PDB-5t4l: PLP and GABA Trigger GabR-Mediated Transcription Regulation in Ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t4l

タイトル

PLP and GABA Trigger GabR-Mediated Transcription Regulation in Bacillus subsidies via External Aldimine Formation

要素

Aspartate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / GabR / MocR / PLP / GABA / external aldimine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-phenylalanine biosynthetic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Wu, R. / Sanishvili, R. / Belitsky, B.R. / Juncosa, J.I. / Le, H.V. / Lehrer, H.J.S. / Farley, M. / Silverman, R.B. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Liu, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: PLP and GABA trigger GabR-mediated transcription regulation in Bacillus subtilis via external aldimine formation.
著者: Wu, R. / Sanishvili, R. / Belitsky, B.R. / Juncosa, J.I. / Le, H.V. / Lehrer, H.J. / Farley, M. / Silverman, R.B. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Liu, D.

履歴

登録	2016年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t4l.cif.gz	195.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t4l.ent.gz	156 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t4l_validation.pdf.gz	806.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t4l_full_validation.pdf.gz	809.5 KB	表示
XML形式データ	5t4l_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	5t4l_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/5t4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/5t4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t4jC 5t4kC 1amqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4f4e-d 1ix6-1 2qbt-1 4rkd-3 3fsl-3 1asf-1 4rkc-d 3zzk-1 1c9c-1 4f5g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

A: Aspartate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.913, 154.916, 79.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-904- HOH

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase / AspAT / Transaminase A 分子量: 43619.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-77E / (4R)-4-amino-6-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}hexanoic acid 分子量: 348.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁N₂O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25 mM Potassium phosphate 43% Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→29 Å / Num. obs: 77078 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.2 % / Net I/σ(I): 34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AMQ

1amq

解像度: 1.53→28.99 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.166	3880	5.03 %
R_work	0.149	-	-
obs	0.15	77075	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→28.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3069	0	23	510	3602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3626
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	5003
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.242	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	549
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	673

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5326-1.5513	0.3533	111	0.3157	1842	X-RAY DIFFRACTION	69
1.5513-1.5709	0.2953	108	0.2761	2219	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5709-1.5916	0.2838	141	0.2408	2485	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5916-1.6134	0.2296	128	0.2141	2574	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6134-1.6364	0.2512	147	0.1966	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6364-1.6608	0.211	138	0.1752	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6608-1.6868	0.1857	146	0.1625	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6868-1.7144	0.1638	116	0.1499	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7144-1.744	0.1593	141	0.145	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.744-1.7757	0.1621	139	0.1383	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7757-1.8098	0.1551	133	0.1379	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8098-1.8468	0.1555	129	0.1427	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8468-1.8869	0.1613	149	0.1496	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8869-1.9308	0.1726	156	0.1525	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9308-1.9791	0.173	140	0.1469	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9791-2.0326	0.1634	139	0.1452	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0326-2.0924	0.1636	137	0.1388	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0924-2.1599	0.1561	128	0.1409	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1599-2.2371	0.1586	152	0.1352	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2371-2.3266	0.146	141	0.1428	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3266-2.4324	0.1466	139	0.1466	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4324-2.5606	0.1592	152	0.1504	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5606-2.7209	0.1595	148	0.1496	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7209-2.9308	0.1557	162	0.1559	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9308-3.2254	0.1682	140	0.1526	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2254-3.6913	0.1566	139	0.1384	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6913-4.6476	0.1545	132	0.1245	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6476-28.9916	0.1698	149	0.1586	2831	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.313	0.3091	-0.7519	1.2326	-1.5876	2.618	0.0241	-0.1182	-0.1277	0.2064	-0.0642	-0.3027	-0.1711	0.3649	0.0287	0.2297	0.0217	-0.0338	0.3097	-0.0384	0.2872	-19.6338	-25.8999	16.4152
2	0.2627	0.0089	-0.2097	0.6679	0.1225	0.9277	0.0583	0.0279	0.0473	-0.0714	0.0084	0.0318	-0.1205	-0.0402	-0.0737	0.1598	0.0159	0.0063	0.1473	0.0155	0.1717	-43.7153	-10.5895	10.9825
3	0.9142	0.2707	-0.2372	1.1486	-0.0428	1.0638	-0.0068	0.132	-0.16	-0.1887	0.0088	-0.0895	0.1368	-0.021	0.0038	0.2001	0.0115	-0.0218	0.1702	-0.0323	0.1877	-41.69	-34.5504	-0.3509
4	0.4767	0.0058	-0.13	0.8054	-0.0914	0.6003	0.0492	0.1092	-0.0091	-0.1461	-0.0052	0.0429	0.0012	-0.0377	-0.041	0.1571	0.0099	-0.0195	0.1573	-0.0004	0.1373	-43.8786	-19.7985	2.4495
5	1.3261	-0.4717	-0.0181	0.9085	-0.1559	0.8633	0.0604	0.1567	-0.0384	-0.1217	-0.0452	-0.247	-0.0132	0.1339	-0.0273	0.2067	0.0084	0.0564	0.2192	-0.0276	0.2441	-17.6902	-21.4026	-4.0953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 84 THROUGH 204 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 205 THROUGH 331 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 332 THROUGH 396 )

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