PDB-5t26: Kinetic, Spectral and Structural Characterization of the Slow Bin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t26

タイトル

Kinetic, Spectral and Structural Characterization of the Slow Binding Inhibitor Acetopyruvate with Dihydrodipicolinate Synthase from Escherichia coli.

要素

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

キーワード

LYASE / Dihydrodipicolinate Synthase / Kinetics / Acetopyruvate modification

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O8 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chooback, L. / Thomas, L.M. / Karsten, W.E. / Fleming, C.D. / Seabourn, P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Kinetic, Spectral and Structural Characterization of the Slow Binding Inhibitor Acetopyruvate with Dihydrodipicolinate Synthase from Escherichia coli.
著者: Chooback, L. / Thomas, L.M. / Karsten, W.E. / Fleming, C.D. / Seabourn, P.

履歴

登録	2016年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Non-polymer description
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2018年5月30日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 2.0	2019年8月7日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / computing ...atom_site / computing / diffrn / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.occupancy / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_B / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_site.pdbx_num_residues 解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 2.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t26.cif.gz	138.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t26.ent.gz	104.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/5t26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/5t26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t25C 1yxcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3c0j-1 1s5v-1 4eou-1 1s5t-1 1s5w-1 1dhp-1 2ehh-d 2a6l-1 3i7r-2 1yxd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

63.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.714, 161.492, 137.325
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-443- HOH
2	1	B-625- HOH

#1: タンパク質	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase 分子量: 31692.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli O8 (strain IAI1) (大腸菌) 株: IAI1 / 遺伝子: dapA, ECIAI1_2529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B7M7I1, UniProt: P0A6L2*PLUS, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 20% PEG 3350 200 mM Sodium Tartrate 14.7 mM HEPES pH 7.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月15日 / 詳細: VeriMaxHF
放射	モノクロメーター: multilayer optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→81 Å / Num. obs: 35248 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 1813 / CC_1/2: 0.968 / R_pim(I) all: 0.236 / R_rim(I) all: 0.462

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yxc

1yxc

解像度: 2.1→27.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.37 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2071	1850	5 %	RANDOM
R_work	0.1683	-	-	-
obs	0.1703	35248	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.99 Å² / B_iso mean: 16.603 Å² / B_iso min: 6.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→27.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4421	0	2037	514	6972
B_iso mean	-	-	16.56	27.16	-
残基数	-	-	-	-	323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.649	6125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.442	1.586	9970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.155	5	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.472	22.451	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.852	15	753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.853	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	853

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.156 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	118	-
R_work	0.222	2526	-
all	-	2644	-
obs	-	-	98.58 %

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