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万見
- PDB-5t3v: A Novel domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t3v
タイトルA Novel domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to DNA-repair enzyme
要素Nuclease EXOG, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / mitochondria / exonuclease / DNA-repair / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nuclease EXOG, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Szymanski, M.R. / Yin, W.Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 083703 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 110591 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A domain in human EXOG converts apoptotic endonuclease to DNA-repair exonuclease.
著者: Szymanski, M.R. / Yu, W. / Gmyrek, A.M. / White, M.A. / Molineux, I.J. / Lee, J.C. / Yin, Y.W.
履歴
登録2016年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease EXOG, mitochondrial
B: Nuclease EXOG, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9866
ポリマ－72,6842
非ポリマー3024
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.340, 83.436, 74.771
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclease EXOG, mitochondrial / Endonuclease G-like 1 / Endo G-like 1


分子量: 36342.219 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 59-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOG, ENDOGL1, ENDOGL2, ENGL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.89 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.708 Å / Num. obs: 24211 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ISM

3ism


解像度: 2.6→49.708 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.96
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2244 1993 8.23 %8.21%
Rwork0.1758 ---
obs0.1798 24211 94.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 162.79 Å2 / Biso mean: 69.9715 Å2 / Biso min: 24.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4817 0 12 81 4910
Biso mean--127.37 48.3 -
残基数----599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4836685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003869
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1322993
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5999-2.66490.31361300.25071461159188
2.6649-2.7370.34261390.24171502164191
2.737-2.81750.33581390.25581550168992
2.8175-2.90840.29931310.24851545167693
2.9084-3.01240.27721460.22211560170694
3.0124-3.1330.25991380.21421575171395
3.133-3.27550.2691450.20661598174395
3.2755-3.44820.29621430.20431593173696
3.4482-3.66420.22281350.17441616175196
3.6642-3.9470.19761520.15051602175497
3.947-4.3440.18211440.13621637178197
4.344-4.9720.15391460.12151634178097
4.972-6.26230.1911480.15111662181098
6.2623-49.7170.2241570.18731683184098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9692-0.4322.04632.76240.16092.9859-0.2130.02450.249-0.2660.1605-0.01310.0893-0.19710.00080.358-0.00490.0360.26080.00360.3431-12.939128.2775-10.8295
23.9765-0.3871.52138.6637-0.29666.57060.1570.8613-0.1717-0.7666-0.2171-0.05890.09940.09610.0020.47960.0070.05720.5402-0.03160.2626-11.926318.0906-21.8648
32.2167-0.97040.91962.6043-0.68441.9643-0.02430.0142-0.0928-0.22480.07920.24030.0637-0.4306-0.07790.3955-0.0613-0.00990.43340.00420.3569-22.092617.4372-10.37
45.0003-0.31340.98172.6133-0.70442.9873-0.1466-1.0160.06240.23620.11650.2693-0.0625-0.55980.03750.41770.01350.03370.68120.04480.4138-29.841921.51940.8341
55.9948-1.14131.60580.5604-0.96387.69510.33190.4029-0.7494-0.0976-0.22690.22460.2437-0.7089-0.11610.5906-0.0537-0.05880.6389-0.09320.5162-41.894410.301-29.3493
63.6819-0.50630.60721.6701-0.13471.3414-0.26-0.62570.64650.29740.0868-0.1852-0.1681-0.15320.15570.41060.0502-0.0360.3926-0.12160.5078-0.119528.2824.5224
74.5042-0.87240.63953.4742-0.272.8485-0.0771-1.36180.06040.54430.04590.0314-0.1264-0.30190.05240.50420.07220.02090.6671-0.01780.3128-1.511718.768316.6265
84.43820.1170.42472.0906-0.2141.3314-0.0834-0.01460.1108-0.02440.0301-0.2668-0.01030.21890.0370.35730.0406-0.01030.3152-0.0080.360411.539617.31580.6113
95.36441.1546-0.36475.41824.0173.27390.2450.0889-0.2617-0.2518-0.17410.0428-0.7233-0.41470.08880.6420.0687-0.08330.5030.01950.527224.54339.638117.0469
103.31040.3489-0.0696.01594.49663.39170.0722-0.3522-0.11180.28260.0775-0.10610.6507-0.4579-0.25990.66140.0328-0.07920.67790.0330.540729.01078.664827.3788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 60 through 108 )A60 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 136 )A109 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 137 through 235 )A137 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 236 through 303 )A236 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 304 through 358 )A304 - 358
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 59 through 108 )B59 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 109 through 136 )B109 - 136
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 137 through 303 )B137 - 303
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 304 through 318 )B304 - 318
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 319 through 358 )B319 - 358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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