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- PDB-5t20: Crystal Structure of Tarin Lectin bound to Trimannose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t20
タイトルCrystal Structure of Tarin Lectin bound to Trimannose
要素(Lectin) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Tarin / GNA-related Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


response to other organism / D-mannose binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Agglutinin, subunit A / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / Orthogonal Prism / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6alpha-alpha-mannobiose / alpha-D-mannopyranose / Mannose-specific lectin 2 / Mannose-specific lectin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Colocasia esculenta (サトイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Pereira, P.R. / Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2017
タイトル: High-resolution crystal structures of Colocasia esculenta tarin lectin.
著者: Pereira, P.R. / Meagher, J.L. / Winter, H.C. / Goldstein, I.J. / Paschoalin, V.M. / Silva, J.T. / Stuckey, J.A.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lectin
B: Lectin
C: Lectin
D: Lectin
E: Lectin
F: Lectin
G: Lectin
H: Lectin
I: Lectin
J: Lectin
K: Lectin
L: Lectin
M: Lectin
N: Lectin
O: Lectin
P: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,11935
ポリマ－194,90616
非ポリマー8,21319
水15,025834
1
C: Lectin
D: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3724
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
2
E: Lectin
F: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3905
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
3
G: Lectin
H: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3724
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
4
I: Lectin
J: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3724
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
5
K: Lectin
L: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4345
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9980 Å2
手法PISA
6
M: Lectin
N: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3724
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
7
O: Lectin
P: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4345
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9970 Å2
手法PISA
8
A: Lectin
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3724
ポリマ－24,3632
非ポリマー1,0092
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.280, 78.828, 92.935
Angle α, β, γ (deg.)76.190, 70.440, 59.800
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

#1: タンパク質
Lectin


分子量: 12053.487 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 24-133 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / 参照: UniProt: A5HMM7
#2: タンパク質
Lectin


分子量: 12309.715 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Colocasia esculenta (サトイモ) / 参照: UniProt: Q39487*PLUS

-
糖 , 3種, 17分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose / 6alpha-alpha-mannobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6alpha-alpha-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 836分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 834 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 25-35% Peg 3350, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 135823 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 0.696 / Net I/av σ(I): 12.298 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 532647
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.91-1.943.50.352183.6
1.94-1.983.90.317196.8
1.98-2.0240.27196.8
2.02-2.063.90.234197
2.06-2.13.90.209197.1
2.1-2.153.90.187197.2
2.15-2.240.18197.5
2.2-2.263.90.164197.4
2.26-2.333.90.15197.6
2.33-2.413.90.147197.7
2.41-2.4940.13198
2.49-2.5940.117198.1
2.59-2.713.90.102198.2
2.71-2.853.90.086198.4
2.85-3.033.90.075198.5
3.03-3.273.90.063198.7
3.27-3.593.90.055198.9
3.59-4.113.90.048199.1
4.11-5.183.90.043199.3
5.18-503.90.052199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.11.1精密化
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T1X

