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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t13 | ||||||
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タイトル | Structure of the Cyanuric Acid Hydrolase TrzD Reveals Product Exit Channel | ||||||
要素 | Cyanuric acid amidohydrolaseシアヌル酸アミドヒドロラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / TrzD - cyanuric acid hydrolase from Acidovorax citrulli / AtzD - cyanuric acid hydrolase from Pseudomonas sp ADP / ACAH - cyanuric acid hydrolase from Azorhizobium calindulans. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シアヌル酸アミドヒドロラーゼ / cyanuric acid amidohydrolase activity / atrazine catabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Bera, A.K. / Wackett, L.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Structure of the Cyanuric Acid Hydrolase TrzD Reveals Product Exit Channel. 著者: Bera, A.K. / Aukema, K.G. / Elias, M. / Wackett, L.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5t13.cif.gz | 147.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5t13.ent.gz | 116.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5t13.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t13 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4bvqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40292.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (エンテロバクター・クロアカ) 遺伝子: trzD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A3V4, シアヌル酸アミドヒドロラーゼ | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.05 M Ammonium sulfate, 0.05 M BIS-TRIS pH 6.2, 30% Pentaerythritol ethoxylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03322 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03322 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→29.45 Å / Num. obs: 19361 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BVQ 解像度: 2.19→29.45 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→29.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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