[日本語] English
- PDB-5t04: STRUCTURE OF CONSTITUTIVELY ACTIVE NEUROTENSIN RECEPTOR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t04
タイトルSTRUCTURE OF CONSTITUTIVELY ACTIVE NEUROTENSIN RECEPTOR
要素
  • ARG-ARG-PRO-TYR-ILE-LEU
  • Neurotensin receptor type 1,Endolysin,Neurotensin receptor type 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR / GPCR / NEUROTENSIN RECEPTOR / NTSR1 / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of locomotion involved in locomotory behavior / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of locomotion / neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / D-aspartate import across plasma membrane ...regulation of locomotion involved in locomotory behavior / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of locomotion / neuropeptide receptor binding / G protein-coupled neurotensin receptor activity / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / D-aspartate import across plasma membrane / regulation of membrane depolarization / positive regulation of arachidonate secretion / vocalization behavior / response to antipsychotic drug / neuron spine / L-glutamate import across plasma membrane / regulation of behavioral fear response / regulation of respiratory gaseous exchange / neuropeptide hormone activity / cAMP biosynthetic process / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / digestive tract development / positive regulation of glutamate secretion / hyperosmotic response / G alpha (q) signalling events / response to mineralocorticoid / response to food / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / response to lipid / response to corticosterone / cellular response to lithium ion / temperature homeostasis / response to stress / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / associative learning / conditioned place preference / neuropeptide signaling pathway / cellular response to dexamethasone stimulus / response to axon injury / viral release from host cell by cytolysis / transport vesicle / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to amphetamine / blood vessel diameter maintenance / adult locomotory behavior / dendritic shaft / learning / response to cocaine / liver development / visual learning / cellular response to nerve growth factor stimulus / cytoplasmic side of plasma membrane / terminal bouton / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / response to estradiol / perikaryon / dendritic spine / host cell cytoplasm / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / receptor ligand activity / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily ...Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin/neuromedin N precursor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / Endolysin / Neurotensin/neuromedin N / Neurotensin receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Krumm, B. / Botos, I. / Grisshammer, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2016
タイトル: Structure and dynamics of a constitutively active neurotensin receptor.
著者: Krumm, B.E. / Lee, S. / Bhattacharya, S. / Botos, I. / White, C.F. / Du, H. / Vaidehi, N. / Grisshammer, R.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neurotensin receptor type 1,Endolysin,Neurotensin receptor type 1
B: ARG-ARG-PRO-TYR-ILE-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0937
ポリマ-58,4322
非ポリマー6615
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.190, 75.710, 83.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Neurotensin receptor type 1,Endolysin,Neurotensin receptor type 1 / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH / Lysis protein / ...NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH


分子量: 57613.445 Da / 分子数: 1
断片: unp residues 43-268; 2-161; 297-396,unp residues 43-268; 2-161; 297-396,unp residues 43-268; 2-161; 297-396
変異: A86L, G215A, F358A, V360A, R12G, C54T, C97A, Q122N, Q123N, I137R,A86L, G215A, F358A, V360A, R12G, C54T, C97A, Q122N, Q123N, I137R,A86L, G215A, F358A, V360A, R12G, C54T, C97A, Q122N, Q123N, I137R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: Ntsr1, Ntsr / プラスミド: PFASTBAC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): CABBAGE LOOPER / 参照: UniProt: P20789, UniProt: P00720, lysozyme
#2: タンパク質・ペプチド ARG-ARG-PRO-TYR-ILE-LEU


分子量: 819.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P20068*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C9H15O6P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 13-16% (v/v) PEG 400, 80 mM TrisHCl pH 8.5-9.0, 1.9 mM TCEP, 68-91 mM lithium acetate, 0.9 mM Neurotensin
PH範囲: 8.5-9.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.0332
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.0332
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2015年6月25日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2015年2月26日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
21
反射解像度: 3.3→38.141 Å / Num. obs: 10042 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XEE
解像度: 3.3→38.141 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 30.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2833 1484 7.99 %
Rwork0.253 --
obs0.2555 18582 97.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→38.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3660 0 43 0 3703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4945130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5612228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005634
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3003-3.40680.36241240.35231354X-RAY DIFFRACTION86
3.4068-3.52850.36281280.32241375X-RAY DIFFRACTION88
3.5285-3.66960.29431260.30671610X-RAY DIFFRACTION99
3.6696-3.83650.34271360.29731596X-RAY DIFFRACTION100
3.8365-4.03860.33941530.28141594X-RAY DIFFRACTION100
4.0386-4.29130.29781240.25681607X-RAY DIFFRACTION100
4.2913-4.62210.31591470.24971571X-RAY DIFFRACTION100
4.6221-5.08630.2911570.24611574X-RAY DIFFRACTION100
5.0863-5.820.3767990.26821635X-RAY DIFFRACTION100
5.82-7.32410.2851410.25311594X-RAY DIFFRACTION100
7.3241-38.14390.17541490.18831588X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 228.6574 Å / Origin y: 16.6097 Å / Origin z: 96.5727 Å
111213212223313233
T0.6506 Å2-0.0298 Å20.0376 Å2-0.3866 Å20.0691 Å2--0.609 Å2
L1.7744 °21.0331 °22.1998 °2-0.6489 °21.3564 °2--3.5909 °2
S-0.0182 Å °-0.0725 Å °0.0265 Å °0.1158 Å °-0.0393 Å °0.0096 Å °-0.1396 Å °-0.1072 Å °0.0805 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る