[日本語] English
万見
- PDB-5t5d: Crystal Structure of the PTS IIB protein associated with the fuco... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5d
タイトルCrystal Structure of the PTS IIB protein associated with the fucose utilization operon from Streptococcus pneumoniae
要素PTS system, IIB component
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fructose Permease / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / : / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component / Phosphotransferase system, sorbose subfamily IIB component superfamily / PTS system sorbose subfamily IIB component / PTS_EIIB type-4 domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS system, IIB component
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Higgins, M.A. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of the PTS IIA and IIB proteins associated with pneumococcal fucose utilization.
著者: Higgins, M.A. / Hamilton, A.M. / Boraston, A.B.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PTS system, IIB component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5141
ポリマ－18,5141
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.503, 42.503, 292.922
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

21A-256-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PTS system, IIB component


分子量: 18513.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_2163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2USH8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG400, 0.2 M Magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9761 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9761 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→37 Å / Num. obs: 67795 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.94 % / Net I/σ(I): 14.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→36.809 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2971 283 4.61 %
Rwork0.2236 --
obs0.2277 6143 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 0 0 57 1192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9581564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.877692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007197
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-3.14960.34371380.20652794X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-36.81270.28461450.22833066X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6261-0.0295-0.61460.42330.4961.02420.36580.13311.1074-0.0127-0.1907-0.5282-0.4632-0.40920.00040.6376-0.0431-0.00490.4523-0.00630.56296.052416.664513.3653
21.2844-0.2716-0.61971.1441-0.98061.35550.1990.05720.0681-0.1328-0.4467-0.3013-0.4508-0.1240.00060.6553-0.0093-0.00080.45860.03440.504311.41817.81923.5068
32.1399-0.8411-0.54192.14730.47321.79430.1343-0.3331-0.0673-0.0593-0.1806-0.27120.23220.2311-00.5842-0.01310.00430.32730.05680.466215.81617.077411.0054
41.2299-2.1371-0.25543.73570.1872.93510.63590.1075-1.73640.07140.27420.6989-1.0769-1.2820.14220.7288-0.1526-0.05210.57110.20760.7921-4.4534.01359.8407
50.64730.7811-0.05051.1853-0.48741.2904-0.01990.02620.1814-0.2956-0.26260.6130.3401-0.3543-0.00120.606-0.0385-0.01680.37340.0390.50882.24851.842216.8608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 24 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 61 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 103 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 104 through 122 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 123 through 156 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る