTER WOLFEII, ORTHORHOMBIC FORM AT 1.9 A
要素
  • (Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit ...) x 5
  • Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / CO2 fixation / metallohydrolase / formate dehydrogenase / tungstopterin / methanogenesis / green house gas / methanothermobacter wolfeii / iron sulfur cluster / ferredoxin / beta helicoidal / channel / formate / CO2 / methanofuran / formylmethanofuran / nanomachine / binuclear center / tungsten / gate / coupling / enzyme / anaerobic / carboxylysine
機能・相同性
機能・相同性情報


formylmethanofuran dehydrogenase / formylmethanofuran dehydrogenase activity / methanogenesis, from carbon dioxide / methanogenesis / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / molybdopterin cofactor binding / transition metal ion binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FwdD/FmdC, molybdopterin dinucleotide-binding domain / : / : / : / : / Formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D / Polyferredoxin MvhB-like / : / Formylmethanofuran dehydrogenase, subunit B / Formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A ...FwdD/FmdC, molybdopterin dinucleotide-binding domain / : / : / : / : / Formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D / Polyferredoxin MvhB-like / : / Formylmethanofuran dehydrogenase, subunit B / Formylmethanofuran dehydrogenase, subunit A / Formylmethanofuran dehydrogenase subunit C / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / Amidohydrolase 3 / Amidohydrolase family / : / 4Fe-4S binding domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Metal-dependent hydrolase / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROSULFURIC ACID / : / Chem-MGD / IRON/SULFUR CLUSTER / : / 4Fe-4S binding protein / Protein fwdD / Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA / Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C / 4Fe-4S binding protein / Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter wolfeii (古細菌)
Methanothermobacter sp. CaT2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 ドイツ, 日本, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
PRESTO 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The methanogenic CO2 reducing-and-fixing enzyme is bifunctional and contains 46 [4Fe-4S] clusters.
著者: Wagner, T. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA
B: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit B
C: Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C
D: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdD
F: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdF
G: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdG
I: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA
J: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit B
K: Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C
L: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdD
N: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdF
P: Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)416,02082
ポリマ－402,84712
非ポリマー13,17270
水45,1462506
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area67800 Å2
ΔGint-1012 kcal/mol
Surface area114750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.644, 174.576, 205.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit ... , 5種, 10分子 AIBJDLFNGP

#1: タンパク質 Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdA


分子量: 62806.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Native formylmethanofuran dehydrogenase subunit A containing the carboxylysine at position 178
由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) / 参照: UniProt: O74030*PLUS
#2: タンパク質 Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit B


分子量: 48411.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter sp. CaT2 (古細菌) / 参照: UniProt: T2GJQ6*PLUS
#4: タンパク質 Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdD


分子量: 14408.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) / 参照: UniProt: O74029*PLUS
#5: タンパク質 Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdF


分子量: 38618.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) / 参照: UniProt: O74028*PLUS
#6: タンパク質 Tungsten formylmethanofuran dehydrogenase subunit fwdG


分子量: 8564.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌) / 参照: UniProt: Q1MVD4*PLUS

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CK

#3: タンパク質 Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase 2 subunit C / Tungsten-containing formylmethanofuran dehydrogenase II subunit C


分子量: 28613.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanothermobacter wolfeii (古細菌)
参照: UniProt: O74031*PLUS, formylmethanofuran dehydrogenase

-
非ポリマー , 11種, 2576分子

#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#10: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#12: 化合物...
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#13: 化合物 ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#14: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#15: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#16: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
解説: About 500 x 200 um size with a brown color and a brick shape
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tricine/NaOH, pH 8.0, 30% (v/v) pentaerythritol propoxylate 426 (5/4 PO/OH), and 400 mM KCl. The crystallized sample has to be anoxic and extremely fresh (crystallized after 3 days of ...詳細: 100 mM Tricine/NaOH, pH 8.0, 30% (v/v) pentaerythritol propoxylate 426 (5/4 PO/OH), and 400 mM KCl. The crystallized sample has to be anoxic and extremely fresh (crystallized after 3 days of purification) without any freezing step. The optimal protein concentration is 30 mg/mL. Drops are made by mixing 1 uL protein and 1 uL precipitant. Crystals appeared usually after 7-10 days.
PH範囲: 7.5-8.5 / Temp details: Only one temperature has been tested

