+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t2r | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Unliganded Human HVEM at 2.1A in P 21 21 21 | ||||||||||||
![]() | Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 | ||||||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / herpesvirus entry mediator / HVEM / TNFRSF14 | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of cytokine production involved in immune response / TNFs bind their physiological receptors / Costimulation by the CD28 family / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / T cell costimulation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation ...negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / positive regulation of cytokine production involved in immune response / TNFs bind their physiological receptors / Costimulation by the CD28 family / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / T cell costimulation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / virus receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Nemcovicova, I. / Zajonc, D.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Unliganded Human HVEM at 2.1A in P 21 21 21 著者: Nemcovicova, I. / Zajonc, D.M. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 36.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 438.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2aw2S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11451.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q92956 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.08 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.15 M HEPES 7.5, 0.15 M NaCl, 0.05 M AS, 30% (w/v) PEG 8K, 5% (v/v) Glycerol Temp details: RT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 17307 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AW2 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 9.14 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.207
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.375 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|