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- PDB-5t0f: Crystal structure of the Myc3 N-terminal domain [44-242] in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t0f
タイトルCrystal structure of the Myc3 N-terminal domain [44-242] in complex with JAZ10 CMID domain [16-58] from arabidopsis
要素
  • Protein TIFY 9
  • Transcription factor MYC3
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional repression / jasmonate signaling / MYC3 / JAZ10 CMID / alternative splicing / desensitization
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic acquired resistance / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / bHLH transcription factor binding / response to jasmonic acid / defense response / response to wounding / protein dimerization activity ...regulation of systemic acquired resistance / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / extracellular ATP signaling / anthocyanin-containing compound biosynthetic process / stomatal complex development / bHLH transcription factor binding / response to jasmonic acid / defense response / response to wounding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor AIB/MYC-like / : / Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain ...Tify domain / CO/COL/TOC1, conserved site / TIFY/JAZ family / tify domain / Jas motif / Tify domain profile. / TIFY / Transcription factor AIB/MYC-like / : / Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain / Transcription factor MYC/MYB N-terminal / bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TIFY 9 / Transcription factor MYC3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ke, J. / Zhang, F. / Brunzelle, J.S. / He, S.Y. / Xu, H.E. / Melcher, K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM104212 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102545 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK071662 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into alternative splicing-mediated desensitization of jasmonate signaling.
著者: Zhang, F. / Ke, J. / Zhang, L. / Chen, R. / Sugimoto, K. / Howe, G.A. / Xu, H.E. / Zhou, M. / He, S.Y. / Melcher, K.
履歴
登録2016年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.62019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor MYC3
B: Protein TIFY 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8412
ポリマ－26,8412
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.321, 65.370, 125.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-103-

HOH

詳細dimer according to size exclusion chromatography

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor MYC3 / Basic helix-loop-helix protein 5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / Transcription ...Basic helix-loop-helix protein 5 / bHLH 5 / Protein ALTERED TRYPTOPHAN REGULATION 2 / Transcription factor ATR2 / Transcription factor EN 36 / bHLH transcription factor bHLH005


分子量: 21872.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MYC3, ATR2, BHLH5, EN36, At5g46760, MZA15.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FIP9
#2: タンパク質・ペプチド Protein TIFY 9 / Jasmonate ZIM domain-containing protein 10 / Protein JASMONATE-ASSOCIATED 1 / Protein JAZ10


分子量: 4967.769 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 16-58 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TIFY9, JAS1, JAZ10, At5g13220, T31B5.40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93ZM9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M Tris, pH 6.0, 20% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 9574 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / CC1/2: 0.935 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RQW

4rqw


解像度: 2.4→31.632 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2696 870 4.89 %
Rwork0.2259 --
obs0.228 17783 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→31.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1516 0 0 13 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1432076
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.811542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.55030.35031390.31262834X-RAY DIFFRACTION100
2.5503-2.74720.3961520.30372773X-RAY DIFFRACTION100
2.7472-3.02340.32421510.29142818X-RAY DIFFRACTION100
3.0234-3.46040.29011720.2532799X-RAY DIFFRACTION100
3.4604-4.3580.2391410.2132856X-RAY DIFFRACTION100
4.358-31.63510.22371150.18572833X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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