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万見
- PDB-5szw: NMR solution structure of the RRM1 domain of the post-transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5szw
タイトルNMR solution structure of the RRM1 domain of the post-transcriptional regulator HuR
要素ELAV-like protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-binding protein Post-trasncriptional regulation RNA recognition motif
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / lncRNA binding / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / post-transcriptional gene silencing / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / lncRNA binding / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization / sarcoplasm / positive regulation of superoxide anion generation / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / P-body / protein homooligomerization / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / double-stranded RNA binding / cytoplasmic vesicle / postsynapse / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / glutamatergic synapse / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HuR, RNA recognition motif 2 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...HuR, RNA recognition motif 2 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ELAV-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lixa, C. / Mujo, A. / Jendiroba, K.A. / Almeida, F.C.L. / Lima, L.M.T.R. / Pinheiro, A.S.
資金援助 ブラジル, 米国, 3件
組織認可番号国
FAPERJ ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
Brown University Brazil Initiative Colaboration Grant 米国
引用
ジャーナル: J. Biomol. NMR / 年: 2018
タイトル: Oligomeric transition and dynamics of RNA binding by the HuR RRM1 domain in solution.
著者: Lixa, C. / Mujo, A. / de Magalhaes, M.T.Q. / Almeida, F.C.L. / Lima, L.M.T.R. / Pinheiro, A.S.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2015
タイトル: (1)H, (15)N and (13)C resonance assignments of the RRM1 domain of the key post-transcriptional regulator HuR.
著者: Mujo, A. / Lixa, C. / Carneiro, L.A. / Anobom, C.D. / Almeida, F.C. / Pinheiro, A.S.
履歴
登録2016年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_representative
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_ensemble.conformers_calculated_total_number
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELAV-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2211
ポリマ－11,2211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ELAV-like protein 1 / Hu-antigen R / HuR


分子量: 11220.585 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 28-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELAVL1, HUR / プラスミド: RP1B
詳細 (発現宿主): Recombinant protein expressed in fusion with a Thio6His6 expression/purification tag, followed by a TEV protease cleavage site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15717

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
132isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HNCO
182isotropic13D HN(CA)CO
172isotropic13D HBHA(CO)NH
162isotropic23D (H)CC(CO)NH
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.5 mM [U-15N] HuR_RRM1, 30 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2OU-100% 15N; 1.5mMRRM1_N1590% H2O/10% D2O
solution21.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HuR_RRM1, 30 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2OU-100% 13C; U-100% 15N; 1.5mMRRM1_N15_C1390% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMHuR_RRM1[U-15N]1
30 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
1.5 mMHuR_RRM1[U-100% 13C; U-100% 15N]2
30 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: Conditions_RRM1 / pH: 6.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CcpNMRCCPNデータ解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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