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- PDB-5t2q: Unliganded Human HVEM at 1.9A in P 1 21 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t2q
タイトルUnliganded Human HVEM at 1.9A in P 1 21 1
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
キーワードIMMUNE SYSTEM / human HVEM / unliganded / herpesvirus entry mediator
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / Co-inhibition by BTLA / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation ...negative regulation of adaptive immune memory response / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of cytokine production involved in immune response / Co-inhibition by BTLA / cytokine binding / positive regulation of T cell migration / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / virus receptor activity / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / receptor ligand activity / innate immune response / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 14 / Tumor necrosis factor receptor 14/UL144, N-terminal / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nemcovicova, I. / Zajonc, D.M.
資金援助 Slovakia, 3件
組織認可番号国
Slovak Research and Development AgencyAPVV-14-0839 Slovakia
Scientific Grant Agency of the Slovak Republic2/0103/15 Slovakia
Marie Curie ActionSASPRO-0003/01/02 Slovakia
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unliganded Human HVEM at 1.9A in P 1 21 1
著者: Nemcovicova, I. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2016年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9022
ポリマ－22,9022
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4511
ポリマ－11,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4511
ポリマ－11,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.190, 47.510, 67.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 14 / Herpes virus entry mediator A / HveA / Tumor necrosis factor receptor-like 2 / TR2


分子量: 11451.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF14, HVEA, HVEM, UNQ329/PRO509 / プラスミド: pAc / 詳細 (発現宿主): GP secretion signal
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92956
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M CaCl2, 15% (w/v) PEG 3300, 30% (w/v) PEG 8K, 5% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 23026 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.062 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AW2

2aw2


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.085 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28751 957 4 %RANDOM
Rwork0.25226 ---
obs0.25373 23026 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.689 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å2-0.41 Å2
2---0.19 Å2-0 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 93 1581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0621.9812088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1485203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00624.06859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71215239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.7311510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0221176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6854.178818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4417.7931019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8875.002717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.61462.3462155
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 69 -
Rwork0.253 1621 -
obs--97.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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