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.21372 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.21372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.26 Å / Num. obs: 339028 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.726 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→48.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9545 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9474 / SU R Cruickshank DPI: 0.156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Blow DPI: 0.098 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.098
詳細: The structure was refined by REFMAC after the initial building. For the two last refinement steps, BUSTER was used to improve the stereochemistry of the model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1721 16949 5 %RANDOM
Rwork0.1522 ---
obs0.1532 338906 99.15 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6414 Å20 Å20 Å2
2---0.4168 Å20 Å2
3---6.0582 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.181 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→48.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55205 0 3163 2506 60874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0156516HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.22102562HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12552SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes753HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes8198HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it56482HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd30SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3838SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact57784SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 1120 4.75 %
Rwork0.2425 22458 -
all0.2435 23578 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4676-0.16320.0190.48210.01830.45990.0025-0.0326-0.11190.01260.01060.01730.13380.0436-0.0132-0.0155-0.0038-0.0183-0.05580.0204-0.052820.7548116.88630.175
20.4534-0.01880.03120.2054-0.00690.28740.01980.00480.0117-0.0113-0.01430.05140.0001-0.0518-0.0055-0.016-0.0109-0.0094-0.02830.0095-0.0308-2.5611141.40519.8482
30.8090.245-0.31850.6668-0.08930.50190.00470.1796-0.0504-0.1365-0.042-0.00010.0737-0.06630.0373-0.00660.025-0.0255-0.0057-0.0076-0.09998.0403131.529-11.2226
40.5121-0.09410.03620.6489-0.30150.74830.03450.09190.0969-0.089-0.02950.09-0.1215-0.1365-0.005-0.01360.0289-0.0197-0.0130.0173-0.0283-13.4987156.1478.8815
50.17990.05710.05270.25380.40330.73520.006-0.06060.051-0.0794-0.00840.0674-0.22740.06790.00230.0297-0.0026-0.0276-0.1232-0.0263-0.027424.3424184.44429.5412
60.9350.24260.33010.69850.31340.6936-0.0033-0.16140.15660.0869-0.07360.12110.0074-0.09830.0769-0.01240.00450.0091-0.0183-0.0443-0.0075-1.1358163.13440.5684
70.31790.0786-0.03160.4641-0.09810.40850.01280.00360.04380.0148-0.0241-0.04-0.11820.03380.01140.00810.00890.0046-0.07820.0129-0.035914.0268232.231-30.0235
80.31980.0131-0.02850.27860.01820.32670.0055-0.0066-0.02790.014-0.02290.0407-0.0248-0.04890.0174-0.01080.01140.0037-0.05430.0015-0.0121-8.8879207.621-19.2914
90.6858-0.21550.12070.6286-0.05950.5607-0.0127-0.09940.03040.1383-0.0117-0.0138-0.10170.00490.02440.0178-0.02580.0028-0.0520.0057-0.07720.6811218.80911.556
100.48530.08820.01770.6202-0.1650.67540.0231-0.0564-0.09630.1038-0.02730.10030.0907-0.09910.0042-0.0087-0.01710.032-0.04890.01060.0066-19.6488192.907-8.2018
110.2212-0.03760.11660.17870.16160.5470.04890.0076-0.00990.0817-0.02780.02050.05480.0482-0.02110.0086-0.020.0084-0.0923-0.0067-0.018121.8307165.277-27.4145
120.4936-0.4126-0.27941.430.36390.8185-0.00050.1066-0.1324-0.1173-0.06490.1274-0.0007-0.07370.0654-0.0150.004-0.0081-0.0473-0.03350.0163-6.3499184.939-39.1973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ G|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ I|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ J|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ K|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ L|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ N|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ P|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る