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- PDB-5t1n: Solution-state NMR structural ensemble of NPr (1-85) refined with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t1n
タイトルSolution-state NMR structural ensemble of NPr (1-85) refined with RDCs and PCS
要素Phosphocarrier protein NPr
キーワードTRANSFERASE / PTSNtr / phosphotransfer / HPr-like / bacterial
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / : / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. ...Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocarrier protein NPr / Phosphocarrier protein NPr
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Strickland, M. / Wang, G. / Peterkofsky, A. / Tjandra, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of the NPr:EIN(Ntr) Complex: Mechanism for Specificity in Paralogous Phosphotransferase Systems.
著者: Strickland, M. / Stanley, A.M. / Wang, G. / Botos, I. / Schwieters, C.D. / Buchanan, S.K. / Peterkofsky, A. / Tjandra, N.
履歴
登録2016年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_audit_support / pdbx_database_related
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocarrier protein NPr


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2551
ポリマ－9,2551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Monomer according to Gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Phosphocarrier protein NPr / Nitrogen-related HPr


分子量: 9254.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: ptsO, Z4569, ECs4085 / プラスミド: pETDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: P0A9N2, UniProt: P0A9N0*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic33D 1H-15N NOESY
121isotropic33D 1H-13C NOESY
131isotropic34D HNHC NOESY
143isotropic13D HN(CA)CB
2153isotropic12D IPAP
2162anisotropic12D IPAP
2173isotropic13D HN(CA)CB
2204isotropic22D 1H-15N HSQC
2185anisotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] NPr, 25 mM Tris, 93% H2O/7% D2OUsed for NOE and hydrogen bond restraints.NPr_Wang93% H2O/7% D2O
filamentous virus20.6 mM [U-13C; U-15N; U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OPf1 filamentous phage was used to induce partial alignment.NPr_rdc93% H2O/7% D2O
solution30.6 mM [U-13C; U-15N; U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OUsed for assignment and for RDC isotropic sample.NPr_assign93% H2O/7% D2O
solution40.6 mM [U-15N; U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OThe sample was mutated (E45C) to accommodate a Lu-M8-SPy tag, which was the control sample for pseudocontact shifts.NPr_PCSiso93% H2O/7% D2O
solution50.6 mM [U-15N; U-2H] NPr, 10 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.5 mM EDTA, 93% H2O/7% D2OThe sample was mutated (E45C) to accommodate a Yb-M8-SPy tag, which was used to induce pseudocontact shifts.NPr_PCSaniso93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMNPr[U-13C; U-15N]1
25 mMTrisnatural abundance1
0.6 mMNPr[U-13C; U-15N; U-2H]2
10 mMTRISnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.5 mMEDTAnatural abundance2
0.6 mMNPr[U-13C; U-15N; U-2H]3
10 mMTRISnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
0.5 mMEDTAnatural abundance3
0.6 mMNPr[U-15N; U-2H]4
10 mMTRISnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
0.5 mMEDTAnatural abundance4
0.6 mMNPr[U-15N; U-2H]5
10 mMTRISnatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
0.5 mMEDTAnatural abundance5
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
125 mMconditions_17 1 atm308 K
2108 mMconditions_27.5 1 atm300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002Cryoprobe
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
PIPPGarrettchemical shift assignment
PIPPGarrettpeak picking
Analysis2.4.2CCPNpeak picking
VNMRVariancollection
TopSpin3Bruker Biospincollection
NMRPipe8.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIH2.37.7Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIH2.37.7Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOS-N4.12Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
Gaussian9Gaussian, Inc.geometry optimization
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 8
詳細: Structure was refined using PDB ID 5T17 as a starting structure.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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