[日本語] English
万見
- PDB-5t1j: Crystal Structure of the Tbox DNA binding domain of the transcrip... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t1j
タイトルCrystal Structure of the Tbox DNA binding domain of the transcription factor T-bet
要素
  • DNA
  • T-box transcription factor TBX21
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / T-bet / Tbox / Tbx21 / DNA looping / transcriptional regulation / master regulator / transcription factor / DNA binding / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / lymphocyte migration / T-helper 1 cell lineage commitment / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / cell fate specification / regulation of T cell differentiation / negative regulation of interleukin-2 production ...negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / lymphocyte migration / T-helper 1 cell lineage commitment / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / cell fate specification / regulation of T cell differentiation / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of immune response / T cell differentiation / response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box ...Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box transcription factor, DNA-binding domain / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / T-box transcription factor TBX21
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.947 Å
データ登録者Liu, C.F. / Brandt, G.S. / Hoang, Q. / Hwang, E.S. / Naumova, N. / Lazarevic, V. / Dekker, J. / Glimcher, L.H. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the DNA binding domain of the transcription factor T-bet suggests simultaneous recognition of distant genome sites.
著者: Liu, C.F. / Brandt, G.S. / Hoang, Q.Q. / Naumova, N. / Lazarevic, V. / Hwang, E.S. / Dekker, J. / Glimcher, L.H. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
履歴
登録2016年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: T-box transcription factor TBX21
B: T-box transcription factor TBX21
C: DNA
D: DNA
E: DNA
F: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3726
ポリマ－76,3726
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area33860 Å2
2
A: T-box transcription factor TBX21
E: DNA
F: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1863
ポリマ－38,1863
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
3
B: T-box transcription factor TBX21
C: DNA
D: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1863
ポリマ－38,1863
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.450, 70.450, 438.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 T-box transcription factor TBX21 / T-box protein 21 / T-cell-specific T-box transcription factor T-bet / Transcription factor TBLYM


分子量: 23450.535 Da / 分子数: 2 / 断片: Tbox DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tbx21, Tbet, Tblym / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q9JKD8
#2: DNA鎖
DNA


分子量: 7367.791 Da / 分子数: 4 / 断片: 24bp DNA / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: sodium citrate, sodium formate, ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→50 Å / Num. obs: 22707 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 81.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/av σ(I): 11.242 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.94-2.993.10.848131.4
2.99-3.053.70.673144.6
3.05-3.14.10.543156.3
3.1-3.174.60.301164.3
3.17-3.245.20.203179.4
3.24-3.315.90.227191
3.31-3.397.10.287198.1
3.39-3.498.30.376199.7
3.49-3.599.20.2711100
3.59-3.79.80.29199.8
3.7-3.8410.30.2511100
3.84-3.9910.50.2821100
3.99-4.1710.50.183199.9
4.17-4.3910.50.151199.8
4.39-4.6710.50.128199.5
4.67-5.0310.50.121199.5
5.03-5.5310.30.114199.5
5.53-6.3310.40.099199.4
6.33-7.9710.20.084197.7
7.97-508.80.08185.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Blu-Iceデータ収集
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.947→43.702 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2944 1155 5.09 %Random selection
Rwork0.266 ---
obs0.2674 22676 87.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.947→43.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3106 1956 0 0 5062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7417694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.9132106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9474-3.08150.2728600.34611268X-RAY DIFFRACTION41
3.0815-3.2440.37461060.30612078X-RAY DIFFRACTION68
3.244-3.44710.29511480.29852931X-RAY DIFFRACTION95
3.4471-3.71320.33891650.28823082X-RAY DIFFRACTION100
3.7132-4.08660.34251720.28213041X-RAY DIFFRACTION100
4.0866-4.67730.27191600.24293066X-RAY DIFFRACTION100
4.6773-5.89070.27261740.26683049X-RAY DIFFRACTION100
5.8907-43.70640.28441700.24773006X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6168-0.8385-0.3072.82130.96891.0815-0.0767-0.10610.39640.06980.034-0.3907-0.08140.0369-0.16211.39821.21350.17440.4207-0.20380.591159.3504-22.11681.4907
22.134-1.0328-0.47292.82930.18211.2223-0.07550.00650.1784-0.0353-0.0229-0.7279-0.03350.1306-0.12591.3951.2550.09420.4039-0.25450.678145.80431.3894-3.6173
30.81710.55820.10591.3282.46217.1009-0.13410.3462-0.2478-0.53990.27290.23880.4965-1.20440.18242.22020.4281-0.08091.4249-0.3720.508521.8778-9.4416-14.6006
41.52080.9395-1.3460.82420.44738.20440.0338-0.7664-0.10720.13490.1670.47290.6101-1.43330.04132.01620.85870.26071.8063-0.01280.609938.3899-36.379212.5292
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' or chain 'D'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' or chain 'F'

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る