5t1x


解像度: 1.91→45.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 6809 5.01 %RANDOM
Rwork0.2091 ---
obs0.2108 135821 97.13 %-
原子変位パラメータBiso max: 103.18 Å2 / Biso mean: 18.8838 Å2 / Biso min: 3.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3137 Å2-0.9815 Å2-0.251 Å2
2--1.8786 Å2-0.0256 Å2
3----1.5649 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.226 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→45.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13570 0 544 835 14949
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6160SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes392HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2024HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14414HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1689SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16618SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14414HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19648HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.42
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2393 429 4.8 %
Rwork0.201 8508 -
all0.2028 8937 -
obs--97.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4090.37560.11720.83020.21370.496-0.0090.0378-0.1121-0.0480.007-0.0853-0.00040.0030.002-0.01820.01520.0083-0.0232-0.0197-0.013416.432120.3523-44.809
20.4260.0266-0.06231.01570.14520.1784-0.031-0.0096-0.01890.0530.0204-0.15870.00280.06190.0106-0.02220.005-0.0113-0.00750.0025-0.017127.671638.5014-36.3309
30.7490.22410.28910.4941-0.00390.56420.04570.0966-0.0765-0.0784-0.0373-0.02350.0460.0379-0.0085-0.03280.02740.00950.0116-0.0176-0.03485.079624.0809-90.1895
40.5864-0.00960.14780.62910.16940.0698-0.0181-0.01650.0644-0.0080.0058-0.0896-0.04360.0420.0124-0.02230.01770.00810.00930.0026-0.024711.029543.3892-79.4844
50.8287-0.0233-0.3060.22470.06731.02060.0078-0.05270.09790.09390.0103-0.0259-0.1005-0.0156-0.01810.0110.0105-0.0147-0.0465-0.0163-0.02446.490767.9848-26.0087
60.4689-0.2615-0.33370.60260.08240.21420.02830.06740.0553-0.0769-0.0282-0.0479-0.04850.0296-0.0001-0.01710.006-0.0086-0.0122-0.0028-0.008417.400558.1941-43.6466
70.6172-0.1229-0.2630.22670.19490.62010.0582-0.01220.10040.0134-0.0065-0.0176-0.0356-0.0011-0.0517-0.01020.01870.0081-0.0289-0.0162-0.0094-17.430964.5821-66.3073
80.8055-0.3238-0.60660.64130.18560.43660.06970.11980.1213-0.108-0.0366-0.0411-0.06820.0275-0.033-0.02450.02340.0012-0.0030.0073-0.0233-4.200260.3729-84.5501
91.7319-0.13310.04150.46140.11910.4763-0.0424-0.0404-0.14690.09010.0281-0.02050.05240.05470.01430.00180.0063-0.0007-0.0423-0.0036-0.03127.290616.3342-22.3065
100.886-0.384-0.36030.71060.03010.1575-0.0040.0754-0.1292-0.0251-0.0280.08330.0409-0.09320.032-0.0232-0.00620.0067-0.0055-0.0213-0.0239-12.878924.2281-29.5696
110.08120.2380.06210.945-0.50030.9817-0.00510.0089-0.00330.06190.0480.2114-0.0449-0.1007-0.0429-0.0290.01990.0021-0.023-0.0005-0.0016-14.887161.507-36.2475
120.21970.0681-0.30761.4898-0.60810.30540.0176-0.07750.0520.19020.0390.1839-0.0238-0.071-0.0565-0.01390.00650.0281-0.0085-0.0092-0.0303-16.830445.3397-20.1741
131.7619-0.43670.20770.27180.08820.5948-0.0549-0.05-0.22080.10620.04630.09180.07390.05390.0086-0.02450.02080.0197-0.03430.0173-0.013-1.660914.6719-68.5176
141.4027-0.421-0.37590.66690.34090.1289-0.04760.054-0.3401-0.0291-0.06070.1350.05-0.11060.1083-0.0581-0.00480.012-0.0249-0.03040.0225-23.531217.256-74.8695
150.33920.3297-0.28471.0775-0.49531.06310.01640.03590.0074-0.0680.00640.15-0.0468-0.1007-0.0229-0.0530.0252-0.01010.015-0.025-0.0262-35.853153.0741-77.9771
160.677-0.1296-0.34271.4716-0.05470.1648-0.0112-0.0665-0.07430.1515-0.03490.13620.0841-0.04390.0462-0.0421-0.00510.0114-0.004-0.0201-0.0237-33.222635.3333-63.6257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 108}A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2{B|1 - 109}B1 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3{C|1 - 109}C1 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4{D|1 - 109}D1 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5{E|1 - 108}E1 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6{F|1 - 109}F1 - 109
7X-RAY DIFFRACTION7{G|1 - 108}G1 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8{H|1 - 109}H1 - 109
9X-RAY DIFFRACTION9{I|1 - 108}I1 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10{J|1 - 109}J1 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11{K|1 - 108}K1 - 108
12X-RAY DIFFRACTION12{L|1 - 109}L1 - 109
13X-RAY DIFFRACTION13{M|1 - 108}M1 - 108
14X-RAY DIFFRACTION14{N|1 - 109}N1 - 109
15X-RAY DIFFRACTION15{O|1 - 108}O1 - 108
16X-RAY DIFFRACTION16{P|1 - 109}P1 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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