ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.10.1_2155精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.2 | データ抽出 | Coot | | モデル構築 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1S5U 解像度: 1.898→28.782 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.49
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2126 | 2342 | 4.87 % |
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Rwork | 0.172 | - | - |
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obs | 0.174 | 48066 | 99.31 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 152.39 Å2 / Biso mean: 36.2283 Å2 / Biso min: 11.27 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.898→28.782 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 4183 | 0 | 79 | 520 | 4782 |
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Biso mean | - | - | 52.06 | 44.31 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 515 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 4359 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.104 | 5908 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.117 | 673 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 741 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d21.216 | 1657 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.8985-1.9372 | 0.2244 | 129 | 0.206 | 2626 | 2755 | 98 | 1.9372-1.9793 | 0.2612 | 156 | 0.1993 | 2592 | 2748 | 99 | 1.9793-2.0254 | 0.2661 | 145 | 0.1878 | 2628 | 2773 | 99 | 2.0254-2.076 | 0.2488 | 115 | 0.1864 | 2680 | 2795 | 99 | 2.076-2.1321 | 0.2221 | 138 | 0.1821 | 2658 | 2796 | 99 | 2.1321-2.1948 | 0.2323 | 130 | 0.1826 | 2669 | 2799 | 99 | 2.1948-2.2657 | 0.231 | 142 | 0.1739 | 2652 | 2794 | 99 | 2.2657-2.3466 | 0.207 | 146 | 0.1753 | 2629 | 2775 | 99 | 2.3466-2.4405 | 0.2513 | 139 | 0.1818 | 2691 | 2830 | 99 | 2.4405-2.5515 | 0.2374 | 136 | 0.1817 | 2682 | 2818 | 100 | 2.5515-2.6859 | 0.22 | 144 | 0.1728 | 2679 | 2823 | 100 | 2.6859-2.8541 | 0.2338 | 120 | 0.1801 | 2718 | 2838 | 100 | 2.8541-3.0742 | 0.2519 | 109 | 0.1782 | 2729 | 2838 | 100 | 3.0742-3.3831 | 0.2058 | 139 | 0.1771 | 2716 | 2855 | 100 | 3.3831-3.8717 | 0.1713 | 146 | 0.1525 | 2735 | 2881 | 100 | 3.8717-4.8741 | 0.1866 | 146 | 0.1332 | 2781 | 2927 | 100 | 4.8741-28.7855 | 0.2096 | 162 | 0.198 | 2859 | 3021 | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -11.8377 Å / Origin y: -3.1745 Å / Origin z: -2.5727 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1383 Å2 | -0.0056 Å2 | -0.0178 Å2 | - | 0.1403 Å2 | -0.0205 Å2 | - | - | 0.1431 Å2 |
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L | 1.0516 °2 | -0.2298 °2 | -0.1064 °2 | - | 0.6475 °2 | -0.255 °2 | - | - | 1.131 °2 |
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S | 0.0029 Å ° | -0.024 Å ° | 0.099 Å ° | -0.0102 Å ° | -0.0092 Å ° | -0.0654 Å ° | -0.0384 Å ° | 0.1083 Å ° | 0.0136 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA4 - 134 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB4 - 135 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC3 - 135 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD4 - 132 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 561 | | | | | | | | | | |
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