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- PDB-5t57: Crystal Structure of a Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t57
タイトルCrystal Structure of a Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding Protein from Cupriavidus necator in Complex with Calcium and NAD
要素Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding Protein / Oxidoisomerase / Cupriavidus necator
機能・相同性
機能・相同性情報


D-apionate oxidoisomerase / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) , C-terminal / Semialdehyde dehydrogenase-like, C-terminal / Phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) C-term / : / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) , C-terminal / Semialdehyde dehydrogenase-like, C-terminal / Phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) C-term / : / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / D-apionate oxidoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Cupriavidus necator (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cook, W.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Huang, H. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118303 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding Protein from Cupriavidus necator in Complex with Calcium and NAD
著者: Cook, W.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Huang, H. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22017年5月3日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2574
ポリマ－32,4881
非ポリマー7693
水2,414134
1
A: Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子

A: Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5158
ポリマ－64,9772
非ポリマー1,5386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area12490 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.903, 71.140, 47.649
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Semialdehyde dehydrogenase NAD-binding protein


分子量: 32488.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct was expressed with a purification tag MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH at the N-terminus
由来: (組換発現) Cupriavidus necator (strain ATCC 43291 / DSM 13513 / N-1) (バクテリア)
株: ATCC 43291 / DSM 13513 / N-1 / 遺伝子: CNE_BB1p11570 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F8GV06
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 20 (w/v) PEB-3350, 5 mM Mg, 5 mM NAD+

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日 / 詳細: Diamond
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.646→19.956 Å / Num. obs: 36952 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.114 / Net I/av σ(I): 5.259 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.65-1.736.90.9190.81100
1.73-1.846.90.6191.31100
1.84-1.976.90.4151.91100
1.97-2.1270.2642.91100
2.12-2.3370.1694.41100
2.33-2.670.13951100
2.6-370.1235.41100
3-3.686.90.08771100
3.68-5.26.80.03715.11100
5.2-19.9566.30.03318.8196.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C24

3c24


解像度: 1.65→19.956 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.193 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.087
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 1792 4.9 %RANDOM
Rwork0.1727 ---
obs0.1742 35109 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.18 Å2 / Biso mean: 24.885 Å2 / Biso min: 10.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→19.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 46 134 2303
Biso mean--24.93 27.15 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192208
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9562.0082992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09634968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7125275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96123.69692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66615383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0841518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2492.2051103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2412.2051102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.153.2991377
LS精密化 シェル解像度: 1.646→1.688 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 138 -
Rwork0.312 2522 -
all-2660 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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